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- PDB-6myv: Sialidase26 co-crystallized with DANA-Gc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myv
タイトルSialidase26 co-crystallized with DANA-Gc
要素Sialidase26
キーワードHYDROLASE / Sialidase / microbiome / Neu5Gc / sialic acid / inflammation / Neu5Gc2en / DANA / DANA-Gc / Gc
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / Immunoglobulin-like - #1290 / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase ...Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / Immunoglobulin-like - #1290 / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GC9 / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Huang, J. ...Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1444435 米国
引用
ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Gut bacteria responding to dietary change encode sialidases that exhibit preference for red meat-associated carbohydrates.
著者: Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Secrest, P. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年4月22日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase26
B: Sialidase26
C: Sialidase26
D: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,0748
ポリマ－233,8454
非ポリマー1,2294
水14,196788
1
A: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7682
ポリマ－58,4611
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7682
ポリマ－58,4611
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7682
ポリマ－58,4611
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7682
ポリマ－58,4611
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.645, 89.753, 95.806
Angle α, β, γ (deg.)64.700, 75.650, 88.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...
21(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...
31(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...
41chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A22 - 516
121(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A517
131(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A22 - 582
141(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A22 - 582
151(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A22 - 582
161(chain A and (resid 22 through 516 or (resid 517...A22 - 582
211(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B22 - 516
221(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B517
231(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B22 - 582
241(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B22 - 582
251(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B22 - 582
261(chain B and (resid 22 through 516 or (resid 517...B22 - 582
311(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C22 - 516
321(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C517
331(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C22 - 582
341(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C22 - 582
351(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C22 - 582
361(chain C and (resid 22 through 516 or (resid 517...C22 - 582
411chain DD22 - 582

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要素

#1: タンパク質
Sialidase26


分子量: 58461.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S2B4D9*PLUS
#2: 糖
ChemComp-GC9 / 2,6-anhydro-3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-L-altro-non-2-enonic acid


タイプ: L-saccharide / 分子量: 307.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.5 Å / Num. obs: 126317 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q6K

4q6k


解像度: 2.2→48.5 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 6258 5.05 %
Rwork0.2305 117649 -
obs0.232 123907 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.12 Å2 / Biso mean: 34.1178 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16312 0 84 788 17184
Biso mean--38.2 33.65 -
残基数----2092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10245X-RAY DIFFRACTION6.682TORSIONAL
12B10245X-RAY DIFFRACTION6.682TORSIONAL
13C10245X-RAY DIFFRACTION6.682TORSIONAL
14D10245X-RAY DIFFRACTION6.682TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.31542100.30033869407997
2.225-2.25120.3292140.29723859407397
2.2512-2.27860.37931810.30193973415498
2.2786-2.30750.34072160.30093867408397
2.3075-2.33780.32732070.28933856406398
2.3378-2.36990.29272020.28143982418497
2.3699-2.40370.35382310.28333783401498
2.4037-2.43960.2852060.28213931413798
2.4396-2.47770.29212250.27033921414698
2.4777-2.51830.29462110.27263874408598
2.5183-2.56180.30112110.26123904411597
2.5618-2.60830.291800.26713932411298
2.6083-2.65850.31262160.26923903411998
2.6585-2.71280.30452280.26273888411698
2.7128-2.77170.2991890.25893952414198
2.7717-2.83620.30841970.25063942413998
2.8362-2.90710.26312060.24083921412798
2.9071-2.98570.26752210.2463911413298
2.9857-3.07360.31892010.2463952415398
3.0736-3.17280.27672090.24553914412398
3.1728-3.28610.27512100.23183928413898
3.2861-3.41770.24412100.22273969417999
3.4177-3.57320.25972010.22413921412298
3.5732-3.76150.25552370.21673880411799
3.7615-3.9970.2422020.20424006420899
3.997-4.30550.20751950.19173956415199
4.3055-4.73840.18742060.17863960416699
4.7384-5.42330.20192240.18273932415699
5.4233-6.82980.23712060.20553995420199
6.8298-48.51140.22892060.21133968417499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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