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- PDB-2vgf: HUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: T384M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vgf
タイトルHUMAN ERYTHROCYTE PYRUVATE KINASE: T384M mutant
要素PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L
キーワードTRANSFERASE / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION / R-STATE / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis ...pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis / response to ATP / potassium ion binding / Regulation of gene expression in beta cells / response to glucose / response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / response to hypoxia / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / : / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Pyruvate kinase PKLR
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and Function of Human Erythrocyte Pyruvate Kinase. Molecular Basis of Nonspherocytic Hemolytic Anemia.
著者: Valentini, G. / Chiarelli, L.R. / Fortin, R. / Dolzan, M. / Galizzi, A. / Abraham, D.J. / Wang, C. / Bianchi, P. / Zanella, A. / Mattevi, A.
履歴
登録2007年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年11月20日ID: 1LIW
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L
B: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L
C: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L
D: PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,37820
ポリマ－228,0184
非ポリマー2,36116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23380 Å2
ΔGint-154.9 kcal/mol
Surface area71740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.296, 172.976, 85.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNPROPRO1AA57 - 16011 - 114
211GLNGLNPROPRO1BB57 - 16011 - 114
311GLNGLNPROPRO1CC57 - 16011 - 114
411GLNGLNPROPRO1DD57 - 16011 - 114
121PROPROALAALA1AA262 - 430216 - 384
221PROPROALAALA1BB262 - 430216 - 384
321PROPROALAALA1CC262 - 430216 - 384
421PROPROALAALA1DD262 - 430216 - 384
131FBPFBPFBPFBP1AE580
231FBPFBPFBPFBP1BI580
331FBPFBPFBPFBP1CM580
431FBPFBPFBPFBP1DQ580
112ARGARGVALVAL4AA163 - 259117 - 213
212ARGARGVALVAL4BB163 - 259117 - 213
312ARGARGVALVAL4CC163 - 259117 - 213
412ARGARGVALVAL4DD163 - 259117 - 213
113ALAALAILEILE1AA431 - 573385 - 527
213ALAALAILEILE1BB431 - 573385 - 527
313ALAALAILEILE1CC431 - 573385 - 527
413ALAALAILEILE1DD431 - 573385 - 527
123PGAPGAPGAPGA1AF581
223PGAPGAPGAPGA1BJ581
323PGAPGAPGAPGA1CN581
423PGAPGAPGAPGA1DR581

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
PYRUVATE KINASE ISOZYMES R/L / R-TYPE/L-TYPE PYRUVATE KINASE / RED CELL/LIVER PYRUVATE KINASE / PYRUVATE KINASE 1 / PYRUVATE KINASE


分子量: 57004.418 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 47-574 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 384 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 384 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 384 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 384 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 384 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 384 TO MET

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 52721 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGB

2vgb


解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 64.691 / SU ML: 0.557 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1103 2 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs0.269 52721 93.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-5.12 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15426 0 124 0 15550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02215778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.97721398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02652028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12623.014657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.792152674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.87815158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2710.27945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.210896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3050.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3941.510099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.793216262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68635711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1144.55136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2070tight positional0.090.05
12B2070tight positional0.070.05
13C2070tight positional0.070.05
14D2070tight positional0.070.05
31A1121tight positional0.060.05
32B1121tight positional0.050.05
33C1121tight positional0.060.05
34D1121tight positional0.060.05
21A517medium positional0.370.5
22B517medium positional0.430.5
23C517medium positional0.360.5
24D517medium positional0.40.5
11A2070tight thermal0.160.5
12B2070tight thermal0.170.5
13C2070tight thermal0.130.5
14D2070tight thermal0.130.5
31A1121tight thermal0.120.5
32B1121tight thermal0.120.5
33C1121tight thermal0.130.5
34D1121tight thermal0.120.5
21A517medium thermal0.432
22B517medium thermal0.332
23C517medium thermal0.42
24D517medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.477 74
Rwork0.451 3592
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23120.1619-0.11155.97231.49722.2035-0.0442-0.2901-0.21461.85320.6267-1.51550.64480.1916-0.58250.08190.3521-0.6894-0.1602-0.21920.175927.4575-6.505137.9931
222.5691-8.2421-0.586514.01263.07558.10830.33211.83912.0093-0.5639-0.7107-0.393-0.394-0.18960.37860.077-0.0281-0.11160.1634-0.06530.624950.218723.941534.3073
31.78161.43350.70572.90160.71871.61280.009-0.2318-0.12380.53510.03760.32280.24610.0235-0.0466-0.16090.0320.0671-0.34210.0474-0.0567-6.7575-28.135412.2276
421.0002-2.52683.842112.5978-3.459228.2265-0.36110.0689-0.35460.7494-0.0590.50750.0798-4.37530.4201-0.1003-0.29280.04510.9874-0.2360.7236-40.6194-20.30562.3865
51.0768-0.36040.46773.03320.52152.2117-0.2213-0.14170.06840.44080.2063-0.0103-0.1296-0.20790.0151-0.20850.1241-0.0417-0.2375-0.0309-0.1938.29327.417131.2973
614.2132-1.7378-1.92599.03124.054715.00091.073-0.1686-0.11230.4494-0.4531-0.19621.62680.6379-0.620.81520.0721-0.1758-0.39260.0480.096214.505921.591467.8496
71.15081.3676-0.418.18970.84950.8216-0.51170.04150.2492-1.74910.45091.6006-0.2886-0.08480.06080.0347-0.1572-0.5343-0.32610.12550.0756-11.08376.2785-6.8428
814.10571.6682-5.645727.3573-10.377530.0011-0.0907-0.1361-0.7797-3.91770.0039-0.2192.29580.13510.08681.0942-0.4112-0.1645-0.31060.08720.1081-4.6127-22.7165-29.7275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A57 - 160
2X-RAY DIFFRACTION1A261 - 573
3X-RAY DIFFRACTION2A161 - 260
4X-RAY DIFFRACTION3B57 - 160
5X-RAY DIFFRACTION3B261 - 573
6X-RAY DIFFRACTION4B161 - 260
7X-RAY DIFFRACTION5C57 - 160
8X-RAY DIFFRACTION5C261 - 573
9X-RAY DIFFRACTION6C161 - 260
10X-RAY DIFFRACTION7D57 - 160
11X-RAY DIFFRACTION7D261 - 573
12X-RAY DIFFRACTION8D161 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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