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万見
- PDB-6mnl: NMR solution structures of second bromodomain of BRD4 with FOXO3a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mnl
タイトルNMR solution structures of second bromodomain of BRD4 with FOXO3a peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • FOXO3a peptide
キーワードTRANSCRIPTION / BRD4 / CDK6 / AKT / luminal breast cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / mitochondrial transcription factor activity / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cellular response to corticosterone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress ...positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / mitochondrial transcription factor activity / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cellular response to corticosterone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / neuronal stem cell population maintenance / ovulation from ovarian follicle / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / mitochondrial transcription / Signaling by NODAL / brain morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / oocyte maturation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / antral ovarian follicle growth / response to starvation / response to dexamethasone / negative regulation of neuron differentiation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / host-mediated suppression of viral transcription / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / canonical Wnt signaling pathway / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to glucose starvation / : / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / FLT3 Signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of cell migration / condensed nuclear chromosome / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / transcription coregulator binding / MAPK6/MAPK4 signaling / transcription coregulator activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cellular response to glucose stimulus / chromatin DNA binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / beta-catenin binding / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to amyloid-beta / sequence-specific double-stranded DNA binding / p53 binding / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of translation / chromosome / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / histone binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / mitochondrial outer membrane / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein O3 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing
データ登録者Zeng, L. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Targeting the BRD4/FOXO3a/CDK6 axis sensitizes AKT inhibition in luminal breast cancer.
著者: Liu, J. / Duan, Z. / Guo, W. / Zeng, L. / Wu, Y. / Chen, Y. / Tai, F. / Wang, Y. / Lin, Y. / Zhang, Q. / He, Y. / Deng, J. / Stewart, R.L. / Wang, C. / Lin, P.C. / Ghaffari, S. / Evers, B.M. ...著者: Liu, J. / Duan, Z. / Guo, W. / Zeng, L. / Wu, Y. / Chen, Y. / Tai, F. / Wang, Y. / Lin, Y. / Zhang, Q. / He, Y. / Deng, J. / Stewart, R.L. / Wang, C. / Lin, P.C. / Ghaffari, S. / Evers, B.M. / Liu, S. / Zhou, M.M. / Zhou, B.P. / Shi, J.
履歴
登録2018年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOXO3a peptide
B: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5952
ポリマ－16,5952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FOXO3a peptide


分子量: 1752.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43524*PLUS
#2: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 14842.058 Da / 分子数: 1 / Fragment: Bromo 2 domain, residues 333-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic33D 1H-15N NOESY
152isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
162isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
182isotropic13D filtered 1H-13C NOESY aliphatic
172isotropic23D filtered 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1100 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 95% H2O/5% D2OH2O_sample95% H2O/5% D2O
solution2100 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMDTT[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMDTT[U-100% 2H]2
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRView5Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5Johnson, One Moon Scientificpeak picking
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics2
simulated annealing1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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