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- PDB-6nia: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 100 K helical dis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nia
タイトルPseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 100 K helical disorder model
要素Isonitrile hydratase InhA
キーワードLYASE (リアーゼ) / DJ-1 superfamily / ThiJ/PfpI
機能・相同性DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Isonitrile hydratase InhA
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Dasgupta, M. / van den Bedem, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / ...著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / Wierman, J. / Lyubimov, A. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Applegate, G.A. / Tiwari, V.K. / Berkowitz, D.B. / Thompson, M.C. / Cohen, A.E. / Fraser, J.S. / Wall, M.E. / van den Bedem, H. / Wilson, M.A.
履歴
登録2018年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isonitrile hydratase InhA
B: Isonitrile hydratase InhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7969
ポリマ－48,3612
非ポリマー4347
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.576, 56.466, 68.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isonitrile hydratase InhA


分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (Pseudomonas protegens)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 24-26% PEG 3350, 200-250 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100 MM TRIS-HCL PH=8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATED)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→38 Å / Num. obs: 179412 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 17341 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NON

3non


解像度: 1.05→37.822 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 11.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1342 8979 5.01 %Random
Rwork0.117 ---
obs0.1178 179399 97.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→37.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 28 484 3898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1116487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4711744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.06190.24872710.21055486X-RAY DIFFRACTION94
1.0619-1.07440.2293060.1985435X-RAY DIFFRACTION94
1.0744-1.08750.19182700.18355557X-RAY DIFFRACTION94
1.0875-1.10130.18772770.17535490X-RAY DIFFRACTION95
1.1013-1.11570.1763150.16155503X-RAY DIFFRACTION95
1.1157-1.1310.16372890.14895560X-RAY DIFFRACTION95
1.131-1.14720.15982750.13795584X-RAY DIFFRACTION96
1.1472-1.16430.15832910.13595576X-RAY DIFFRACTION96
1.1643-1.18250.14072830.1225610X-RAY DIFFRACTION96
1.1825-1.20190.13713050.125566X-RAY DIFFRACTION96
1.2019-1.22260.13292910.11865600X-RAY DIFFRACTION96
1.2226-1.24490.13113110.10815597X-RAY DIFFRACTION97
1.2449-1.26880.13642910.1045683X-RAY DIFFRACTION97
1.2688-1.29470.13482660.10165667X-RAY DIFFRACTION97
1.2947-1.32290.11973300.10065638X-RAY DIFFRACTION97
1.3229-1.35360.13562720.10085702X-RAY DIFFRACTION97
1.3536-1.38750.13833150.09455680X-RAY DIFFRACTION97
1.3875-1.4250.12362980.09435742X-RAY DIFFRACTION98
1.425-1.46690.10763000.08685678X-RAY DIFFRACTION98
1.4669-1.51430.10953330.08775704X-RAY DIFFRACTION98
1.5143-1.56840.11253050.08885750X-RAY DIFFRACTION98
1.5684-1.63120.11283010.0885780X-RAY DIFFRACTION99
1.6312-1.70540.11053170.08695783X-RAY DIFFRACTION99
1.7054-1.79540.11083140.09485785X-RAY DIFFRACTION99
1.7954-1.90780.11423160.09695786X-RAY DIFFRACTION99
1.9078-2.05510.11372710.09985873X-RAY DIFFRACTION99
2.0551-2.26190.12123370.10145848X-RAY DIFFRACTION100
2.2619-2.58920.12693180.115861X-RAY DIFFRACTION100
2.5892-3.26180.14273180.12955896X-RAY DIFFRACTION100
3.2618-37.84640.15012930.14436000X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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