PDB-6n4a: PII-like SbtB from Cyanobium sp PCC 7001 (apo)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n4a

タイトル

PII-like SbtB from Cyanobium sp PCC 7001 (apo)

要素

PII-like SbtB

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Pii-like signalling protein / SbtB / cyanobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kaczmarski, J.A. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structure and function of SbtB from Cyanobium sp. 7001
著者: Jackson, C. / Kaczmarski, J.A. / Price, D.

履歴

登録	2018年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n4a.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n4a.ent.gz	84.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n4a_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n4a_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	6n4a_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6n4a_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/6n4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/6n4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mm2C 6mmcC 6mmoC 6mmqC 6ntbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mmq-2 6mmo-1 3l86-d 3bue-2 3iip-4 6tqa-4 6mmq-1 4wk3-1 4bp0-4 2p4z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PII-like SbtB

B: PII-like SbtB

C: PII-like SbtB

D: PII-like SbtB

E: PII-like SbtB

F: PII-like SbtB

ヘテロ分子

68.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PII-like SbtB

B: PII-like SbtB

C: PII-like SbtB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Trimeric
34.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PII-like SbtB

E: PII-like SbtB

F: PII-like SbtB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.622, 51.030, 66.598
Angle α, β, γ (deg.)	94.390, 106.130, 103.550
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PII-like SbtB 分子量: 11396.966 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) 遺伝子: CPCC7001_1671 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5II98
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25 mM Na2H/KH2PO4 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953657 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953657 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.03 Å / Num. obs: 24704 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 2386 / CC_1/2: 0.574 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.03 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /

	反射数	%反射
obs	24695	98.0278 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.6 Å² / B_iso mean: 75.1516 Å² / B_iso min: 32.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3972	0	10	22	4004

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)