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万見
- PDB-6mql: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 Mutant T89M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mql
タイトルCrystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 Mutant T89M
要素Septin-12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase spermatogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm annulus / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding ...sperm annulus / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Castro, D.K.S.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Ulian, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/19734-2 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12
著者: Castro, D.K.S.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Ulian, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2018年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5943
ポリマ－34,1261
非ポリマー4682
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Septin-12
ヘテロ分子

A: Septin-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1876
ポリマ－68,2522
非ポリマー9354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_856-x+3,y,-z+11
Buried area4120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.920, 56.490, 70.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Septin-12


分子量: 34126.195 Da / 分子数: 1 / 変異: T89M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8IYM1
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 30mM of each: diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→28.25 Å / Num. obs: 15878 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1161 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.488 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MQ9

6mq9


解像度: 2.17→28.245 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 737 4.64 %
Rwork0.214 --
obs0.2152 15874 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.11 Å2 / Biso mean: 55.9275 Å2 / Biso min: 28.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→28.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 29 45 2163
Biso mean--39.59 49.96 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5582952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7881311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1701-2.33760.35791460.304430063152
2.3376-2.57270.28451480.296229923140
2.5727-2.94460.32541340.25530393173
2.9446-3.70850.20691430.20230263169
3.7085-28.24740.21141660.180930743240
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.73130.59312.1294.593.5495.987-0.1594-0.3230.755-0.2308-0.2390.4552-0.763-0.93150.23070.33390.07890.03860.4793-0.02090.444191.216137.935921.7815
25.2344-6.37516.97118.0009-8.35069.37970.3082-0.4483-0.7847-0.00830.14040.23350.4292-0.4113-0.4360.6463-0.0180.02930.46010.03350.6117104.848821.200329.17
38.75273.3855.43772.90922.55774.67320.3969-0.4841-0.37370.0313-0.08310.12140.356-0.4196-0.23590.3166-0.0404-0.0030.42520.04040.333986.34621.156511.4095
44.31921.08412.55992.47241.05314.5956-0.15480.6329-0.0075-0.26220.1773-0.0919-0.08450.5211-0.0130.2749-0.04550.03880.41770.01360.3123110.377232.98916.4669
53.2544-0.0678-0.30371.63740.56826.7319-0.33210.14690.6476-0.03950.12960.1733-0.904-0.02220.21160.519-0.0375-0.07210.33720.09270.5778103.559148.536518.7886
63.85444.7523.49279.03337.10827.1545-0.25880.30980.0988-0.41130.18310.0639-0.28230.21750.07050.2322-0.00530.00570.43850.06940.308795.164329.01657.5511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 112 )A48 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 126 )A113 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 159 )A127 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 160 through 231 )A160 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 232 through 282 )A232 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 283 through 318 )A283 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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