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- PDB-6moe: Monomeric DARPin E2 complex with EpoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6moe
タイトルMonomeric DARPin E2 complex with EpoR
要素
  • E2 DARPin
  • Erythropoietin receptor
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / Receptor / DARPin
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Ankyrin repeat-containing domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Ankyrin repeat-containing domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E2 DARPin
B: E2 DARPin
C: Erythropoietin receptor
D: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,40716
ポリマ－86,1894
非ポリマー1,21712
水8,071448
1
A: E2 DARPin
D: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6328
ポリマ－43,0952
非ポリマー5376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E2 DARPin
C: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7758
ポリマ－43,0952
非ポリマー6806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.250, 122.160, 132.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 E2 DARPin


分子量: 17965.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25129.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235

-
非ポリマー , 4種, 460分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 1 M sodium potassium phosphate pH 5.6 Cryoprotected in 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.091→29.765 Å / Num. obs: 67078 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 52.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1322 / Rpim(I) all: 0.03702 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 2.091→2.166 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 2.671 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6559 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.7394 / % possible all: 96.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSJun 1, 2017データ削減
XDSJun 1, 2017データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ern

1ern


解像度: 2.091→29.765 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 1995 2.99 %random
Rwork0.204 ---
obs0.2047 66809 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.091→29.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5733 0 68 448 6249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6338068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7853507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0912-2.14350.43681500.42024396X-RAY DIFFRACTION96
2.1435-2.20140.35861280.37224562X-RAY DIFFRACTION99
2.2014-2.26620.42511410.33244563X-RAY DIFFRACTION99
2.2662-2.33930.30781340.29784590X-RAY DIFFRACTION100
2.3393-2.42290.30561490.28174574X-RAY DIFFRACTION100
2.4229-2.51990.30541390.27164585X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.63450.2591380.26434633X-RAY DIFFRACTION100
2.6345-2.77330.2871410.24074643X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.94690.26461410.2334608X-RAY DIFFRACTION100
2.9469-3.17420.25431420.22584640X-RAY DIFFRACTION100
3.1742-3.49320.24681490.20924684X-RAY DIFFRACTION100
3.4932-3.99760.23171410.18054672X-RAY DIFFRACTION100
3.9976-5.03260.15711480.15444751X-RAY DIFFRACTION100
5.0326-29.76820.19291540.17044913X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88761.08810.93964.89491.68015.85070.07631.02510.0672-0.60450.07570.2415-0.0263-0.1543-0.08390.8160.087-0.12750.8308-0.0420.504123.3806-5.4203-49.4624
22.553-0.281-0.18182.08830.55762.22830.03890.2303-0.4334-0.2569-0.04230.22410.1209-0.24610.02740.47440-0.06170.5183-0.08460.565323.9266-13.0674-35.9623
32.689-0.1820.35623.02320.49473.5620.024-0.6317-0.41330.4784-0.24950.09870.0874-0.22060.250.4708-0.0264-0.01940.64450.07410.523521.9692-13.867-17.643
49.625-6.60720.12364.6131-0.22698.7288-0.5585-1.0202-0.9460.95090.59021.81160.4778-0.539-0.10820.7118-0.1210.03210.96760.18770.738115.0238-17.1537-10.8429
51.96441.2410.90611.7906-0.50851.88550.43750.01411.45530.4465-0.216-0.1342-0.29360.0858-0.30190.7262-0.07640.13270.5342-0.12661.0305-11.419218.4786-29.5436
62.93031.36061.64784.83143.00074.88140.398-0.84451.15590.3964-0.47710.0142-0.3946-0.0209-0.08330.606-0.02460.07240.617-0.20140.6514-16.33111.3715-24.1851
75.4592-0.7005-0.90483.90820.8685.58410.05450.0270.66820.36-0.064-0.9575-0.42370.6958-0.02310.5513-0.05460.04720.5203-0.12990.8154-4.171410.1264-27.1052
82.05741.25911.36982.7070.44761.11640.0414-0.54960.3966-0.07370.1416-0.3588-0.2579-0.0605-0.06670.5546-0.0455-0.00510.6351-0.11440.6091-8.56191.5317-24.5887
95.9634-0.26630.62055.8517-0.8555.1881-0.4916-0.02920.42130.4013-0.083-1.5141-1.25121.3012-0.04340.5725-0.1115-0.14110.64250.01280.95542.5612.9045-23.635
100.88430.6070.16294.77030.82824.59140.2319-1.5406-0.06930.8565-0.3126-0.8160.5280.09470.0760.4683-0.04-0.05320.8706-0.05630.5679-8.188-5.4404-20.0509
114.5137-0.5289-0.15743.10881.4686.11410.36090.0528-0.4104-0.14610.0598-0.5130.0074-0.0134-0.58070.5232-0.0708-0.00480.5902-0.04580.7324-3.2228-9.7595-29.8848
129.2149-1.09312.06982.76222.19632.75170.0964-0.68230.18070.10410.0196-1.9292-0.35590.3226-0.65360.55920.0001-0.06590.6023-0.02020.81255.4516-7.2175-25.0449
131.9922-0.21770.46541.91480.5092.1111-0.087-0.2801-0.7778-0.05660.2168-0.0878-0.00790.2529-0.14720.499-0.0396-0.10820.70340.03720.8134-4.2128-16.8066-25.8236
143.5847-0.4653-2.50733.78510.98948.5771-0.47850.1354-1.02810.2382-0.39490.03270.2063-0.0970.72350.5341-0.0462-0.07230.72760.08970.93996.8488-19.129-25.9652
152.54860.7347-0.38361.30591.54355.18990.08390.53420.2057-0.35470.0834-0.5883-0.28860.2672-0.12080.58650.01080.10380.60560.00320.5559-11.9715-5.4571-50.0255
164.0243-1.9445-1.223.95572.67182.68160.15550.0444-0.12850.0459-0.26540.2504-0.244-0.33210.12520.4936-0.04380.0560.4179-0.04270.3335-20.9805-5.9827-42.1322
172.1986-0.7928-1.91420.38371.64964.58780.34420.03580.4391-0.32050.0409-0.0282-0.6576-0.226-0.40210.5782-0.02870.09910.45470.00050.538-13.30712.2517-44.8909
185.36171.029-1.67154.47580.88774.93620.22-0.270.25240.46470.0720.01010.15530.574-0.26370.57680.0354-0.00750.62040.03910.34517.6217-1.1535-64.666
191.91250.0911.0228.06831.38991.2311-0.3778-0.37460.4130.49610.31110.495-0.3413-0.25350.06820.64360.0740.02720.68-0.06070.66824.801713.3542-23.5672
203.8718-0.8297-3.58872.95072.36876.77690.3039-0.24680.0073-0.01590.2822-0.3130.27130.4169-0.5940.5226-0.0017-0.02260.4597-0.04510.504235.31385.4392-25.9717
211.5911-1.6475-0.74163.12181.90450.80940.16870.25780.1639-0.4734-0.18270.0572-0.35460.1075-0.01250.4227-0.0078-0.00920.4228-0.0010.458527.83718.8487-30.856
224.8557-1.1733-0.584.78530.84663.81660.08110.1307-0.44870.0267-0.12720.79280.453-0.47670.03950.5198-0.0813-0.07070.48140.09040.74816.813129.5274-24.0948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 40 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 41 through 59 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 60 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 92 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 93 through 106 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 107 through 116 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 117 through 125 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 126 through 149 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 150 through 162 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 7 through 42 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 43 through 85 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 86 through 127 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 128 through 223 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 8 through 35 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 36 through 78 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 79 through 127 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 128 through 223 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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