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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mpv | ||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/CyRPA/Ripr invasion complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL INVASION / Invasion Ligand Protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.17 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, W. / Zhiheng, Y. / Cowman, A.F. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure of Plasmodium falciparum Rh5-CyRPA-Ripr invasion complex. 著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / ...著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / Vladislav Soroka / Teit Max Moscote Søgaard / Thomas Jørgensen / Manoj T Duraisingh / Peter E Czabotar / Willem A de Jongh / Wai-Hong Tham / Andrew I Webb / Zhiheng Yu / Alan F Cowman / 要旨: Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions ...Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions between multiple ligands from the parasite and receptors in hosts. These interactions include the binding of the Rh5-CyRPA-Ripr complex with the erythrocyte receptor basigin, which is an essential step for entry into human erythrocytes. Here we show that the Rh5-CyRPA-Ripr complex binds the erythrocyte cell line JK-1 significantly better than does Rh5 alone, and that this binding occurs through the insertion of Rh5 and Ripr into host membranes as a complex with high molecular weight. We report a cryo-electron microscopy structure of the Rh5-CyRPA-Ripr complex at subnanometre resolution, which reveals the organization of this essential invasion complex and the mode of interactions between members of the complex, and shows that CyRPA is a critical mediator of complex assembly. Our structure identifies blades 4-6 of the β-propeller of CyRPA as contact sites for Rh5 and Ripr. The limited contacts between Rh5-CyRPA and CyRPA-Ripr are consistent with the dissociation of Rh5 and Ripr from CyRPA for membrane insertion. A comparision of the crystal structure of Rh5-basigin with the cryo-electron microscopy structure of Rh5-CyRPA-Ripr suggests that Rh5 and Ripr are positioned parallel to the erythrocyte membrane before membrane insertion. This provides information on the function of this complex, and thereby provides insights into invasion by P. falciparum. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mpv.cif.gz | 177.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mpv.ent.gz | 136.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mpv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mpv_validation.pdf.gz | 707.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mpv_full_validation.pdf.gz | 721.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mpv_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mpv_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39270.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q8IFM8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39803.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: B2L3N7 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 発現宿主: Drosophila nebulosa (ハエ) |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 発現宿主: Drosophila nebulosa (ハエ) |
配列の詳細 | The sample sequence corresponding to PfRipr is the following: ...The sample sequence corresponding to PfRipr is the following: IDLIEGIFYE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
由来(組換発現) | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.5, 150 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 48077 X / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 92.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 12974 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV 球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector with two hexapole elements |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11_2558: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218837 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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