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万見
- PDB-3gle: Crystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gle
タイトルCrystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes N168A mutant
要素Pilin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / All-beta / pili / cell adhesion / isopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sortase B signal domain, QVPTGV class / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like ...Sortase B signal domain, QVPTGV class / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kang, H.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Intramolecular isopeptide bonds give thermodynamic and proteolytic stability to the major pilin protein of Streptococcus pyogenes
著者: Kang, H.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilin
B: Pilin
C: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3113
ポリマ－97,3113
非ポリマー00
水5,837324
1
A: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4371
ポリマ－32,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4371
ポリマ－32,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Pilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4371
ポリマ－32,4371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.712, 50.869, 123.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pilin / Pilus backbone structural protein / Lancefield T antigen


分子量: 32436.980 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 18-308 / 変異: N168A, D306V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
株: M1, SF370 / 遺伝子: M5005_Spy0109, spy0128, SPy_0128 / プラスミド: pGEX3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9A1S2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MOPS/KOH pH7.5, 21% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月28日 / 詳細: Osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 40313 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 38.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 4012 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0078精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B2N

3b2n


解像度: 2.19→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 15.847 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic, tls refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27783 2028 5 %RANDOM
Rwork0.20508 ---
obs0.20879 38231 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-1.39 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6574 0 0 324 6898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9589276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.875880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15626.91301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.426151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.332153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7341.54250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39926978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27532571
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8994.52278
LS精密化 シェル解像度: 2.187→2.243 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 134 -
Rwork0.254 2588 -
obs--91.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4610.05142.13560.2528-0.00183.7182-0.0161-0.085-0.01960.0680.0123-0.0035-0.1196-0.04170.00380.04520.01360.03720.0801-0.01760.0434-8.4177.343-58.52
21.5317-0.16992.34390.2608-0.33284.0867-0.008-0.0434-0.03010.01730.03310.0158-0.0523-0.0315-0.02510.02580.01270.01020.0810.00230.0466-16.3647.904-19.559
30.8889-0.25891.33540.2737-0.32033.94230.00390.01260.0128-0.0243-0.02780.00530.0877-0.08840.02390.0218-0.0080.01510.058300.014-37.66832.036-20.247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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