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万見
- PDB-6nf7: Crystal Structure of RT1.Aa-Bu31-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nf7
タイトルCrystal Structure of RT1.Aa-Bu31-10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Bu31-10 peptide
  • RT1A.a
キーワードIMMUNE SYSTEM / transplantation / tolerance / CD8+ Tregs / rat / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Downstream TCR signaling / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / cellular response to morphine / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Generation of second messenger molecules ...Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Downstream TCR signaling / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / cellular response to morphine / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Generation of second messenger molecules / ER-Phagosome pathway / positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / DAP12 signaling / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / Neutrophil degranulation / cellular response to glucocorticoid stimulus / antigen processing and presentation / humoral immune response / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / defense response to fungus / toxic substance binding / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / immune response / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / RT1 class I histocompatibility antigen, AA alpha chain / Rano class II histocompatibility antigen, B-1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gras, S.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Cross-Reactive Donor-Specific CD8+Tregs Efficiently Prevent Transplant Rejection.
著者: Picarda, E. / Bezie, S. / Usero, L. / Ossart, J. / Besnard, M. / Halim, H. / Echasserieau, K. / Usal, C. / Rossjohn, J. / Bernardeau, K. / Gras, S. / Guillonneau, C.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RT1A.a
B: Beta-2-microglobulin
C: Bu31-10 peptide
D: RT1A.a
E: Beta-2-microglobulin
F: Bu31-10 peptide
G: RT1A.a
H: Beta-2-microglobulin
I: Bu31-10 peptide
J: RT1A.a
K: Beta-2-microglobulin
L: Bu31-10 peptide
M: RT1A.a
N: Beta-2-microglobulin
O: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,83315
ポリマ－226,83315
非ポリマー00
水00
1
A: RT1A.a
B: Beta-2-microglobulin
C: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3673
ポリマ－45,3673
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
D: RT1A.a
E: Beta-2-microglobulin
F: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3673
ポリマ－45,3673
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
3
G: RT1A.a
H: Beta-2-microglobulin
I: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3673
ポリマ－45,3673
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
4
J: RT1A.a
K: Beta-2-microglobulin
L: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3673
ポリマ－45,3673
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
5
M: RT1A.a
N: Beta-2-microglobulin
O: Bu31-10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3673
ポリマ－45,3673
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.046, 205.860, 100.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RT1A.a


分子量: 32045.551 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16391*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11783.478 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07151
#3: タンパク質・ペプチド
Bu31-10 peptide


分子量: 1537.632 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P29826*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.6, 28% PEG 8000 and 0.2 M Mg2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.864 Å / Num. obs: 52956 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.885 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Rpim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.9-2.993.30.78644990.418192.9
11.96-47.8644.30.0527470.995190.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ED3

1ed3


解像度: 2.9→47.864 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 2663 5.05 %
Rwork0.2074 --
obs0.2109 52702 94.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.43 Å2 / Biso mean: 39.9089 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15902 0 0 0 15902
残基数----1922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75622184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6996115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.95270.3681370.3032517265491
2.9527-3.00950.29431200.27212625274594
3.0095-3.07090.33741320.26742666279894
3.0709-3.13770.34031460.26262609275594
3.1377-3.21070.36491480.26382650279894
3.2107-3.2910.34491240.25982594271894
3.291-3.37990.3071440.23442687283195
3.3799-3.47930.3511330.22972655278895
3.4793-3.59160.28651550.21422681283695
3.5916-3.71990.26331360.20392638277495
3.7199-3.86880.29091230.20912698282195
3.8688-4.04480.28391530.20322645279895
4.0448-4.25790.24261570.18432667282495
4.2579-4.52450.22831520.16512624277695
4.5245-4.87350.22981390.15872651279094
4.8735-5.36340.21491260.16762639276593
5.3634-6.13810.27131360.19162596273293
6.1381-7.72810.27171520.20022602275493
7.7281-47.87090.20021500.17142595274591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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