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万見
- PDB-6n0w: Crystal structure of a Tyrosine--tRNA ligase from Elizabethkingia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0w
タイトルCrystal structure of a Tyrosine--tRNA ligase from Elizabethkingia anophelis
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / NIAID / structural genomics / aminoacyl-tRNA ligase / large C-terminal disordered domain / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Tyrosine--tRNA ligase from Elizabethkingia anophelis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5551
ポリマ－53,5551
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.290, 37.560, 81.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 53555.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: tyrS, BD94_1246, tyrS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077EBU6, tyrosine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE STRETCHES OF UNKNOWN RESIDUES (UNK) REPRESENT DIFFERENT UNASSIGNED ...THE AUTHORS STATE THAT THE STRETCHES OF UNKNOWN RESIDUES (UNK) REPRESENT DIFFERENT UNASSIGNED PORTIONS OF THE C-TERMINAL REGION OF THE TARGET PROTEIN IN CHAIN A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ElanA.01032.a.B1.PW38270 at 26 mg/mL against the Morpheus screen condition D9: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M each alcohol (1,6-hexanediol, 1-butanol, R,S-1,2-propanediol, 2- ...詳細: ElanA.01032.a.B1.PW38270 at 26 mg/mL against the Morpheus screen condition D9: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M each alcohol (1,6-hexanediol, 1-butanol, R,S-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol), 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, unique puck ID xyo1-1, crystal tracking ID 292624d9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.957 Å / Num. obs: 15648 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.926 % / Biso Wilson estimate: 66.778 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.775.080.6692.6311200.9050.746100
2.77-2.855.0040.553.1711340.9120.61599.7
2.85-2.935.0090.4493.9510690.9280.50199.6
2.93-3.025.0650.3125.610410.9660.34999.8
3.02-3.124.9680.2287.5710420.9850.25599.8
3.12-3.235.0640.1739.419860.990.19399.5
3.23-3.354.940.12512.889490.9940.14199.6
3.35-3.494.960.10615.29240.9950.119100
3.49-3.644.9980.08118.538840.9970.09199.8
3.64-3.824.8930.06622.268580.9980.07599.3
3.82-4.034.9620.05226.797960.9980.05899.4
4.03-4.274.8630.04131.067750.9990.046100
4.27-4.564.8850.03536.597230.9990.03999.4
4.56-4.934.8870.03240.116730.9990.036100
4.93-5.44.8280.03240.196350.9990.03698.8
5.4-6.044.8440.03438.115630.9990.03999.8
6.04-6.974.6710.02941.755010.9990.03399.4
6.97-8.544.6640.02150.643810.02399.5
8.54-12.084.5570.01559.6434310.01799.4
12.08-47.9573.8970.01754.81940.9990.0291.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.14_3260)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TS1

2ts1


解像度: 2.7→47.957 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 1573 10.06 %
Rwork0.2257 --
obs0.2325 15636 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.56 Å2 / Biso mean: 78.8918 Å2 / Biso min: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2732 0 0 30 2762
Biso mean---69.83 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7423770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1491625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.78720.36031350.297112361371100
2.7872-2.88680.31281460.26312681414100
2.8868-3.00240.29561150.264412881403100
3.0024-3.1390.35671620.256312571419100
3.139-3.30450.29541640.232712211385100
3.3045-3.51150.33331120.233213011413100
3.5115-3.78250.34681260.221513071433100
3.7825-4.16290.32021280.214412911419100
4.1629-4.76480.22441400.190813021442100
4.7648-6.00140.26471580.217712831441100
6.0014-47.96480.28011870.23011309149699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0703-0.01941.34292.921-0.31593.2742-0.0931-0.4568-0.42990.3054-0.0107-0.03420.0645-0.07650.10820.34710.066-00.49660.05780.8975-45.6618-20.673142.6285
21.76410.69661.82523.2435-0.44432.971-0.06490.7664-0.7339-0.2625-0.1838-0.6379-0.40780.59340.3670.27880.0393-0.13710.572-0.06750.8167-33.4429-13.264834.5125
34.30490.67292.45592.2316-1.83835.2892-0.36510.16570.50730.15070.0224-0.4252-0.48280.42580.3290.45070.0389-0.09370.3944-0.00110.948-34.6026-6.884637.0226
43.88660.3216-0.20062.9405-4.34366.4542-0.3726-0.7073-1.25-0.4958-0.4403-0.0211.36660.24750.21140.31680.0371-0.0340.89610.17081.5906-19.6557-27.800439.8858
54.13360.35590.86622.7010.76822.3195-0.0832-0.2574-0.6927-0.05690.0146-0.629-0.0980.44820.04750.41030.0509-0.06520.57340.16411.1064-31.4441-21.148643.8731
69.09680.8762-0.34252.4048-0.31967.7955-0.41760.50410.6951-0.1060.49740.00450.90820.0755-0.03340.5582-0.12080.23290.5554-0.09970.9057-46.6015-20.454220.1362
74.18122.3231-1.30067.3676-3.80094.7599-0.21920.3774-1.0308-0.01520.13350.24920.2626-0.520.06580.2494-0.01750.07920.5265-0.0680.67-60.7545-25.343728.4446
83.6253-3.89312.876.2898-2.29072.75660.02280.4666-0.0198-0.36150.13420.05570.4457-1.2181-0.22810.3985-0.10790.10260.87530.00420.5133-64.2716-11.96215.1358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 59 )A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 89 )A60 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 138 )A90 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 168 )A139 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 169 through 229 )A169 - 229
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 230 through 252 )A230 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 253 through 312 )A253 - 312
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 313 through 345 )A313 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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