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- PDB-5v5l: Crystal structure of HLA-B*5801 complex with HIV-1 gag derived pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v5l
タイトルCrystal structure of HLA-B*5801 complex with HIV-1 gag derived peptide TW10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
  • TW10
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / HIV / gag / TW10
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / RNA-directed DNA polymerase activity ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / RNA-directed DNA polymerase activity / : / : / positive regulation of receptor binding / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / cellular response to iron(III) ion / exoribonuclease H / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / host multivesicular body / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / DNA integration / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / establishment of integrated proviral latency / specific granule lumen / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / host cell / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / immune response / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Amyloid fiber formation
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Gag-Pol polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Li, X. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Cell. Mol. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of HLA-B*5801 with a TW10 HIV Gag epitope reveals a novel mode of peptide presentation.
著者: Li, X. / Lamothe, P.A. / Walker, B.D. / Wang, J.H.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: TW10
F: TW10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2806
ポリマ－90,2806
非ポリマー00
水9,566531
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: TW10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1403
ポリマ－45,1403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: TW10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1403
ポリマ－45,1403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.148, 85.632, 158.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-58 alpha chain / Bw-58 / MHC class I antigen B*58


分子量: 32098.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10319, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド TW10


分子量: 1162.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03366*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-20% w/v PEG 4000, 20% w/v 2-propanol, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 63127 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A1M

1a1m


解像度: 2.002→42.816 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 3071 4.87 %
Rwork0.1877 --
obs0.189 63119 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→42.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6346 0 0 531 6877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8258915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3044970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.002-2.03280.28381210.2412480X-RAY DIFFRACTION90
2.0328-2.06620.30311270.2242622X-RAY DIFFRACTION96
2.0662-2.10180.26141370.22092705X-RAY DIFFRACTION98
2.1018-2.140.25231200.21662737X-RAY DIFFRACTION99
2.14-2.18120.25611520.21952671X-RAY DIFFRACTION98
2.1812-2.22570.26161370.2072717X-RAY DIFFRACTION98
2.2257-2.27410.20591520.20262700X-RAY DIFFRACTION99
2.2741-2.3270.23951410.19962714X-RAY DIFFRACTION98
2.327-2.38520.26151180.2062747X-RAY DIFFRACTION99
2.3852-2.44970.25871520.19982709X-RAY DIFFRACTION100
2.4497-2.52170.21941530.1972642X-RAY DIFFRACTION96
2.5217-2.60310.22021130.19782766X-RAY DIFFRACTION99
2.6031-2.69610.24621570.20092730X-RAY DIFFRACTION99
2.6961-2.80410.26551580.20022726X-RAY DIFFRACTION99
2.8041-2.93170.21161350.19292754X-RAY DIFFRACTION99
2.9317-3.08620.22361200.19042783X-RAY DIFFRACTION99
3.0862-3.27950.1961380.18092723X-RAY DIFFRACTION97
3.2795-3.53260.18221450.17822784X-RAY DIFFRACTION100
3.5326-3.88790.19451410.16252792X-RAY DIFFRACTION100
3.8879-4.44990.16821520.15942802X-RAY DIFFRACTION100
4.4499-5.60450.17861490.16182798X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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