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万見
- PDB-6nj8: Encapsulin iron storage compartment from Quasibacillus thermotolerans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nj8
タイトルEncapsulin iron storage compartment from Quasibacillus thermotolerans
要素
  • Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
  • targeting peptide
キーワードMETAL TRANSPORT / encapsulin / iron storage / IMEF / icosahedral
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)
Bacillus thermotolerans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Orlando, B.J. / Giessen, T.W. / Chambers, M.G. / Liao, M. / Silver, P.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchLPDS 2014-05 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Large protein organelles form a new iron sequestration system with high storage capacity.
著者: Tobias W Giessen / Benjamin J Orlando / Andrew A Verdegaal / Melissa G Chambers / Jules Gardener / David C Bell / Gabriel Birrane / Maofu Liao / Pamela A Silver /
要旨: Iron storage proteins are essential for cellular iron homeostasis and redox balance. Ferritin proteins are the major storage units for bioavailable forms of iron. Some organisms lack ferritins, and ...Iron storage proteins are essential for cellular iron homeostasis and redox balance. Ferritin proteins are the major storage units for bioavailable forms of iron. Some organisms lack ferritins, and it is not known how they store iron. Encapsulins, a class of protein-based organelles, have recently been implicated in microbial iron and redox metabolism. Here, we report the structural and mechanistic characterization of a 42 nm two-component encapsulin-based iron storage compartment from . Using cryo-electron microscopy and x-ray crystallography, we reveal the assembly principles of a thermostable T = 4 shell topology and its catalytic ferroxidase cargo and show interactions underlying cargo-shell co-assembly. This compartment has an exceptionally large iron storage capacity storing over 23,000 iron atoms. Our results reveal a new approach for survival in diverse habitats with limited or fluctuating iron availability via an iron storage system able to store 10 to 20 times more iron than ferritin.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
B: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
C: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
D: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
E: targeting peptide
F: targeting peptide
G: targeting peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1087
ポリマ－131,1087
非ポリマー00
水00
1
A: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
B: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
C: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
D: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
E: targeting peptide
F: targeting peptide
G: targeting peptide
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,866,498420
ポリマ－7,866,498420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
B: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
C: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
D: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
E: targeting peptide
F: targeting peptide
G: targeting peptide
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 656 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)655,54235
ポリマ－655,54235
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
B: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
C: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
D: Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase
E: targeting peptide
F: targeting peptide
G: targeting peptide
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 787 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)786,65042
ポリマ－786,65042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Encapsulating protein for a DyP-type peroxidase


分子量: 32239.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)
遺伝子: QY95_01592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F5HPP7
#2: タンパク質・ペプチド targeting peptide


分子量: 716.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermotolerans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Encapsulin iron storage compartment from Quasibacillus thermotolerans
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 9.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus thermotolerans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 7.2 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 601

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2UCSFImage4画像取得
7I-TASSERモデルフィッティング
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18995 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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