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- PDB-6n41: Crystal structure of InvbM.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n41
タイトルCrystal structure of InvbM.18715.a.KN11: Influenza hemagglutinin from strain A/Netherlands/002P1/1951
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Inflenza hemagglutinin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,83036
ポリマ－169,2693
非ポリマー7,56133
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23950 Å2
ΔGint99 kcal/mol
Surface area58300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.280, 123.410, 119.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...
31(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2
121(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2 - 601
131(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2 - 601
141(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2 - 601
151(chain A and ((resid 2 and (name N or name...A2 - 601
211(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2
221(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 508
231(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 508
241(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 508
251(chain B and ((resid 2 and (name N or name...B2 - 508
311(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...C2 - 23
321(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...C24
331(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...C2 - 511
341(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...C2 - 511
351(chain C and (resid 2 through 23 or (resid 24...C2 - 511

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 56422.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Netherlands/002P1/1951(H1N1) / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: E6XTV3

-
糖 , 5種, 17分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 252分子

#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: SEC purified InvbM.18715.a.KN11.PD38309 at 10.4mg/ml (in 25mM TRIS pH 8, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.1:0.1uL) of protein:mother ...詳細: SEC purified InvbM.18715.a.KN11.PD38309 at 10.4mg/ml (in 25mM TRIS pH 8, 150mM NaCl) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume (0.1:0.1uL) of protein:mother liquor (0.1M MMT buffer pH9, 27.5% PEG1500), then cyoprotected in mother liquor+15% ethylene glycol, before being flash-frozen for data collection. Crystal ID 304301a12 data set xee7-4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.274 Å / Num. obs: 70379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.271 % / Biso Wilson estimate: 50.901 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 12.09 / Num. measured all: 300573 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.564.2940.7912.1122181516751650.8130.904100
2.56-2.644.3060.6792.4421786506750600.8710.77599.9
2.64-2.714.3020.542321340496549610.8970.61999.9
2.71-2.84.3160.4313.6320512475747520.9360.49299.9
2.8-2.894.2970.3564.319849462346190.9510.40799.9
2.89-2.994.3070.2925.2219260448044720.9650.33499.8
2.99-3.14.2920.2286.4818552432343220.9780.26100
3.1-3.234.2960.1738.2617999419341900.9840.19899.9
3.23-3.374.2780.13410.4317087399639940.990.15399.9
3.37-3.544.2810.10412.7616381383138260.9930.11999.9
3.54-3.734.2650.08315.7115519364136390.9950.09599.9
3.73-3.954.2580.06918.0914588342834260.9970.07899.9
3.95-4.234.2690.05521.6713814324032360.9970.06399.9
4.23-4.564.2390.04624.9412854303130320.9980.053100
4.56-54.2290.04426.6711764278227820.9980.05100
5-5.594.2330.04526.0110599250725040.9980.05199.9
5.59-6.464.2080.04426.199401223722340.9980.05199.9
6.46-7.914.1760.03928.547909189418940.9980.045100
7.91-11.184.1240.02835.776042146514650.9990.032100
11.18-46.2743.8910.02737.6331368298060.9990.03197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_3297精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.274 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 2032 2.89 %
Rwork0.187 68283 -
obs0.1884 70315 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.97 Å2 / Biso mean: 61.3922 Å2 / Biso min: 21.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11101 0 494 236 11831
Biso mean--91.37 49.9 -
残基数----1448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6566X-RAY DIFFRACTION11.511TORSIONAL
12B6566X-RAY DIFFRACTION11.511TORSIONAL
13C6566X-RAY DIFFRACTION11.511TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.55820.36261260.291545094635
2.5582-2.62220.32441420.27145394681
2.6222-2.6930.31111430.252945064649
2.693-2.77230.32621380.239645194657
2.7723-2.86170.27981280.22845504678
2.8617-2.9640.3241310.222845404671
2.964-3.08270.27411170.212745804697
3.0827-3.22290.26241400.209745414681
3.2229-3.39280.30341310.19645334664
3.3928-3.60530.25661320.186945524684
3.6053-3.88350.23961430.175845784721
3.8835-4.27410.19311430.152445514694
4.2741-4.8920.17481380.137545594697
4.892-6.16110.19991370.166245834720
6.1611-46.28230.1931430.182846434786
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5174-0.01890.90520.2021-0.32553.2567-0.3150.2850.2931-0.23440.08150.0008-0.99050.33520.24631.025-0.1545-0.25290.55190.06150.531429.828712.93929.9675
21.9842-0.287-0.35261.59910.24961.8212-0.1979-0.37670.1930.21440.0979-0.1614-0.22770.13950.10230.47510.0109-0.17080.4165-0.08670.367134.2739-0.252266.2728
30.5281-0.21060.2260.13790.50586.5739-0.25270.33090.3442-0.2276-0.0080.0268-1.3855-0.00390.31170.8675-0.0729-0.20860.54560.02560.538827.537312.179836.4244
41.0165-0.35421.12581.7929-1.04422.5292-0.46230.28840.3366-0.49080.060.159-1.03860.01160.23841.1326-0.0317-0.33830.63050.07370.482516.089213.0673.2443
50.7721-0.49911.48450.7139-0.93034.0538-0.0719-0.1251-0.0835-0.13150.21670.3586-0.187-1.1295-0.23620.39410.1056-0.12610.7242-0.03690.474-1.5624-10.852228.2329
61.9109-0.48480.55382.9483-0.26063.64130.0559-0.305-0.20350.41550.08970.06640.2715-0.4131-0.13170.2903-0.0303-0.04560.37860.03310.30915.6566-26.487463.5296
71.5406-1.24631.71432.146-1.78444.13830.15590.0577-0.3239-0.17420.00860.27910.302-0.4503-0.21030.2749-0.0766-0.05610.40090.00140.40479.4095-25.406946.7529
80.2439-0.19030.5880.6584-0.32851.9464-0.06790.06510.0593-0.4272-0.02250.2332-0.3207-0.58820.00990.70250.1281-0.23480.7103-0.03830.43250.4631-2.61283.7475
91.784-1.11413.54661.2337-1.86727.16130.32650.827-0.1493-0.5798-0.34370.02720.52111.13750.06290.56250.0633-0.03270.721-0.06630.420331.4284-21.413810.9646
102.46310.67420.2232.4215-0.14682.43170.08170.0487-0.12930.0989-0.0571-0.3110.22950.39140.00090.25270.0739-0.06790.3643-0.04030.381347.0098-27.246551.6423
114.953-0.45064.81841.2221-1.56115.7504-0.16761.03090.3613-0.6632-0.3784-0.15590.33730.97880.22380.4820.1335-0.02020.69360.00270.445935.972-21.702119.0403
120.70040.0040.39551.3786-0.99115.8876-0.03150.47570.0426-0.626-0.0879-0.0677-0.12610.24910.11320.61330.0097-0.0530.6916-0.01430.356920.4913-7.5929-3.6966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 99 )A2 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 254 )A100 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 298 )A255 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 299 through 494 )A299 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 88 )B2 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 236 )B89 - 236
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 237 through 288 )B237 - 288
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 289 through 492 )B289 - 492
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 80 )C2 - 80
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 81 through 259 )C81 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 260 through 298 )C260 - 298
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 299 through 485 )C299 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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