PDB-6ymz: Structure of the CheB methylsterase from P. atrosepticum SCRI1043

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ymz

タイトル

Structure of the CheB methylsterase from P. atrosepticum SCRI1043

要素

Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

キーワード

HYDROLASE / BACTERIAL CHEMOTAXIS / METHYLESTERASE / CHEMORECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamate methylesterase / protein-glutamate methylesterase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / phosphorelay response regulator activity / chemotaxis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Krell, T. / Velando-Soriano, F. / Matilla, M.A.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Evidence for Pentapeptide-Dependent and Independent CheB Methylesterases.
著者: Velando, F. / Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Matilla, M.A. / Krell, T.

履歴

登録	2020年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ymz.cif.gz	676.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ymz.ent.gz	558.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ymz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ymz_validation.pdf.gz	502.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ymz_full_validation.pdf.gz	522 KB	表示
XML形式データ	6ymz_validation.xml.gz	64.3 KB	表示
CIF形式データ	6ymz_validation.cif.gz	90 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a2oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vdx-2 4bqn-1 1by7-d 5b5u-d 3sto-d 1jti-2 6z1t-2 6dwu-20 1yre-1 3kl5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

B: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

C: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

D: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

E: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

194 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.741, 148.741, 206.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase 分子量: 38615.965 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672) (バクテリア) 遺伝子: cheB, ECA1693 / 細胞株 (発現宿主): D3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6D6I7, protein-glutamate methylesterase, protein-glutamine glutaminase

#1: タンパク質

Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase

分子量: 38615.965 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pectobacterium atrosepticum (strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672) (バクテリア)
遺伝子: cheB, ECA1693 / 細胞株 (発現宿主): D3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6D6I7, protein-glutamate methylesterase, protein-glutamine glutaminase

-
非ポリマー , 5種, 505分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 2.0M NH4 Sulphate,0.1M Tris-HCl pH 8.50 // 1.25M Na Citrate, 0.1M Na-Hepes pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→63.31 Å / Num. obs: 98138 / % possible obs: 98.44 % / 冗長度: 26.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / CC_1/2: 0.826 / Net I/σ(I): 40.01
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 25.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique obs: 9778 / CC_1/2: 0.649 / % possible all: 98.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1a2o

1a2o

解像度: 2.3→63.31 Å / SU ML: 0.258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5478

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	4877	5 %
R_work	0.1919	-	-
obs	0.1935	97531	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→63.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12787	0	59	492	13338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13761
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6978	18680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0455	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.0517	11590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.2948	194	0.248	2995	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.33-2.35	0.2695	215	0.2377	3055	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.35-2.38	0.2817	150	0.2334	3082	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.38-2.41	0.2574	167	0.2348	3072	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.41-2.44	0.2899	151	0.2283	3094	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.44-2.48	0.2625	162	0.2184	3033	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.48-2.51	0.2628	154	0.2165	3102	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.51-2.55	0.2437	150	0.2036	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.55-2.59	0.2484	185	0.2034	3117	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.59-2.63	0.2426	164	0.2079	3065	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.63-2.68	0.2422	154	0.211	3133	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.68-2.73	0.2121	191	0.1945	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.73-2.78	0.2529	158	0.2001	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.78-2.84	0.2655	159	0.2022	3128	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.84-2.9	0.2508	150	0.201	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.9-2.97	0.2315	174	0.1884	3116	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.97-3.04	0.2024	163	0.1893	3075	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.04-3.12	0.2596	175	0.1898	3064	X-RAY DIFFRACTION	98.81
3.12-3.21	0.2577	173	0.1813	3120	X-RAY DIFFRACTION	98.59
3.21-3.32	0.2025	124	0.1829	3134	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.32-3.44	0.2481	133	0.1753	3158	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.44-3.57	0.1864	172	0.167	3112	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.57-3.74	0.1974	159	0.166	3082	X-RAY DIFFRACTION	98.27
3.74-3.93	0.2078	174	0.1693	3021	X-RAY DIFFRACTION	97.56
3.93-4.18	0.1925	150	0.1659	3094	X-RAY DIFFRACTION	97.74
4.18-4.5	0.1899	152	0.1635	3120	X-RAY DIFFRACTION	98.29
4.5-4.95	0.2088	167	0.1747	3090	X-RAY DIFFRACTION	98.1
4.95-5.67	0.224	159	0.2003	3100	X-RAY DIFFRACTION	98.58
5.67-7.14	0.2553	162	0.2249	3066	X-RAY DIFFRACTION	97.26
7.14-63.31	0.2085	136	0.2167	3094	X-RAY DIFFRACTION	95.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.206240966223	-0.0945406423538	0.0227129171213	1.1935716146	-0.10155843093	0.149297153666	-0.0331027604877	-0.036903358919	0.0468680154388	0.00990139846972	0.0459092785078	0.000262084901657	-0.0415165649235	-0.0462165208597	-0.0237166255129	0.114299547368	-0.0111547180128	0.00148984754261	0.0721602391905	0.00369495449438	0.0887258860472	45.8591371157	55.0124956992	0.46412951465
2	0.554725814934	0.77732185235	-0.031821428544	1.67633601847	0.503237137511	0.119580699011	-0.0456190362245	0.0234130047226	-0.120215991703	0.0471016780565	0.114494449782	-0.189178346067	0.0415412319538	0.0877831149845	-0.00880311787327	0.148180323621	-0.00453054300876	-0.0122888912846	0.112453747202	-0.0421300910887	0.155631918484	34.6374623869	3.49168425579	-17.7959315613
3	1.33608220535	-0.280727259524	-0.177257126316	0.244278229947	0.0794321092661	0.218988060841	0.0162212321144	0.0381889107635	-0.0527412675964	-0.0296341016499	-0.00495730963605	0.0649296384208	-0.0541339951337	-0.0580249544825	0.00658186167413	0.0997048758463	-0.00330866374255	0.0056545279401	0.142667633439	0.00197148080581	0.107890757932	19.3634437788	28.5451602724	29.5909422629
4	0.543948516381	-0.848759655357	-0.0314279687916	1.50288678471	0.47970481864	0.180499642936	-0.0489396704438	-0.0328810909728	0.133679627714	-0.037611061711	0.120489002058	-0.180033281028	-0.0278130346007	0.0956639074942	0.00293114839991	0.140222549039	0.00487786180708	0.00505741487247	0.10569662859	-0.0563397022508	0.132444946582	34.1350356002	-3.01457896028	-55.3367394025
5	0.543265816165	-0.201992142317	0.113788152573	0.35504889861	0.0331818391417	0.152617051566	-0.0765896370761	-0.104191204973	-0.210801862778	-0.0236304327974	0.0553980896015	0.148563083263	-0.0355177641835	0.0371588751405	6.77602659559E-5	0.528423344331	-0.0210412334806	0.0781320189144	0.540899117441	-0.000659004774663	0.368363878352	45.6812243824	56.3807899853	-36.5889779798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 7 through 356)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 6 through 356)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 7 through 356)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 6 through 355)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 7 through 350)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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