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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zxd | ||||||
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Title | wild-type lysenin | ||||||
![]() | LYSENIN | ||||||
![]() | TOXIN / PORE FORMING TOXIN / EARTHWORM | ||||||
Function / homology | ![]() other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition. Authors: De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 519.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3zx7SC ![]() 3zxgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 34846.051 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 32 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.87 Å3/Da / Density % sol: 68.24 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: 1M MES, 1.6M MAGNESIUM SULFATE PH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2007 / Details: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID |
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→44.36 Å / Num. obs: 30603 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.48 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ZX7 Resolution: 3.3→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8578 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8338 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.411
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Displacement parameters | Biso mean: 69.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.703 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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