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- PDB-6lbi: Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic D... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lbi | ||||||
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Title | Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / FOXO1 / protein-DNA complex / DNA binding | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / cellular response to cold / FOXO-mediated transcription of cell death genes / temperature homeostasis / negative regulation of fat cell differentiation / protein acetylation / blood vessel development / fat cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / cellular response to nitric oxide / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin secretion / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to starvation / protein phosphatase 2A binding / promoter-specific chromatin binding / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin DNA binding / beta-catenin binding / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to insulin stimulus / insulin receptor signaling pathway / gene expression / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Dai, S.Y. / Chen, Y.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mechanism of forkhead transcription factors binding to a novel palindromic DNA site. Authors: Li, J. / Dai, S. / Chen, X. / Liang, X. / Qu, L. / Jiang, L. / Guo, M. / Zhou, Z. / Wei, H. / Zhang, H. / Chen, Z. / Chen, L. / Chen, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Data in XML | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lbmC ![]() 3co6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 6132.991 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13220.834 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.06→46.793 Å / Num. obs: 17379 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 26.62 Å2 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.06→3.17 Å / Num. unique obs: 314 / Rpim(I) all: 1.208 |
Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3CO6 Resolution: 3.067→46.793 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.73 Å2 / Biso mean: 43.6204 Å2 / Biso min: 8.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.067→46.793 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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