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万見
- PDB-6lbm: Crystal Structure of FOXC2-DBD bound to a palindromic DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lbm
タイトルCrystal Structure of FOXC2-DBD bound to a palindromic DNA sequence
要素
  • Forkhead box protein C2
  • IRE0
キーワードTRANSCRIPTION / Forkhead transcription / DNA binding specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / positive regulation of vascular wound healing / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / Formation of the ureteric bud / lymphangiogenesis / podocyte differentiation ...apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / positive regulation of vascular wound healing / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / Formation of the ureteric bud / lymphangiogenesis / podocyte differentiation / glomerular mesangial cell development / neural crest cell development / regulation of organ growth / metanephros development / camera-type eye development / embryonic heart tube development / collagen fibril organization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / branching involved in blood vessel morphogenesis / mesoderm development / blood vessel remodeling / anatomical structure morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / somitogenesis / response to hormone / Notch signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / ossification / blood vessel diameter maintenance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.841 Å
データ登録者Li, J. / Dai, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Mechanism of forkhead transcription factors binding to a novel palindromic DNA site.
著者: Li, J. / Dai, S. / Chen, X. / Liang, X. / Qu, L. / Jiang, L. / Guo, M. / Zhou, Z. / Wei, H. / Zhang, H. / Chen, Z. / Chen, L. / Chen, Y.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Forkhead box protein C2
A: IRE0
B: IRE0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6204
ポリマ－24,5963
非ポリマー241
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, bicare
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.521, 42.656, 103.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein C2 / Forkhead-related protein FKHL14 / Mesenchyme fork head protein 1 / MFH-1 protein / Transcription factor FKH-14


分子量: 12330.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXC2, FKHL14, MFH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99958
#2: DNA鎖 IRE0


分子量: 6132.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM HEPES, pH 7.5, 8%-12% PEG4000 (w/v), 250 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→39.281 Å / Num. obs: 9399 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 71.1 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 15.43
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 547 / CC1/2: 0.718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000V716.1data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AKO

6ako


解像度: 2.841→39.281 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 414 4.41 %
Rwork0.2327 --
obs0.234 9390 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.17 Å2 / Biso mean: 82.1874 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.841→39.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 590 1 12 1393
Biso mean--69.32 66.26 -
残基数----124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7092115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.336774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.841-2.940.30761200.3076265185
2.94-4.09580.27811480.24993118100
4.0958-39.2810.24411460.2062320799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0022-1.3206-0.21192.17440.24755.95980.0073-0.5350.2320.15930.19850.331-0.5631-0.3749-0.35710.2794-0.00940.02030.40940.02820.277117.4709-6.21875.1432
23.8067-1.6607-2.39035.9382.99286.31110.5058-0.81760.07140.9985-0.1262-2.07390.0994-0.432-0.46350.3384-0.0136-0.13710.5278-0.02910.4898124.6413-10.034811.6036
32.87222.13443.79357.235-2.9392.00090.6946-1.04851.83471.69010.9840.2948-1.62870.06391.72520.7932-0.17330.1160.2354-0.82820.2779117.87722.387613.5757
46.523-1.6312-0.32096.1650.90825.11750.6314-0.6665-0.4920.8244-0.56520.2380.1595-1.1563-0.260.3474-0.1033-0.03090.57020.09680.3796112.7833-13.055513.0713
54.1064-1.67031.18991.3582-0.27080.40640.8071-0.3418-1.47410.4803-0.13411.24150.59691.615-0.36870.97450.0711-0.28211.3950.14160.6806126.4261-23.464918.3199
64.6115-3.4103-3.34998.29450.57583.0852-0.2989-0.0018-1.2554-0.6583-0.23750.7960.7889-0.96680.31350.5671-0.13940.00650.28610.1230.4592119.0971-20.47715.8461
79.5189-4.50114.28062.6138-1.66572.199-0.28881.78270.3132-0.9285-0.23220.836-0.05580.37250.05480.48970.0293-0.2820.4977-0.00951.0524117.6062-13.7639-3.7618
87.9374-4.52940.6247.5747-0.1382.95510.26541.3027-2.0433-2.3980.29051.6106-0.6233-0.3894-0.39250.67650.17260.03530.5777-0.16020.4307117.9489-5.793-4.4542
94.18355.35992.42259.87532.08971.72840.3302-0.0179-0.9947-1.34060.28120.16480.0971-0.03410.32470.3730.35-0.46011.2263-0.59291.1421110.5109-14.044-7.2722
104.1516-0.21330.13913.8719-0.30724.06960.0431-1.6898-1.08241.31230.2407-0.0283-0.5097-0.2424-0.22870.7034-0.02370.0091.27020.21030.8218108.4284-13.239319.6344
113.3866-2.42260.12273.5097-1.57774.8995-0.0783-1.9772-0.26381.01540.69420.9655-0.667-1.004-0.46440.8625-0.1780.00261.53220.11350.8241106.2501-12.028819.7986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 71 through 87 )C71 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 88 through 105 )C88 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 106 through 112 )C106 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 113 through 133 )C113 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 134 through 144 )C134 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 145 through 152 )C145 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 153 through 157 )C153 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 158 through 162 )C158 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 163 through 168 )C163 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 7 through 20 )B7 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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