PDB-6iul: Crystal structure of Lamprey immune protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iul

タイトル

Crystal structure of Lamprey immune protein

要素

Natterin-like protein

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / lamprey / pore-forming protein / cytotoxin

機能・相同性

: / Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Natterin-like protein

機能・相同性情報

生物種

Lethenteron camtschaticum (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Li, Q.W. / Pang, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a pore-forming protein
著者: Li, Q.W. / Pang, Y.

履歴

登録	2018年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iul.cif.gz	137.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iul.ent.gz	105.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iul_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iul_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	6iul_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	6iul_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zu4C 4nzoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zu4-d 4znr-d 5di0-d 4znq-d 3c2g-1 1uqu-d 3c1n-3 4uoe-d 2pt9-d 2j0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Natterin-like protein

B: Natterin-like protein

68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.257, 103.257, 166.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Natterin-like protein 分子量: 34340.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lethenteron camtschaticum (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7WEH5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2% 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 2000, 0.1M BICINE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9798 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→45 Å / Num. obs: 43291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16 % / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.152 / Χ²: 2.085 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	16.3	0.644	2116	0.929	0.162	0.664	0.506	100
2.29-2.33	16.6	0.585	2140	0.942	0.146	0.603	0.489	100
2.33-2.38	16.9	0.535	2103	0.96	0.133	0.551	0.481	100
2.38-2.42	16.8	0.478	2131	0.956	0.119	0.493	0.498	100
2.42-2.48	16.8	0.433	2135	0.968	0.108	0.447	0.52	100
2.48-2.53	16.7	0.43	2122	0.969	0.106	0.443	0.593	100
2.53-2.6	16.5	0.332	2139	0.979	0.083	0.343	0.576	100
2.6-2.67	16.3	0.285	2122	0.983	0.072	0.294	0.658	100
2.67-2.75	16	0.252	2150	0.981	0.064	0.261	0.803	100
2.75-2.83	15.2	0.222	2158	0.985	0.058	0.23	0.95	100
2.83-2.94	14.6	0.194	2135	0.989	0.052	0.201	1.051	100
2.94-3.05	17	0.18	2153	0.991	0.045	0.186	1.375	100
3.05-3.19	17	0.158	2160	0.993	0.039	0.163	1.781	100
3.19-3.36	16.6	0.144	2153	0.992	0.036	0.148	2.548	100
3.36-3.57	16.4	0.13	2173	0.995	0.033	0.134	2.897	100
3.57-3.85	15.9	0.121	2189	0.994	0.031	0.125	3.7	99.9
3.85-4.23	14.3	0.112	2180	0.994	0.03	0.116	4.968	99.9
4.23-4.85	15.9	0.102	2201	0.996	0.026	0.105	5.319	99.6
4.85-6.1	15.5	0.095	2244	0.996	0.025	0.099	3.92	99.1
6.1-45	13.8	0.119	2387	0.993	0.033	0.123	8.866	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NZO

4nzo

解像度: 2.25→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 5.135 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.187
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	2104	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.2	41118	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.83 Å² / B_iso mean: 37.751 Å² / B_iso min: 18.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4820	0	0	314	5134
B_iso mean	-	-	-	39.43	-
残基数	-	-	-	-	628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.947	6628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.743	3	10581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.791	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.987	24.718	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.963	15	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.654	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	984

LS精密化シェル

解像度: 2.252→2.31 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	153	-
R_work	0.231	2978	-
all	-	3131	-
obs	-	-	99.84 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)