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- PDB-6mxv: The crystal structure of a rhodanese-like family protein from Fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mxv
タイトルThe crystal structure of a rhodanese-like family protein from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Rhodanese-like family protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Rhodanese-like family protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性: / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Rhodanese-like family protein
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Tan, K. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a rhodanese-like family protein from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Tan, K. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodanese-like family protein
B: Rhodanese-like family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,25311
ポリマ－57,1032
非ポリマー1,1509
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.721, 111.108, 50.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhodanese-like family protein


分子量: 28551.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: FTT_1127 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q5NFU2

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非ポリマー , 6種, 355分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350 25%, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97818 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→48.6 Å / Num. obs: 50307 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 15.348 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.756 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique obs: 2503 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.266 / Rrim(I) all: 0.56 / Χ2: 0.894 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→48.6 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 2463 5.02 %
Rwork0.1576 --
obs0.1592 49107 96.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3941 0 75 346 4362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9585518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8223427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7809-1.81510.25951150.20521991X-RAY DIFFRACTION74
1.8151-1.85220.26221620.18442258X-RAY DIFFRACTION86
1.8522-1.89250.221270.17872490X-RAY DIFFRACTION93
1.8925-1.93650.23151370.16772586X-RAY DIFFRACTION96
1.9365-1.98490.19421180.15482600X-RAY DIFFRACTION98
1.9849-2.03860.191330.15512649X-RAY DIFFRACTION97
2.0386-2.09860.18321180.15562677X-RAY DIFFRACTION98
2.0986-2.16630.1991450.14762634X-RAY DIFFRACTION99
2.1663-2.24370.1941650.15642642X-RAY DIFFRACTION99
2.2437-2.33360.18791480.15112670X-RAY DIFFRACTION99
2.3336-2.43980.19091120.15152687X-RAY DIFFRACTION99
2.4398-2.56840.19931310.172638X-RAY DIFFRACTION98
2.5684-2.72930.21271480.16392673X-RAY DIFFRACTION99
2.7293-2.940.22861380.16962685X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.23580.19721610.16852653X-RAY DIFFRACTION99
3.2358-3.70390.15661240.15222699X-RAY DIFFRACTION100
3.7039-4.66590.15211550.13282666X-RAY DIFFRACTION99
4.6659-48.60.16361260.16192746X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9911-0.1317-0.40191.84710.04341.07770.00260.03890.0527-0.11870.021-0.0111-0.0012-0.0134-0.01950.0751-0.0035-0.00430.0870.00860.07610.27236.054431.4184
22.0513.8765-1.67437.4695-3.22751.3811-0.06080.12820.1825-0.34390.23470.3251-0.1807-0.1464-0.17140.21410.0060.01240.1424-0.00660.1408-5.752713.605221.8166
32.01370.20670.91812.24210.07391.7087-0.0009-0.14510.055-0.0698-0.1140.3220.007-0.19070.08230.101-0.00050.01410.1257-0.04920.1428-21.1849-1.382535.339
41.00240.23410.46761.80790.08761.3710.0021-0.0307-0.06980.1009-0.01680.00320.0446-0.0220.02040.0960.00070.01680.09670.00080.0921-0.444710.736844.2685
51.4754-3.60661.63539.2425-4.07961.8095-0.1137-0.0645-0.07280.48440.13950.21860.0038-0.127-0.010.19990.01310.00510.1752-0.0170.1227-7.689833.337653.0145
63.40650.77780.0161.7849-0.41042.0925-0.0384-0.18010.14350.05250.03640.1653-0.0186-0.19690.00250.08650.0159-0.01720.1126-0.01090.1172-21.429848.324837.4245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 145 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 252 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 120 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 146 through 252 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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