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- PDB-6n0a: Structure of the major pilin protein (T-18.1) from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0a
タイトルStructure of the major pilin protein (T-18.1) from Streptococcus pyogenes serotype MGAS8232
要素Major pilin backbone protein T-antigen
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Major pilin backbone protein / T-antigen / T18.1
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pilin backbone protein T-antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Young, P.G. / Raynes, J.M. / Loh, J.M. / Proft, T. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2019
タイトル: Group AStreptococcusT Antigens Have a Highly Conserved Structure Concealed under a Heterogeneous Surface That Has Implications for Vaccine Design.
著者: Young, P.G. / Raynes, J.M. / Loh, J.M. / Proft, T. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年8月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major pilin backbone protein T-antigen
B: Major pilin backbone protein T-antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1574
ポリマ－62,0772
非ポリマー802
水6,521362
1
A: Major pilin backbone protein T-antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0381
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Major pilin backbone protein T-antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0792
ポリマ－31,0381
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.588, 50.683, 67.924
Angle α, β, γ (deg.)103.550, 93.530, 90.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 282 / Label seq-ID: 1 - 282

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Major pilin backbone protein T-antigen


分子量: 31038.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: tee / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: A0A096ZH83
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol, 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M BICINE/Tris base pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95468 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95468 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.83 Å / Num. obs: 51303 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2572 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.952 / % possible all: 89.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BBT

6bbt


解像度: 1.75→40.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 4.024 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1625 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.152
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 2522 4.9 %RANDOM
Rwork0.2332 ---
obs0.2353 48779 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 49.15 Å2 / Biso mean: 16.762 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20.38 Å20.48 Å2
2---0.85 Å20.75 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4206 0 2 362 4570
Biso mean--20.6 19.89 -
残基数----553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0144281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.6685791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8871.6599054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8175549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80225.604182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17415734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.154156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02786
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8188 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.749→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 193 -
Rwork0.322 3332 -
all-3525 -
obs--90.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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