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- PDB-6mpv: Cryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpv
タイトルCryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/CyRPA/Ripr invasion complex
要素
  • (PfRipr) x 2
  • Cysteine-rich protective antigen
  • Reticulocyte binding protein 5
キーワードCELL INVASION / Invasion Ligand Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain / Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte binding protein 5 / Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.17 Å
データ登録者Wilson, W. / Zhiheng, Y. / Cowman, A.F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT637406 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum Rh5-CyRPA-Ripr invasion complex.
著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / ...著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / Vladislav Soroka / Teit Max Moscote Søgaard / Thomas Jørgensen / Manoj T Duraisingh / Peter E Czabotar / Willem A de Jongh / Wai-Hong Tham / Andrew I Webb / Zhiheng Yu / Alan F Cowman /
要旨: Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions ...Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions between multiple ligands from the parasite and receptors in hosts. These interactions include the binding of the Rh5-CyRPA-Ripr complex with the erythrocyte receptor basigin, which is an essential step for entry into human erythrocytes. Here we show that the Rh5-CyRPA-Ripr complex binds the erythrocyte cell line JK-1 significantly better than does Rh5 alone, and that this binding occurs through the insertion of Rh5 and Ripr into host membranes as a complex with high molecular weight. We report a cryo-electron microscopy structure of the Rh5-CyRPA-Ripr complex at subnanometre resolution, which reveals the organization of this essential invasion complex and the mode of interactions between members of the complex, and shows that CyRPA is a critical mediator of complex assembly. Our structure identifies blades 4-6 of the β-propeller of CyRPA as contact sites for Rh5 and Ripr. The limited contacts between Rh5-CyRPA and CyRPA-Ripr are consistent with the dissociation of Rh5 and Ripr from CyRPA for membrane insertion. A comparision of the crystal structure of Rh5-basigin with the cryo-electron microscopy structure of Rh5-CyRPA-Ripr suggests that Rh5 and Ripr are positioned parallel to the erythrocyte membrane before membrane insertion. This provides information on the function of this complex, and thereby provides insights into invasion by P. falciparum.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9192
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9192
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Reticulocyte binding protein 5
C: PfRipr
D: PfRipr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8974
ポリマ－80,8974
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 39270.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q8IFM8
#2: タンパク質 Reticulocyte binding protein 5


分子量: 39803.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: B2L3N7
#3: タンパク質・ペプチド PfRipr


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
発現宿主: Drosophila nebulosa (ハエ)
#4: タンパク質・ペプチド PfRipr


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
発現宿主: Drosophila nebulosa (ハエ)
Has protein modificationY
配列の詳細The sample sequence corresponding to PfRipr is the following: ...The sample sequence corresponding to PfRipr is the following: IDLIEGIFYEKNEIDKLTFSLDHRVRDNLKTDLILNNNGENDYAYLNKYVYTILNRDSTEKIKTFFSHNKDMKSCDYFISKEYNSSDKTNQICYKKTFCGVVIPNSEEIKTNKITNDKLYCAHFNSTHIIIYYISQPLLLEPHVVYEETFFEKGKNDQINCQGMYISLRSVHVHTHNAILQQETLTYIKNLCDGKNNCKFDFDSIKYENKSLTHYLFFINIQYQCISPLNLQENEMCDVYNDDTHKATCKYGFNKIELLKNVCEENYRCTQDICSVNQFCDGENETCTCKTSLLPSAKNNCEYNDLCTVLNCPENSTCEQIGNGKKAECKCENGKYYHNNKCYTKNDLELAIKIEPHKKEKF3YKNNLYQGKALKPEYIFMQCENGFSIEVINAYVSCYRVSFNLNKLKYVTESLKKMCDGKTKCAYGNTIDPIDDLNHHNICNNFNTIFKYDYLCVFNNQNITSDKNSHLHSNIPSLYNSSILPDINKSKFHLISRNSRTNQYPHNNISMLEIQNEISSHNSNQFSTDPHTNSNNINNMNIKKVEIFRSRFSSKLQCQGGKINIDKAILKGGEGCNDLLLTNSLKSYCNDLSECDIGLIYHFDTYCINDQYLFVSYSCSNLCNKCHNNSTCYGNRFNYDCFCDNPYISKYGNKLCERPNDCESVLCSQNQVCQILPNDKLICQCEEGYKNVKGKCVPDNKCDLSCPSNKVCVIENGKQTCKCSERFVLENGVCICANDYKMEDGINCIAKNKCKRKEYENICTNPNEMCAYNEETDIVKCECKEHYYRSSRGECILNDYCKDINCKENEECSIVNFKPECVCKENLKKNNKGECIYENSCLINEGNCPKDSKCIYREYKPHECVCNKQGHVAVNGKCVLEDKCVHNKKCSENSICVNVMNKEPICVCTYNYYKKDGVCLIQNPCLKDNGGCSRNSECTFKYSKINCTCKENYKNKDDSCVPNTNEYDESFTFQYNDDASIILGACGMIEFSYIYNQIIWKINNSKESYVFYYDYPTAGNIEVQIKNEIFHTIIYLKKKIGNSVIYDDFQVDHQTCIYENVFYYSNQNSAWSHPQFEK

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.5, 150 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 48077 X / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 92.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 12974
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector with two hexapole elements
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11_2558: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218837 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14WAT

4wat

14WAT1PDBexperimental model
25TIK

5tik

15TIK2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0065201
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0866999
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6153126
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.058758
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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