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万見
- PDB-4m9q: Crystal structure of C-terminally truncated Arl13B from Chlamydom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m9q
タイトルCrystal structure of C-terminally truncated Arl13B from Chlamydomonas rheinhardtii bound to GppNHp
要素ARF-like GTPase
キーワードHYDROLASE / GTPase / G domain / Joubert Syndrome / cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary membrane / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / ADP-ribosylation factor-like protein 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Miertzschke, M. / Koerner, C. / Spoerner, M. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the small G-protein Arl13B and implications for Joubert syndrome.
著者: Miertzschke, M. / Koerner, C. / Spoerner, M. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32014年4月9日Group: Experimental preparation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARF-like GTPase
B: ARF-like GTPase
C: ARF-like GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,48512
ポリマ－77,5573
非ポリマー1,9289
水1,17165
1
A: ARF-like GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4954
ポリマ－25,8521
非ポリマー6433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ARF-like GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4954
ポリマ－25,8521
非ポリマー6433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ARF-like GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4954
ポリマ－25,8521
非ポリマー6433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.050, 76.830, 172.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A18 - 211
2112B18 - 211
3112C18 - 211

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.441507, 0.896486, -0.037214), (-0.896638, 0.442364, 0.018845), (0.033357, 0.025047, 0.99913)4.28349, 12.75831, 28.20193
3given(0.447433, -0.891721, -0.068101), (0.894093, 0.447729, 0.011701), (0.020056, -0.066124, 0.99761)5.60781, -10.11759, -28.93787

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要素

#1: タンパク質 ARF-like GTPase / Arl13B


分子量: 25852.311 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-242 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: ARL13, CHLREDRAFT_195529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8INQ0, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 30% PEG5000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: silicon mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.83 Å / Num. all: 22958 / Num. obs: 22891 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 30.03
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.78 / Rsym value: 0.519 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PRODCデータ収集
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KSH

1ksh


解像度: 2.5→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.783 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.746 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23536 1145 5 %RANDOM
Rwork0.18969 ---
obs0.192 21746 99.71 %-
all-22891 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.03 Å20 Å20 Å2
2---2.89 Å20 Å2
3----3.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4508 0 114 65 4687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.9896756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01738278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1265628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.11824.097227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.47215867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.21542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021008
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1146MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2B1146MEDIUM POSITIONAL0.050.5
3C1146MEDIUM POSITIONAL0.050.5
1A977TIGHT THERMAL3.870.5
2B977TIGHT THERMAL4.790.5
3C977TIGHT THERMAL4.020.5
1A1146MEDIUM THERMAL4.222
2B1146MEDIUM THERMAL5.142
3C1146MEDIUM THERMAL4.252
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 76 -
Rwork0.28 1410 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18290.0845-0.49696.4537-0.50983.1690.0958-0.04580.0643-0.0948-0.2476-0.2509-0.08790.34620.15180.0927-0.00310.05670.04720.03420.074111.9325-5.3397-41.5916
24.9834-1.7672-0.74024.55650.28566.0804-0.12650.20080.15980.3242-0.01810.0555-0.6135-0.23590.14460.1280.0213-0.00740.04710.03090.040417.4686-2.7077-70.5041
33.56831.6012-0.19114.78271.68856.5329-0.02-0.18330.1434-0.0088-0.40160.17710.4603-0.28590.42160.0774-0.04910.06580.0973-0.04370.07766.399-2.3734-12.5184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2B18 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 302
5X-RAY DIFFRACTION3C16 - 208
6X-RAY DIFFRACTION3C301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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