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- PDB-6n44: Sheep Galectin-11 (LGALS11) complex with glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n44
タイトルSheep Galectin-11 (LGALS11) complex with glycerol
要素Galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glycan binding / Lectin / Galectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / :
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Beddoe, T.C. / Sakthivel, D.
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: The oligomeric assembly of galectin-11 is critical for anti-parasitic activity in sheep (Ovis aries).
著者: Sakthivel, D. / Preston, S. / Gasser, R.B. / Costa, T.P.S.D. / Hernandez, J.N. / Shahine, A. / Shakif-Azam, M.D. / Lock, P. / Rossjohn, J. / Perugini, M.A. / Gonzalez, J.F. / Meeusen, E. / ...著者: Sakthivel, D. / Preston, S. / Gasser, R.B. / Costa, T.P.S.D. / Hernandez, J.N. / Shahine, A. / Shakif-Azam, M.D. / Lock, P. / Rossjohn, J. / Perugini, M.A. / Gonzalez, J.F. / Meeusen, E. / Piedrafita, D. / Beddoe, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Cloning, expression, purification and crystallographic studies of galectin-11 from domestic sheep (Ovis aries).
著者: Sakthivel, D. / Littler, D. / Shahine, A. / Troy, S. / Johnson, M. / Rossjohn, J. / Piedrafita, D. / Beddoe, T.
履歴
登録2018年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin
B: Galectin
C: Galectin
D: Galectin
E: Galectin
F: Galectin
G: Galectin
H: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,10813
ポリマ－124,6478
非ポリマー4605
水26,6441479
1
A: Galectin
E: Galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1622
ポリマ－31,1622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
2
B: Galectin
D: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3464
ポリマ－31,1622
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
3
C: Galectin
ヘテロ分子

H: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3464
ポリマ－31,1622
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y+1/2,-z+1/21
Buried area1820 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
4
F: Galectin
ヘテロ分子

G: Galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2543
ポリマ－31,1622
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.170, 127.450, 141.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Galectin / Galectin-11


分子量: 15580.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 株: Merino / Cell: Epithelial cells / 器官: Abomasum / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7EMW6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% v/v Tacsimate, pH 7.0, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG3350
PH範囲: 7.3 - 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.384 Å / Num. obs: 115747 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 16.26 Å2 / Net I/σ(I): 1.33
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10_2148精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G86

1g86


解像度: 2→38.384 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 5812 5.02 %
Rwork0.1924 --
obs0.1946 115747 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.71 Å2 / Biso mean: 19.5932 Å2 / Biso min: 5.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8478 0 30 1479 9987
Biso mean--30.72 28.18 -
残基数----1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96711842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9125164
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.30211790.25923535371495
2.0227-2.04650.31011850.26073497368294
2.0465-2.07150.39221900.32793494368496
2.0715-2.09770.28751930.25453523371695
2.0977-2.12530.25262010.21963523372496
2.1253-2.15440.28011790.20853572375196
2.1544-2.18520.22171760.21143563373996
2.1852-2.21780.25841760.22933640381698
2.2178-2.25240.43151790.3423584376397
2.2524-2.28940.322130.25333601381498
2.2894-2.32880.24441930.19153594378798
2.3288-2.37120.23471870.19223661384899
2.3712-2.41680.26471980.20693639383799
2.4168-2.46610.25742010.21093634383599
2.4661-2.51970.30062040.20843674387899
2.5197-2.57830.28382110.19213676388799
2.5783-2.64280.2561810.18823664384599
2.6428-2.71420.2432160.19843714393099
2.7142-2.79410.23481920.1823663385599
2.7941-2.88420.2331890.18813702389199
2.8842-2.98730.28861970.199736983895100
2.9873-3.10680.25711720.194537623934100
3.1068-3.24820.20612300.169936683898100
3.2482-3.41930.18982100.165437233933100
3.4193-3.63340.20482080.167237503958100
3.6334-3.91370.18611750.159537773952100
3.9137-4.3070.19291810.149537943975100
4.307-4.92920.1581880.128738113999100
4.9292-6.2060.18692020.163738204022100
6.206-38.39070.22512060.19353979418599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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