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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7s
タイトルCrystal structure of the putative lipoprotein LppA from Mycobacterium tuberculosis
要素PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / LIPOPROTEIN / PUTATIVE LIPOPROTEIN
機能・相同性TBP-like - #20 / Putative lipoprotein, pathogenic bacteria / Lipoprotein confined to pathogenic Mycobacterium / TBP-like / 2-Layer Sandwich / plasma membrane / Alpha Beta / Putative lipoprotein LppA / Putative lipoprotein LppA
機能・相同性情報
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Grana, M. / Miras, I. / Haouz, A. / Winter, N. / Buschiazzo, A. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Lppa, a Lipoprotein Confined to Pathogenic Mycobacteria.
著者: Grana, M. / Bellinzoni, M. / Bellalou, J. / Haouz, A. / Miras, I. / Buschiazzo, A. / Winter, N. / Alzari, P.M.
履歴
登録2007年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6144
ポリマ－24,3381
非ポリマー2763
水1,11762
1
A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA
ヘテロ分子

A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2288
ポリマ－48,6752
非ポリマー5536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-9.87 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.000, 49.820, 42.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPA / LPPA / LIPOPROTEIN / PUTATIVE


分子量: 24337.549 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 34-219 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P95010, UniProt: P9WK81*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE RECOMBINANT PROTEIN INCLUDES A N-TERMINAL TAG ( SEQUENCE MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGSENLYFQG) FUSED ...THE RECOMBINANT PROTEIN INCLUDES A N-TERMINAL TAG ( SEQUENCE MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGSENLYFQG) FUSED TO RESIDUES 34-219 OF THE NP-217059 GENE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 20% PEG-3350, BICINE 0.1 M, PH 9, 50 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45 Å / Num. obs: 15229 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.96→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.91 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 728 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 13939 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å2-0.9 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 18 62 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9691806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4945168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.724.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76415227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1271512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.091.5874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49121345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9823527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4484.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.238 29
Rwork0.194 715
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.6971 Å / Origin y: -38.7189 Å / Origin z: -12.7807 Å
111213212223313233
T-0.0831 Å2-0.0074 Å2-0.0008 Å2--0.1474 Å2-0.0188 Å2---0.0931 Å2
L3.0697 °2-0.6875 °20.5788 °2-0.7702 °2-0.4196 °2--1.2827 °2
S-0.0807 Å °-0.125 Å °0.0775 Å °0.0312 Å °0.078 Å °-0.0267 Å °-0.1297 Å °0.0035 Å °0.0027 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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