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- PDB-6ne9: Bacteroides intestinalis acetyl xylan esterase (BACINT_01039) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ne9
タイトルBacteroides intestinalis acetyl xylan esterase (BACINT_01039)
要素Isoamylase protein
キーワードHYDROLASE / carbohydrate esterase family 1
機能・相同性: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative esterase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides intestinalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.738 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes
著者: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoamylase protein
B: Isoamylase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,63124
ポリマ－86,9062
非ポリマー1,72522
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.703, 126.553, 110.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-722-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isoamylase protein


分子量: 43453.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2531_02003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3C975*PLUS

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非ポリマー , 5種, 509分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM Ammonium sulfate, 80 mM Sodium Cacodylate pH 6.5, and 21% PEG4000
Temp details: room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.738→28.6 Å / Num. obs: 145030 / % possible obs: 91.71 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.738→1.8 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2286 / Num. unique obs: 2851 / % possible all: 28.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.738→28.598 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 3859 5.01 %
Rwork0.1829 --
obs0.1846 76952 91.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.93 Å2 / Biso mean: 26.2957 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.738→28.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5562 0 262 487 6311
Biso mean--38.36 33 -
残基数----705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9277837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1472113
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7381-1.75930.558260.261728829410
1.7593-1.78160.3471340.287681785129
1.7816-1.8050.3357690.27791601167056
1.805-1.82970.27851110.26812420253186
1.8297-1.85590.2821580.25072657281595
1.8559-1.88360.27661560.24692757291398
1.8836-1.9130.26991430.22922833297699
1.913-1.94430.28261230.222528102933100
1.9443-1.97790.26221480.216828032951100
1.9779-2.01380.24131600.204627892949100
2.0138-2.05250.24111420.205228552997100
2.0525-2.09440.20681290.193828342963100
2.0944-2.13990.24421290.194628322961100
2.1399-2.18970.22161580.194328463004100
2.1897-2.24440.2441530.193428132966100
2.2444-2.30510.23721430.184728262969100
2.3051-2.37290.20851660.183628142980100
2.3729-2.44950.24131680.18652813298199
2.4495-2.5370.22371570.182528202977100
2.537-2.63850.21871650.17228272992100
2.6385-2.75840.19931610.169528262987100
2.7584-2.90370.19321510.167128472998100
2.9037-3.08550.21911550.1728633018100
3.0855-3.32340.19841440.168528763020100
3.3234-3.65720.19431220.157528943016100
3.6572-4.1850.18461590.155428703029100
4.185-5.26730.19761620.15182867302998
5.2673-28.60140.19871870.203529953182100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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