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万見
- PDB-6nce: Crystal structure of the human FOXN3 DNA binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nce
タイトルCrystal structure of the human FOXN3 DNA binding domain in complex with a forkhead DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*G)-3')
  • Forkhead box protein N3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / sequence specific DNA binding / regulation of transcription DNA templated / DNA Binding Transcription Factor Activity / forkhead / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


craniofacial suture morphogenesis / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein N3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Rogers, J.M. / Jarrett, S.M. / Seegar, T.C. / Waters, C.T. / Hallworth, A.N. / Blacklow, S.C. / Bulyk, M.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HG003985 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA220340 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Bispecific Forkhead Transcription Factor FoxN3 Recognizes Two Distinct Motifs with Different DNA Shapes.
著者: Rogers, J.M. / Waters, C.T. / Seegar, T.C.M. / Jarrett, S.M. / Hallworth, A.N. / Blacklow, S.C. / Bulyk, M.L.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein N3
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6116
ポリマ－21,4703
非ポリマー1413
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Protein Binding Microarray
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.940, 102.080, 34.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-411-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Forkhead box protein N3 / Checkpoint suppressor 1


分子量: 11677.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXN3, C14orf116, CHES1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00409

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*G)-3')


分子量: 4905.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 4887.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 22分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M BisTris pH 5.4, 0.2 M MgCl2, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→30.57 Å / Num. obs: 9664 / % possible obs: 96.62 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 85.51 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.04832 / Rpim(I) all: 0.03054 / Rrim(I) all: 0.05745 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.328 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 958 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.8254 / Rrim(I) all: 1.569 / % possible all: 94.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C6Y

2c6y


解像度: 2.598→30.57 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 42.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 957 9.98 %
Rwork0.2346 --
obs-9590 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→30.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数731 650 8 19 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5422146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.176768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5975-2.73440.49931310.45341208X-RAY DIFFRACTION95
2.7344-2.90560.45541420.3981264X-RAY DIFFRACTION98
2.9056-3.12980.43291360.34141236X-RAY DIFFRACTION98
3.1298-3.44450.31921330.26831204X-RAY DIFFRACTION94
3.4445-3.94210.27331380.21141228X-RAY DIFFRACTION98
3.9421-4.96380.22131370.20021245X-RAY DIFFRACTION97
4.9638-32.32970.23671400.20051251X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.90212.4576-4.23075.8399-5.18257.39691.3373-1.83760.4150.6285-0.8365-0.0191-2.45270.4522-0.60821.4618-0.2705-0.08980.972-0.09280.6495121.22944.882847.1142
29.8024-4.8584-4.12389.18752.35662.5975-0.4093-0.4853-1.5540.26570.22570.63552.24340.94020.0581.0724-0.0364-0.12950.7980.09010.7703125.295-4.576844.2123
36.1684-5.07063.11419.6351-3.1791.93181.2688-0.5227-0.4393-0.2004-0.3011.3013-2.3375-0.0306-0.81781.2997-0.249-0.1570.7122-0.01540.7075113.6571-0.943444.3614
43.6294-2.2615-3.16225.6852-3.23729.05330.3477-1.4179-1.3304-0.45221.06591.9633-0.72510.2374-1.89520.5853-0.2235-0.06170.98250.01420.7954123.74732.588631.5908
55.98483.7643-2.32395.5218-4.58554.017-0.6607-0.1436-1.5133-3.72850.9373-0.7745-1.9996-0.1826-0.45681.34080.069-0.00080.7055-0.24860.8086127.3599-4.105732.3108
69.6162-4.3479-5.70395.20635.41435.81691.69560.01882.2578-2.62661.22040.9432-3.04271.2612-2.68511.6029-0.38180.24890.82730.0531.5313127.27812.847339.6896
76.0437-4.0463-4.25184.17432.77737.1993-2.26711.4635-2.619-4.75470.01786.18750.5765-0.61531.8193.03770.0599-0.57221.03140.272.3868109.90421.144432.0461
87.9083-5.3918-2.77828.5908-3.41418.3430.41350.9111-1.2205-1.9721-1.20381.64650.9756-0.80220.90311.58-0.1195-0.09060.7393-0.09791.1632108.7901-4.34233.65
98.7381-3.2876-1.20787.81377.03456.04020.31381.4795-1.33220.1933-0.40281.0856-0.2042-0.1868-0.13161.20270.1542-0.27610.8141-0.21991.1184110.4625-8.673732.6462
103.84043.76294.79934.36784.48865.9835-1.5351-1.53733.4256-2.0202-1.51541.642-3.4031-0.15682.6222.09470.009-0.04991.16340.14631.609106.111916.265639.2676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 111 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 147 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 168 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 169 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 176 through 192 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 193 through 207 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 6 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 10 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 11 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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