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Yorodumi- PDB-6lbi: Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic D... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6lbi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / FOXO1 / protein-DNA complex / DNA binding | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / protein acetylation / temperature homeostasis / cellular response to cold / negative regulation of fat cell differentiation / blood vessel development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / intracellular glucose homeostasis / fat cell differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / canonical Wnt signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / energy homeostasis / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to nitric oxide / protein phosphatase 2A binding / cellular response to starvation / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin secretion / MAPK6/MAPK4 signaling / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of protein catabolic process / insulin receptor signaling pathway / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.067 Å | ||||||
Authors | Li, J. / Dai, S.Y. / Chen, Y.H. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021Title: Mechanism of forkhead transcription factors binding to a novel palindromic DNA site. Authors: Li, J. / Dai, S. / Chen, X. / Liang, X. / Qu, L. / Jiang, L. / Guo, M. / Zhou, Z. / Wei, H. / Zhang, H. / Chen, Z. / Chen, L. / Chen, Y. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6lbi.cif.gz | 333 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6lbi.ent.gz | 265.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6lbi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6lbi_validation.pdf.gz | 498.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6lbi_full_validation.pdf.gz | 499.9 KB | Display | |
| Data in XML | 6lbi_validation.xml.gz | 19.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6lbi_validation.cif.gz | 27.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6lbmC ![]() 3co6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: DNA chain | Mass: 6132.991 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 13220.834 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FOXO1, FKHR, FOXO1A / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.24 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97915 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.06→46.793 Å / Num. obs: 17379 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 26.62 Å2 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.06→3.17 Å / Num. unique obs: 314 / Rpim(I) all: 1.208 |
| Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3CO6 Resolution: 3.067→46.793 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.78 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 103.73 Å2 / Biso mean: 43.6204 Å2 / Biso min: 8.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.067→46.793 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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