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- PDB-6bbw: Structure of the major pilin protein (T3.2) from Streptococcus py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbw
タイトルStructure of the major pilin protein (T3.2) from Streptococcus pyogenes serotype GAS13637
要素Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Trypsin-resistant surface protein T3.2 / Lancefield T-antigen / Serotyping / Pili / Fimbriae Proteins / Streptococcus pyogenes / isopeptide bond.
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF5979 / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pilin backbone protein T-antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Young, P.G. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2019
タイトル: Group AStreptococcusT Antigens Have a Highly Conserved Structure Concealed under a Heterogeneous Surface That Has Implications for Vaccine Design.
著者: Young, P.G. / Raynes, J.M. / Loh, J.M. / Proft, T. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.
B: Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0034
ポリマ－62,9222
非ポリマー802
水10,557586
1
A: Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5012
ポリマ－31,4611
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5012
ポリマ－31,4611
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.050, 60.570, 72.790
Angle α, β, γ (deg.)90.77, 91.77, 104.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The T3.2 major pilin protein is polymerised end to end into long chains at the cell surface with the aid of a pilin specific sortase. The crystal packing does not resemble this arrangement.

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要素

#1: タンパク質 Major pilin backbone protein T-antigen, T3.2.


分子量: 31461.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Isolate from a throat swab from a rheumatic fever patient
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: tee / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K11 / 参照: UniProt: A0A096ZHB0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: Rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NH4H2PO4, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→72.74 Å / Num. obs: 47406 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Num. unique obs: 2751 / CC1/2: 0.937 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BBT

6bbt


解像度: 1.8→72.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.831 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24873 2262 4.8 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.20022 45137 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20.68 Å2-1.96 Å2
2---0.18 Å2-1.11 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→72.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4312 0 2 586 4900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9675982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8539640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.33426.875192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83215814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.6154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.322.4182255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3192.4172254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0943.6192820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0943.622821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6322.5382176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6322.5342173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6343.7293155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.30719.6145187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8718.9964900
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 165 -
Rwork0.277 3266 -
obs--95.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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