PDB-6moe: Monomeric DARPin E2 complex with EpoR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6moe

タイトル

Monomeric DARPin E2 complex with EpoR

要素

E2 DARPin
Erythropoietin receptor

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / Receptor / DARPin

機能・相同性

機能・相同性情報

erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / heart development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.091 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6moe.cif.gz	314.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6moe.ent.gz	257 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6moe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mofC 6mogC 6mohC 6moiC 6mojC 6mokC 6molC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dcr-1 6mof-d 6j90-d 3au0-d 6i93-1 6qk2-d 5omk-1 4eaj-d 1nmu-1 6o1z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/626 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E2 DARPin

B: E2 DARPin

C: Erythropoietin receptor

D: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

87.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E2 DARPin

D: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E2 DARPin

C: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.250, 122.160, 132.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	E2 DARPin 分子量: 17965.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Erythropoietin receptor / EPO-R 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235

-
非ポリマー , 4種, 460分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 1 M sodium potassium phosphate pH 5.6 Cryoprotected in 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.091→29.765 Å / Num. obs: 67078 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.59 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1322 / R_pim(I) all: 0.03702 / Net I/σ(I): 12.15
反射シェル	解像度: 2.091→2.166 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 2.671 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6559 / CC_1/2: 0.693 / R_pim(I) all: 0.7394 / % possible all: 96.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS	Jun 1, 2017	データ削減
XDS	Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ern

1ern

解像度: 2.091→29.765 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.47

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2299	1995	2.99 %	random
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2047	66809	99.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.091→29.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5733	0	68	448	6249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.633	8068
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.785	3507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	917
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0912-2.1435	0.4368	150	0.4202	4396	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1435-2.2014	0.3586	128	0.3722	4562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2014-2.2662	0.4251	141	0.3324	4563	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2662-2.3393	0.3078	134	0.2978	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3393-2.4229	0.3056	149	0.2817	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4229-2.5199	0.3054	139	0.2716	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.6345	0.259	138	0.2643	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6345-2.7733	0.287	141	0.2407	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7733-2.9469	0.2646	141	0.233	4608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9469-3.1742	0.2543	142	0.2258	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1742-3.4932	0.2468	149	0.2092	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4932-3.9976	0.2317	141	0.1805	4672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9976-5.0326	0.1571	148	0.1544	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0326-29.7682	0.1929	154	0.1704	4913	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8876	1.0881	0.9396	4.8949	1.6801	5.8507	0.0763	1.0251	0.0672	-0.6045	0.0757	0.2415	-0.0263	-0.1543	-0.0839	0.816	0.087	-0.1275	0.8308	-0.042	0.5041	23.3806	-5.4203	-49.4624
2	2.553	-0.281	-0.1818	2.0883	0.5576	2.2283	0.0389	0.2303	-0.4334	-0.2569	-0.0423	0.2241	0.1209	-0.2461	0.0274	0.4744	0	-0.0617	0.5183	-0.0846	0.5653	23.9266	-13.0674	-35.9623
3	2.689	-0.182	0.3562	3.0232	0.4947	3.562	0.024	-0.6317	-0.4133	0.4784	-0.2495	0.0987	0.0874	-0.2206	0.25	0.4708	-0.0264	-0.0194	0.6445	0.0741	0.5235	21.9692	-13.867	-17.643
4	9.625	-6.6072	0.1236	4.6131	-0.2269	8.7288	-0.5585	-1.0202	-0.946	0.9509	0.5902	1.8116	0.4778	-0.539	-0.1082	0.7118	-0.121	0.0321	0.9676	0.1877	0.7381	15.0238	-17.1537	-10.8429
5	1.9644	1.241	0.9061	1.7906	-0.5085	1.8855	0.4375	0.0141	1.4553	0.4465	-0.216	-0.1342	-0.2936	0.0858	-0.3019	0.7262	-0.0764	0.1327	0.5342	-0.1266	1.0305	-11.4192	18.4786	-29.5436
6	2.9303	1.3606	1.6478	4.8314	3.0007	4.8814	0.398	-0.8445	1.1559	0.3964	-0.4771	0.0142	-0.3946	-0.0209	-0.0833	0.606	-0.0246	0.0724	0.617	-0.2014	0.6514	-16.331	11.3715	-24.1851
7	5.4592	-0.7005	-0.9048	3.9082	0.868	5.5841	0.0545	0.027	0.6682	0.36	-0.064	-0.9575	-0.4237	0.6958	-0.0231	0.5513	-0.0546	0.0472	0.5203	-0.1299	0.8154	-4.1714	10.1264	-27.1052
8	2.0574	1.2591	1.3698	2.707	0.4476	1.1164	0.0414	-0.5496	0.3966	-0.0737	0.1416	-0.3588	-0.2579	-0.0605	-0.0667	0.5546	-0.0455	-0.0051	0.6351	-0.1144	0.6091	-8.5619	1.5317	-24.5887
9	5.9634	-0.2663	0.6205	5.8517	-0.855	5.1881	-0.4916	-0.0292	0.4213	0.4013	-0.083	-1.5141	-1.2512	1.3012	-0.0434	0.5725	-0.1115	-0.1411	0.6425	0.0128	0.9554	2.561	2.9045	-23.635
10	0.8843	0.607	0.1629	4.7703	0.8282	4.5914	0.2319	-1.5406	-0.0693	0.8565	-0.3126	-0.816	0.528	0.0947	0.076	0.4683	-0.04	-0.0532	0.8706	-0.0563	0.5679	-8.188	-5.4404	-20.0509
11	4.5137	-0.5289	-0.1574	3.1088	1.468	6.1141	0.3609	0.0528	-0.4104	-0.1461	0.0598	-0.513	0.0074	-0.0134	-0.5807	0.5232	-0.0708	-0.0048	0.5902	-0.0458	0.7324	-3.2228	-9.7595	-29.8848
12	9.2149	-1.0931	2.0698	2.7622	2.1963	2.7517	0.0964	-0.6823	0.1807	0.1041	0.0196	-1.9292	-0.3559	0.3226	-0.6536	0.5592	0.0001	-0.0659	0.6023	-0.0202	0.8125	5.4516	-7.2175	-25.0449
13	1.9922	-0.2177	0.4654	1.9148	0.509	2.1111	-0.087	-0.2801	-0.7778	-0.0566	0.2168	-0.0878	-0.0079	0.2529	-0.1472	0.499	-0.0396	-0.1082	0.7034	0.0372	0.8134	-4.2128	-16.8066	-25.8236
14	3.5847	-0.4653	-2.5073	3.7851	0.9894	8.5771	-0.4785	0.1354	-1.0281	0.2382	-0.3949	0.0327	0.2063	-0.097	0.7235	0.5341	-0.0462	-0.0723	0.7276	0.0897	0.9399	6.8488	-19.129	-25.9652
15	2.5486	0.7347	-0.3836	1.3059	1.5435	5.1899	0.0839	0.5342	0.2057	-0.3547	0.0834	-0.5883	-0.2886	0.2672	-0.1208	0.5865	0.0108	0.1038	0.6056	0.0032	0.5559	-11.9715	-5.4571	-50.0255
16	4.0243	-1.9445	-1.22	3.9557	2.6718	2.6816	0.1555	0.0444	-0.1285	0.0459	-0.2654	0.2504	-0.244	-0.3321	0.1252	0.4936	-0.0438	0.056	0.4179	-0.0427	0.3335	-20.9805	-5.9827	-42.1322
17	2.1986	-0.7928	-1.9142	0.3837	1.6496	4.5878	0.3442	0.0358	0.4391	-0.3205	0.0409	-0.0282	-0.6576	-0.226	-0.4021	0.5782	-0.0287	0.0991	0.4547	0.0005	0.538	-13.3071	2.2517	-44.8909
18	5.3617	1.029	-1.6715	4.4758	0.8877	4.9362	0.22	-0.27	0.2524	0.4647	0.072	0.0101	0.1553	0.574	-0.2637	0.5768	0.0354	-0.0075	0.6204	0.0391	0.3451	7.6217	-1.1535	-64.666
19	1.9125	0.091	1.022	8.0683	1.3899	1.2311	-0.3778	-0.3746	0.413	0.4961	0.3111	0.495	-0.3413	-0.2535	0.0682	0.6436	0.074	0.0272	0.68	-0.0607	0.668	24.8017	13.3542	-23.5672
20	3.8718	-0.8297	-3.5887	2.9507	2.3687	6.7769	0.3039	-0.2468	0.0073	-0.0159	0.2822	-0.313	0.2713	0.4169	-0.594	0.5226	-0.0017	-0.0226	0.4597	-0.0451	0.5042	35.3138	5.4392	-25.9717
21	1.5911	-1.6475	-0.7416	3.1218	1.9045	0.8094	0.1687	0.2578	0.1639	-0.4734	-0.1827	0.0572	-0.3546	0.1075	-0.0125	0.4227	-0.0078	-0.0092	0.4228	-0.001	0.4585	27.8371	8.8487	-30.856
22	4.8557	-1.1733	-0.58	4.7853	0.8466	3.8166	0.0811	0.1307	-0.4487	0.0267	-0.1272	0.7928	0.453	-0.4767	0.0395	0.5198	-0.0813	-0.0707	0.4814	0.0904	0.7481	6.8131	29.5274	-24.0948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 40 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 41 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 92 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 93 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 116 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 117 through 125 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 126 through 149 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 150 through 162 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 7 through 42 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 43 through 85 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 86 through 127 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 128 through 223 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 8 through 35 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 36 through 78 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 79 through 127 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 128 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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