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万見
- PDB-6nms: Blocking Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody in complex with SIRP-al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nms
タイトルBlocking Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody in complex with SIRP-alpha Variant 1
要素
  • Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain
  • Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / SIRP-alpha / Signal regulatory protein alpha / Signal-regulatory protein alpha / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1 / CD47 / Cluster of Differentiation 47 / anti-SIRP-alpha antibody / Blocking anti-SIRP-alpha antibody / Non-Blocking anti-SIRP-alpha antibody / Kick-Off anti-SIRP-alpha antibody / anti-SIRP-alpha antibody in complex with SIRP-alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of I-kappaB phosphorylation / cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of type II interferon production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity ...negative regulation of I-kappaB phosphorylation / cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of type II interferon production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / protein antigen binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of JNK cascade / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / negative regulation of phagocytosis / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of interleukin-6 production / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of phagocytosis / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of protein phosphorylation / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of inflammatory response / SH3 domain binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of T cell activation / cell migration / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / cell adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Wibowo, A.S. / Carter, J.J. / Sim, J.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Discovery of high affinity, pan-allelic, and pan-mammalian reactive antibodies against the myeloid checkpoint receptor SIRP alpha.
著者: Sim, J. / Sockolosky, J.T. / Sangalang, E. / Izquierdo, S. / Pedersen, D. / Harriman, W. / Wibowo, A.S. / Carter, J. / Madan, A. / Doyle, L. / Harrabi, O. / Kauder, S.E. / Chen, A. / Kuo, T.C. ...著者: Sim, J. / Sockolosky, J.T. / Sangalang, E. / Izquierdo, S. / Pedersen, D. / Harriman, W. / Wibowo, A.S. / Carter, J. / Madan, A. / Doyle, L. / Harrabi, O. / Kauder, S.E. / Chen, A. / Kuo, T.C. / Wan, H. / Pons, J.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain
H: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain
S: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
A: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain
B: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4256
ポリマ－124,4256
非ポリマー00
水6,107339
1
L: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain
H: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain
S: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2123
ポリマ－62,2123
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain
B: Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2123
ポリマ－62,2123
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.390, 75.190, 103.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...
21(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...
12(chain L and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))
22(chain A and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))
13(chain C and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))
23(chain S and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B2 - 56
121(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B58 - 100
131(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B102 - 134
141(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B213 - 215
151(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B213 - 215
161(chain B and (resid 2 through 56 or resid 58...B217 - 219
211(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H2 - 56
221(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H58 - 100
231(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H102 - 6
241(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H0
251(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H213 - 215
261(chain H and (resid 2 through 56 or resid 58...H217 - 219
112(chain L and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))L1 - 80
122(chain L and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))L82 - 126
132(chain L and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))L128 - 214
212(chain A and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))A1 - 80
222(chain A and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))A82 - 126
232(chain A and (resid 1 through 80 or resid 82 through 126 or resid 128 through 214))A128 - 214
113(chain C and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))C2
123(chain C and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))C4 - 30
133(chain C and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))C32 - 67
143(chain C and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))C69 - 116
213(chain S and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))S2
223(chain S and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))S4 - 30
233(chain S and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))S32 - 67
243(chain S and (resid 2 or resid 4 through 30 or resid 32 through 67 or resid 69 through 116))S69 - 116

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Light Chain


分子量: 23557.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab 136 anti-SIRP-alpha antibody Variable Heavy Chain


分子量: 24623.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1 / SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / CD172 antigen-like ...SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / CD172 antigen-like family member A / Inhibitory receptor SHPS-1 / Macrophage fusion receptor / MyD-1 antigen / Signal-regulatory protein alpha-1 / Sirp-alpha-1 / Signal-regulatory protein alpha-2 / Sirp-alpha-2 / Signal-regulatory protein alpha-3 / Sirp-alpha-3 / p84


分子量: 14031.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRPA, BIT, MFR, MYD1, PTPNS1, SHPS1, SIRP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78324
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2, 15% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月25日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50.272 Å / Num. obs: 68779 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 5042 / Rsym value: 0.0163 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.11→50.272 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 3401 4.95 %
Rwork0.2042 --
obs0.2063 68745 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.4 Å2 / Biso mean: 55.8935 Å2 / Biso min: 28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→50.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8274 0 0 339 8613
Biso mean---52.62 -
残基数----1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08411528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7545024
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1840X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
12H1840X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
21L1984X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
22A1984X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
31C992X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
32S992X-RAY DIFFRACTION7.956TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.11-2.14020.34681400.32052722286297
2.1402-2.17210.36951420.31372697283998
2.1721-2.2060.35071360.31032705284198
2.206-2.24220.35421350.31012666280198
2.2422-2.28090.36341380.31152713285198
2.2809-2.32230.36581350.29842711284698
2.3223-2.3670.30311350.28972712284798
2.367-2.41530.3311200.28382730285098
2.4153-2.46780.2981510.27382703285498
2.4678-2.52530.33141490.27522685283498
2.5253-2.58840.281170.2642750286798
2.5884-2.65840.30791480.26432702285098
2.6584-2.73660.34571330.2592726285998
2.7366-2.82490.32781620.25222700286298
2.8249-2.92590.31031470.26222731287899
2.9259-3.0430.31591530.24312727288098
3.043-3.18150.3021460.24542708285499
3.1815-3.34920.26121350.23362761289699
3.3492-3.5590.26061460.21262738288498
3.559-3.83370.24921500.19512724287499
3.8337-4.21930.22321280.172762289099
4.2193-4.82940.18521510.13572742289398
4.8294-6.08290.15581340.14622771290598
6.0829-50.28660.16661700.14732758292897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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