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- PDB-6fpx: Structure of S. pombe Mmi1 in complex with 11-mer RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fpx
タイトルStructure of S. pombe Mmi1 in complex with 11-mer RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
  • YTH domain-containing protein mmi1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Meiosis mRNA decay
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island ...: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / lncRNA catabolic process / CCR4-NOT complex binding / protein-RNA adaptor activity / regulatory ncRNA 3'-end processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / pre-mRNA binding / lncRNA binding / mRNA destabilization / pre-mRNA intronic binding / mRNA binding / chromatin / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA binding exosome specificity factor Mmi1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Stowell, J.A.W. / Hill, C.H. / Yu, M. / Wagstaff, J.L. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Passmore, L.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105192715 英国
European Research Council261151
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A low-complexity region in the YTH domain protein Mmi1 enhances RNA binding.
著者: Stowell, J.A.W. / Wagstaff, J.L. / Hill, C.H. / Yu, M. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Passmore, L.A.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing protein mmi1
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
C: YTH domain-containing protein mmi1
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
E: YTH domain-containing protein mmi1
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6549
ポリマ－75,3776
非ポリマー2763
水3,963220
1
A: YTH domain-containing protein mmi1
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2183
ポリマ－25,1262
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
2
C: YTH domain-containing protein mmi1
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3104
ポリマ－25,1262
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
3
E: YTH domain-containing protein mmi1
F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1262
ポリマ－25,1262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.331, 105.331, 66.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing protein mmi1 / Meiotic mRNA interception protein 1


分子量: 21713.705 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: mmi1, SPCC736.12c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O74958
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*AP*AP*CP*CP*UP*A)-3')


分子量: 3412.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 8K, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→91.2 Å / Num. obs: 58703 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4049 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称分類
xia2データ削減
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化解像度: 1.97→45.61 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1983 3.38 %
Rwork0.2002 --
obs0.2013 58635 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4193 582 18 220 5013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4156769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7592931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9672-2.01640.3091410.27973960X-RAY DIFFRACTION97
2.0164-2.07090.26381400.26074073X-RAY DIFFRACTION100
2.0709-2.13180.30261430.23454041X-RAY DIFFRACTION100
2.1318-2.20060.28271410.22434032X-RAY DIFFRACTION100
2.2006-2.27930.24921360.22174059X-RAY DIFFRACTION100
2.2793-2.37050.24411400.21564037X-RAY DIFFRACTION100
2.3705-2.47840.23071450.20584058X-RAY DIFFRACTION100
2.4784-2.60910.27731440.21374058X-RAY DIFFRACTION100
2.6091-2.77250.26241460.22084075X-RAY DIFFRACTION100
2.7725-2.98660.28811500.23114036X-RAY DIFFRACTION100
2.9866-3.2870.27991440.21734062X-RAY DIFFRACTION100
3.287-3.76250.21721420.20194065X-RAY DIFFRACTION100
3.7625-4.73950.21211380.16674046X-RAY DIFFRACTION100
4.7395-45.62190.1811330.17844050X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0896-0.1441-1.02093.69895.83219.5081-0.38740.3633-0.1993-0.3217-0.2952-0.06160.10420.61450.72010.80120.09260.06280.61580.13390.503752.4121-11.68985.3607
21.43990.41540.4912.08070.643.85130.0115-0.0807-0.02710.0112-0.17490.1601-0.0161-0.56230.14360.19960.01260.00970.3201-0.03050.275940.6847-28.304413.1408
31.748-0.6004-0.84265.2718-0.59711.5902-0.16130.37540.3514-0.01180.10980.6816-0.3487-0.6466-0.0080.42950.1996-0.13710.66110.02320.58430.4201-15.59113.6753
47.503-1.32980.41241.44880.22353.6173-0.4056-0.0332-0.05440.10350.08860.1056-0.5931-0.37130.28990.45120.0697-0.00420.29140.00590.2959-5.1924-48.82682.192
52.51450.44810.72331.4014-0.13285.4717-0.15050.05430.12790.083-0.0318-0.0929-0.64650.48330.16110.3609-0.0479-0.0310.30490.00780.3345.8396-49.96270.3861
63.3714-4.4154-1.16368.2076-1.86395.148-0.5322-0.74361.58930.2302-0.1406-0.3232-1.13540.05120.49980.89890.0439-0.16570.4172-0.17750.66481.3211-35.41169.4087
71.9360.88090.36332.41770.35253.85090.2048-0.2340.03930.2989-0.2269-0.3470.10780.75450.00430.68620.0214-0.07180.88060.01730.65239.909-8.863634.0676
82.5160.579-0.64492.2642-0.38453.2724-0.09730.0901-0.17230.20930.0393-0.05740.35980.09280.06640.759-0.01710.00210.62650.00640.5484-0.8008-12.397632.5413
96.5243-0.4727-0.84455.16220.94343.9064-0.3437-1.0827-0.99520.4671-0.1147-1.21021.21941.14390.30960.90880.2927-0.00740.92830.18041.082412.9278-22.386940.6697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 312 through 328 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 329 through 488 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -3 through 7 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 313 through 370 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 371 through 488 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid -4 through 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 314 through 370 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 371 through 488 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid -2 through 6 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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