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- PDB-4nan: Arabidopsis thaliana IspD in complex with tetrabromo-pseudilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nan
タイトルArabidopsis thaliana IspD in complex with tetrabromo-pseudilin
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / herbicide / anti-infectives / pseudilin / natural product / drug discovery / allosteric inhibition / Rossmann Fold / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / chloroplast stroma / chloroplast
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-bromo-6-(3,4,5-tribromo-1H-pyrrol-2-yl)phenol / : / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / : / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kunfermann, A. / Witschel, M. / Illarionov, B. / Martin, R. / Rottmann, M. / Hoffken, H.W. / Seet, M. / Eisenreich, W. / Knolker, H.-J. / Fischer, M. ...Kunfermann, A. / Witschel, M. / Illarionov, B. / Martin, R. / Rottmann, M. / Hoffken, H.W. / Seet, M. / Eisenreich, W. / Knolker, H.-J. / Fischer, M. / Bacher, A. / Groll, M. / Diederich, F.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Pseudilins: Halogenated, Allosteric Inhibitors of the Non-Mevalonate Pathway Enzyme IspD.
著者: Kunfermann, A. / Witschel, M. / Illarionov, B. / Martin, R. / Rottmann, M. / Hoffken, H.W. / Seet, M. / Eisenreich, W. / Knolker, H.J. / Fischer, M. / Bacher, A. / Groll, M. / Diederich, F.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,77914
ポリマ－25,4301
非ポリマー1,34913
水1,45981
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,55828
ポリマ－50,8602
非ポリマー2,69726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_554x-y+1/3,-y+2/3,-z-1/31
Buried area3130 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.120, 75.120, 224.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / AtMECT / AtMEPCT


分子量: 25430.193 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 76-302 / 変異: R149S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g02500, ISPD, MCT, MECT, MEPCT, T8K22.20 / プラスミド: pNCO113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: P69834, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 94分子

#2: 化合物 ChemComp-2JM / 2-bromo-6-(3,4,5-tribromo-1H-pyrrol-2-yl)phenol / 2-(3,4,5-トリブロモ-1H-ピロ-ル-2-イル)-6-ブロモフェノ-ル


分子量: 474.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H5Br4NO
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 50 mM CdSO4, 800 mM KAc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月6日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 22879 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NAI

4nai


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.622 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24721 1144 5 %RANDOM
Rwork0.20673 ---
all0.211 22879 --
obs0.20876 21735 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.18 Å20 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 35 81 1743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3212.0192316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91233809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80825.88268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68515299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.816155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02326
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 81 -
Rwork0.328 1547 -
obs--97.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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