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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2atz | ||||||
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Title | Crystal structure of protein HP0184 from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | H. pylori predicted coding region HP0184 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Helicobacter pylori / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | HP0184-like / Domain of unknown function DUF1882 / Domain of unknown function (DUF1882) / DNA primase, PRIM domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DUF1882 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of protein HP0184 from Helicobacter pylori Authors: Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 50.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 39.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 823.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 827.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21480.002 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-DGT / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: Tris, CL, PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2005 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 14694 / Num. obs: 14653 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 63.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique all: 1385 / % possible all: 97.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.648 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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