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- PDB-6nlh: Structure of human triose phosphate isomerase R189A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nlh
タイトルStructure of human triose phosphate isomerase R189A
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / Gluconeogenesis / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / Glycolysis ...methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / Gluconeogenesis / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / Glycolysis / gluconeogenesis / glycolytic process / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / PHOSPHATE ION / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Richards, K.R. / Roland, B.P. / Palladino, M.J. / VanDemark, A.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM103369 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis / 年: 2019
タイトル: Missense variant in TPI1 (Arg189Gln) causes neurologic deficits through structural changes in the triosephosphate isomerase catalytic site and reduced enzyme levels in vivo.
著者: Roland, B.P. / Richards, K.R. / Hrizo, S.L. / Eicher, S. / Barile, Z.J. / Chang, T.C. / Savon, G. / Bianchi, P. / Fermo, E. / Ricerca, B.M. / Tortorolo, L. / Vockley, J. / VanDemark, A.P. / Palladino, M.J.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
E: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
G: Triosephosphate isomerase
H: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,99036
ポリマ－209,8318
非ポリマー1,15928
水13,872770
1
A: Triosephosphate isomerase
E: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7258
ポリマ－52,4582
非ポリマー2676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,79411
ポリマ－52,4582
非ポリマー3369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
3
D: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7489
ポリマ－52,4582
非ポリマー2907
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
4
G: Triosephosphate isomerase
H: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7258
ポリマ－52,4582
非ポリマー2676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.142, 73.661, 92.842
Angle α, β, γ (deg.)90.030, 90.030, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 26228.883 Da / 分子数: 8 / 変異: R189A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPI1, TPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60174, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 31% PEG 3350, 50 mM Potassium Bromide, Tris pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 84136 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.929 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.50.41441700.7520.330.5321.79993.8
2.24-2.282.60.35939950.8030.2860.4611.89693.6
2.28-2.322.50.33341940.8640.2660.4281.88494
2.32-2.372.60.31441070.830.2490.4021.87394.4
2.37-2.422.60.28341630.8680.2260.3641.96394.4
2.42-2.482.50.26441050.8840.2110.3391.92294.7
2.48-2.542.60.23541730.9140.1870.3011.83695.1
2.54-2.612.50.20641770.9240.1650.2651.97495.1
2.61-2.692.60.17341720.9450.1370.2221.90195.5
2.69-2.772.60.15942390.9560.1270.2051.94895.9
2.77-2.872.60.13341700.9670.1050.171.96896
2.87-2.992.50.11742850.9770.0930.152.05896.1
2.99-3.122.60.09341670.9850.0740.1192.00396.7
3.12-3.292.60.0843030.9880.0630.1032.1196.8
3.29-3.492.60.06242370.9910.0490.0792.16397.1
3.49-3.762.60.05242530.9940.0420.0672.11397.5
3.76-4.142.60.0442800.9960.0320.0511.93397.9
4.14-4.742.60.03343300.9970.0260.0431.84598.5
4.74-5.972.50.03343460.9970.0260.0421.76398.8
5.97-502.40.02542700.9990.020.0321.57797.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.19 Å34.24 Å
Translation4.19 Å34.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4POC

4poc


解像度: 2.199→19.665 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 1237 1.47 %
Rwork0.1738 82827 -
obs0.1744 84064 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.45 Å2 / Biso mean: 38.2916 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→19.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14570 0 44 770 15384
Biso mean--60.92 29.31 -
残基数----1934
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1987-2.28660.27591210.22848912903393
2.2866-2.39050.25061240.21629016914094
2.3905-2.51630.27791830.20499104928795
2.5163-2.67360.2511230.19939089921295
2.6736-2.87940.26731260.19659255938196
2.8794-3.16810.24651220.19069255937796
3.1681-3.62410.23231210.1679352947397
3.6241-4.55660.16891940.13769333952798
4.5566-19.66590.16221230.14779511963499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.38872.1334-0.5148.1347-4.08394.5361-0.0067-0.05840.3284-0.39010.12460.3556-0.03520.0611-0.0930.18170.04020.02320.0906-0.04510.1367-15.9775-2.731913.7082
28.2348-1.25410.86449.6507-8.42337.3715-0.10.08720.0321-0.39080.13320.95140.0882-0.4394-0.01650.2355-0.0068-0.05660.2395-0.10260.2402-23.4375-10.97118.5559
32.99-1.37780.31523.2217-0.55471.38710.083-0.00690.2766-0.2633-0.0275-0.18140.04470.0093-0.03560.1385-0.01020.04360.1637-0.02890.134-6.4212-6.961615.3194
40.2291-0.1552-0.35053.21393.6366.5207-0.2952-0.43930.75030.36820.20830.07750.11250.35870.11770.1969-0.03820.00580.3354-0.18640.5074-6.51928.192424.4919
51.30710.0322-0.44450.77940.65931.629-0.2232-0.32460.69140.0066-0.2414-0.5031-0.42180.03420.0144-0.5555-1.1865-0.385-1.1545-0.97120.92171.303810.801123.8524
62.6264-0.41970.23071.5761-0.15273.4914-0.1576-0.01120.4761-0.1827-0.0548-0.58860.1454-0.06820.21050.2345-0.0370.06980.1576-0.07380.5019-8.6268.679419.375
77.7019-1.39730.1562.46290.20111.520.1028-0.01341.1533-0.3553-0.0792-1.2582-0.68820.1498-0.07890.367-0.05320.06730.17070.01131.0875-5.242918.033516.566
81.81070.74512.56920.53751.08573.60990.00630.76211.4926-0.77290.1815-0.8499-0.2707-0.0547-0.19160.36270.01450.27140.17950.17320.7897-8.152511.402210.9922
94.81191.07831.47865.2708-0.13975.21950.20170.25830.7708-0.51890.01890.2748-0.1685-0.2131-0.25830.25820.08540.07120.2410.06820.248-19.01157.93199.2092
101.9186-0.1296-0.61362.9653-0.66062.9659-0.1453-0.3747-0.52860.25270.1206-0.09390.32390.21770.0520.20060.08280.02590.28960.08130.2461-3.3313-27.922824.9705
114.1092-0.0029-0.64464.9910.70983.295-0.204-0.0317-0.6062-0.30390.1147-0.41970.54450.34960.07940.31790.06380.04060.1986-0.03550.2533-2.2204-31.090313.0368
122.4609-0.1568-0.61362.75070.15882.6196-0.1697-0.1696-0.57170.03460.09930.09730.68550.10680.04630.27290.03910.03510.19930.05950.2577-9.9236-29.13921.0069
132.0751-0.3042-0.71782.83430.05142.2364-0.0869-0.3675-0.14210.18030.12760.38230.0884-0.109-0.07070.12020.02960.01330.23280.04130.1796-15.8484-16.802626.0215
140.58780.5219-0.18723.1256-0.87562.14740.0472-0.8107-0.17830.4616-0.0369-0.09120.00850.37550.02890.29210.07740.02980.60060.06760.2138-7.3919-18.794440.8429
151.3559-0.17090.40494.0241-0.06322.0316-0.0343-0.5307-0.27360.2777-0.0695-0.26520.13960.3940.03480.35430.09840.02580.54930.21190.2546-7.5722-27.353639.6218
161.402-0.16630.24911.0206-0.16671.616-0.1862-0.783-1.09740.2305-0.0982-0.2460.45540.67750.17120.4690.2233-0.02520.88150.52530.3513-5.847-33.104743.9924
170.1525-0.20970.64612.2255-1.12982.8568-0.2638-0.841-0.96470.059-0.1398-0.44690.61650.58360.37830.38270.20260.11170.56070.26850.52270.3101-37.701331.0943
183.2795-0.74480.10024.7131.38564.43580.16920.3028-0.114-0.502-0.0902-0.51570.05850.1125-0.11810.20160.05110.02090.16580.03340.1804-29.5198-23.8968-35.7128
192.6685-1.23170.09783.38110.27160.44730.0137-0.0797-0.3807-0.1503-0.00110.2363-0.0119-0.0936-0.01580.1306-0.018-0.03470.17730.03140.171-41.9359-25.1481-29.3562
202.7658-0.5537-0.30390.62680.29890.61180.0215-0.0864-1.2313-0.16180.09291.07490.2162-0.0536-0.11710.2511-0.0639-0.09660.24610.11180.9174-43.4376-41.6698-26.7233
213.882-0.4062-1.49871.7797-0.39054.07790.13530.338-0.8303-0.6896-0.17390.40930.2634-0.05870.01040.33690.061-0.11840.195-0.05280.3986-33.3417-38.6304-36.5124
222.4143-0.34860.7882.3687-0.03232.1846-0.198-0.30760.6022-0.06320.08690.0126-0.6075-0.1830.10530.27650.0698-0.02390.2109-0.07240.2694-41.22890.0804-25.622
231.37260.19110.50822.25830.58861.9982-0.0814-0.77550.35740.374-0.01820.1432-0.2865-0.42250.07860.28840.0994-0.01290.5426-0.1550.2554-41.3118-3.4524-9.0832
242.99261.40120.06752.43090.37713.92010.1812-0.23920.01350.3065-0.0561-0.2594-0.05940.2397-0.09070.2307-0.0486-0.0270.14180.03760.17372.8966-42.3247-8.9278
253.02721.142-0.21173.10960.50111.01760.04760.08930.26270.187-0.03770.1596-0.0196-0.0062-0.00710.1372-0.00760.02990.18360.04340.1406-9.2781-43.7737-13.3097
260.33990.5894-0.24661.6015-0.93581.6207-0.00870.32811.1582-0.26370.25420.95170.0871-0.2026-0.240.19060.0332-0.01960.37040.25330.8178-12.7322-27.44-22.0897
275.01981.7789-2.74342.9113-1.5816.7737-0.0037-0.30940.41820.2473-0.14230.5552-0.02420.37910.17190.21390.01550.07140.1510.05980.4702-7.0655-28.092-17.3105
284.1328-0.3621.69444.2384-0.43022.39710.08-0.30840.92540.5238-0.110.6078-0.3863-0.05250.02460.3196-0.03890.11140.2188-0.05960.4632-3.4173-25.1542-9.718
292.2181-1.14341.17814.17580.14472.4476-0.00010.5616-0.3564-0.5240.1568-0.27650.4828-0.2101-0.07170.2923-0.1370.05930.2828-0.09760.2566-11.5303-65.8585-24.221
304.3802-1.9890.84719.09240.17273.8623-0.23380.0495-0.46990.35250.22810.31650.4001-0.3634-0.09040.3048-0.07050.04210.2250.03160.2359-13.5125-67.9148-11.0704
313.431-0.820.4743.0762-0.38923.1259-0.20160.0145-0.6258-0.05990.0580.04910.7704-0.13350.12320.3008-0.06020.08390.1892-0.05490.2614-5.776-65.9404-19.0453
321.1357-0.00330.03972.86520.84391.8253-0.0980.6694-0.1721-0.44270.07660.02-0.0368-0.262-0.00350.2171-0.06790.02130.4696-0.04530.1766-5.679-54.9638-34.2036
331.9418-0.26470.59741.68510.20412.0794-0.15550.8575-0.6267-0.3770.32360.55930.2136-0.65610.10610.4664-0.19410.03530.7212-0.58880.243-9.3161-67.9649-40.5088
340.03210.17770.39983.18481.19965.8151-0.25250.7574-1.0105-0.0561-0.08990.49060.8776-0.52740.25920.3939-0.18570.08740.5779-0.26320.5724-16.0632-74.4608-29.0655
353.11150.5167-0.43035.7643-1.18335.38650.0568-0.2143-0.03130.388-0.04510.32120.0947-0.1382-0.04570.1497-0.05320.00340.1185-0.01720.1754-51.2053-60.740837.4545
362.71681.36760.28773.3775-0.03470.3080.02330.0998-0.38430.14170.0451-0.25740.01390.131-0.06310.12950.0107-0.03210.1768-0.02450.175-39.0332-61.999331.4897
373.85140.6920.06472.0030.61131.68890.1129-0.1073-1.28760.2920.0465-0.97290.30650.1098-0.08740.26310.0433-0.11540.1984-0.02170.7888-38.2597-78.324230.9187
384.9839-1.9263-0.36575.4291-1.02844.25990.1046-0.3842-0.7690.54570.08840.47050.2062-0.1103-0.17620.2694-0.0758-0.02770.19110.04640.2449-51.6009-74.193639.2051
392.15120.06730.26792.8037-0.31242.8544-0.21580.24250.65580.16680.1758-0.1158-0.65370.12670.08140.2949-0.0916-0.04150.24770.06070.3267-37.0392-34.54227.3844
401.6521-0.04560.4562.2193-0.45662.2075-0.08280.56970.1592-0.3310.11080.0846-0.09120.1877-0.06450.1644-0.0581-0.02030.3510.04980.1587-42.7951-46.546615.9468
410.385-0.28730.74130.9578-0.0232.528-0.18150.78220.6272-0.2565-0.0509-0.2706-0.3850.61130.21380.4044-0.1436-0.03150.69040.32130.4903-36.4156-32.8389.9691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 17 )A5 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 29 )A18 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 118 )A30 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 138 )A119 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 153 )A139 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 154 through 177 )A154 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 178 through 195 )A178 - 195
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 196 through 216 )A196 - 216
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 217 through 248 )A217 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 5 through 17 )E5 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 18 through 30 )E18 - 30
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 31 through 67 )E31 - 67
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 68 through 95 )E68 - 95
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 96 through 153 )E96 - 153
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 154 through 177 )E154 - 177
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 178 through 216 )E178 - 216
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 217 through 248 )E217 - 248
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 4 through 30 )B4 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 31 through 138 )B31 - 138
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 139 through 195 )B139 - 195
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 196 through 248 )B196 - 248
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 4 through 67 )C4 - 67
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 68 through 248 )C68 - 248
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 4 through 29 )D4 - 29
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 30 through 118 )D30 - 118
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 119 through 153 )D119 - 153
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 154 through 177 )D154 - 177
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 178 through 248 )D178 - 248
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 4 through 17 )F4 - 17
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 18 through 30 )F18 - 30
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 31 through 67 )F31 - 67
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 68 through 153 )F68 - 153
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 154 through 216 )F154 - 216
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 217 through 248 )F217 - 248
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 4 through 29 )G4 - 29
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 30 through 138 )G30 - 138
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 139 through 216 )G139 - 216
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 217 through 248 )G217 - 248
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 5 through 44 )H5 - 44
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 45 through 153 )H45 - 153
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 154 through 248 )H154 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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