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- PDB-5di0: Crystal structure of Dln1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5di0
タイトルCrystal structure of Dln1
要素Natterin-like protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Pore-forming protein / Aeolysin-like protein / Vetebrate / High-mannose glycans / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disaccharide binding / pore complex / D-mannose binding / defense response to bacterium / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Aerolysin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jia, N. / Jiang, Y.L. / Cheng, W. / Wang, H.W. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for receptor recognition and pore formation of a zebrafish aerolysin-like protein.
著者: Ning Jia / Nan Liu / Wang Cheng / Yong-Liang Jiang / Hui Sun / Lan-Lan Chen / Junhui Peng / Yonghui Zhang / Yue-He Ding / Zhi-Hui Zhang / Xuejuan Wang / Gang Cai / Junfeng Wang / Meng-Qiu ...著者: Ning Jia / Nan Liu / Wang Cheng / Yong-Liang Jiang / Hui Sun / Lan-Lan Chen / Junhui Peng / Yonghui Zhang / Yue-He Ding / Zhi-Hui Zhang / Xuejuan Wang / Gang Cai / Junfeng Wang / Meng-Qiu Dong / Zhiyong Zhang / Hui Wu / Hong-Wei Wang / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Various aerolysin-like pore-forming proteins have been identified from bacteria to vertebrates. However, the mechanism of receptor recognition and/or pore formation of the eukaryotic members remains ...Various aerolysin-like pore-forming proteins have been identified from bacteria to vertebrates. However, the mechanism of receptor recognition and/or pore formation of the eukaryotic members remains unknown. Here, we present the first crystal and electron microscopy structures of a vertebrate aerolysin-like protein from Danio rerio, termed Dln1, before and after pore formation. Each subunit of Dln1 dimer comprises a β-prism lectin module followed by an aerolysin module. Specific binding of the lectin module toward high-mannose glycans triggers drastic conformational changes of the aerolysin module in a pH-dependent manner, ultimately resulting in the formation of a membrane-bound octameric pore. Structural analyses combined with computational simulations and biochemical assays suggest a pore-forming process with an activation mechanism distinct from the previously characterized bacterial members. Moreover, Dln1 and its homologs are ubiquitously distributed in bony fishes and lamprey, suggesting a novel fish-specific defense molecule.
履歴
登録2015年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natterin-like protein
B: Natterin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,83937
ポリマ－72,9582
非ポリマー3,88135
水15,349852
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12220 Å2
ΔGint95 kcal/mol
Surface area29360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.111, 95.100, 147.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Natterin-like protein


分子量: 36478.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: zgc,113413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CZR5

-
非ポリマー , 6種, 887分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 / 詳細: 12% PEG 4K,0.2M NH4Ac, 0.1M NaAc pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 87589 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZNO

4zno


解像度: 1.7→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.918 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20887 4400 5 %RANDOM
Rwork0.17224 ---
obs0.17407 83143 98.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4864 0 254 852 5970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.025312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9667116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.699311772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7055676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44725.314207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29415878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5481511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6062.3392587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6022.3372586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5383.53242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5383.5023243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.252.7592725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2432.762725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5123.933855
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.75820.4936281
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.75820.4976282
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 314 -
Rwork0.25 5679 -
obs--91.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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