[日本語] English
万見
- PDB-6n3r: Sheep Galectin-11 (LGALS11) complex with galactose -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n3r
タイトルSheep Galectin-11 (LGALS11) complex with galactose
要素Galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glycan binding / Galectin / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / :
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Galectin
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Beddoe, T.C. / Sakthivel, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Sheep Galectin-11 (LGALS11) complex with galactose
著者: Beddoe, T.C. / Sakthivel, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Cloning, expression, purification and crystallographic studies of galectin-11 from domestic sheep (Ovis aries).
著者: Sakthivel, D. / Littler, D. / Shahine, A. / Troy, S. / Johnson, M. / Rossjohn, J. / Piedrafita, D. / Beddoe, T.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galectin
B: Galectin
C: Galectin
D: Galectin
E: Galectin
F: Galectin
G: Galectin
H: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,54813
ポリマ－124,6478
非ポリマー9015
水19,1681064
1
A: Galectin
E: Galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1622
ポリマ－31,1622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
2
B: Galectin
D: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5224
ポリマ－31,1622
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
3
C: Galectin
ヘテロ分子

H: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5224
ポリマ－31,1622
非ポリマー3602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_847-x+3,y-1/2,-z+5/21
Buried area1610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
4
F: Galectin
ヘテロ分子

G: Galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3423
ポリマ－31,1622
非ポリマー1801
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x+1/2,-y+5/2,-z+21
Buried area1270 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.110, 127.430, 140.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Galectin / Galectin-11


分子量: 15580.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 株: Merino / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7EMW6
#2: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1064 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% v/v Tacsimate, pH 7.0, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG3350
PH範囲: 7.3 - 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→47.169 Å / Num. obs: 68286 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.71→2.81 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10_2148精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.397→47.169 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 3454 5.06 %
Rwork0.1604 64797 -
obs0.1629 68251 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.18 Å2 / Biso mean: 24.3736 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.397→47.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8494 0 60 1064 9618
Biso mean--42.57 30.02 -
残基数----1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89911971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7945238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.397-2.42980.28351330.19425712704100
2.4298-2.46450.25321310.196825662697100
2.4645-2.50130.27061370.190125662703100
2.5013-2.54040.26371330.191225592692100
2.5404-2.58210.22111480.187725302678100
2.5821-2.62660.25051170.185825802697100
2.6266-2.67430.26371210.185525802701100
2.6743-2.72580.23481370.181725662703100
2.7258-2.78140.24021400.183625542694100
2.7814-2.84190.24181330.181225982731100
2.8419-2.9080.21271520.176625532705100
2.908-2.98070.24311500.169825392689100
2.9807-3.06130.23341510.170925802731100
3.0613-3.15130.23351350.169825732708100
3.1513-3.2530.19811290.166225942723100
3.253-3.36930.21211260.164425872713100
3.3693-3.50410.21161290.154725912720100
3.5041-3.66350.21191590.158225862745100
3.6635-3.85660.18911350.149626082743100
3.8566-4.09810.17721350.137126062741100
4.0981-4.41430.15461370.124126112748100
4.4143-4.85810.12821400.106226342774100
4.8581-5.56020.19041380.13126322770100
5.5602-7.00150.19421510.169826682819100
7.0015-47.17830.22421570.18452765292299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る