PDB-4nhr: Crystal structure of the outer membrane lipopolysaccharide transp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nhr

タイトル

Crystal structure of the outer membrane lipopolysaccharide transport protein LptE (RlpB)

要素

LPS-assembly lipoprotein LptE

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / 2-Layer Sandwich / lipopolysaccharide assembly / LptD (Imp) / lysine methylation / Gram-negative outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Malojcic, G. / Kahne, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: LptE binds to and alters the physical state of LPS to catalyze its assembly at the cell surface.
著者: Malojcic, G. / Andres, D. / Grabowicz, M. / George, A.H. / Ruiz, N. / Silhavy, T.J. / Kahne, D.

履歴

登録	2013年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nhr.cif.gz	67.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nhr.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5lum-3 1wg3-d 1ha1-d 4rh8-3 3n72-2 2v7s-d 6mnl-d 2fif-1 4ga0-d 4rh8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LPS-assembly lipoprotein LptE

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: LPS-assembly lipoprotein LptE

ヘテロ分子

A: LPS-assembly lipoprotein LptE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.670, 87.670, 104.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH
2	1	A-437- HOH

#1: タンパク質	LPS-assembly lipoprotein LptE / Rare lipoprotein B 分子量: 18874.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0641, JW0636, lptE, rlpB / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADC1
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.07	59.89
2	3.07	59.89

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/HOAc pH 8.5, 200 mM KBr, 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	0.9789
シンクロトロン	NSLS	X25	2	0.9789

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2011年3月25日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2011年3月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9789	1
2		1

反射

解像度: 2.17→61.395 Å / Num. all: 10521 / Num. obs: 10493 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0.85 / Observed criterion σ(I): 0.7 / B_iso Wilson estimate: 67.66 Å² / Net I/σ(I): 19.3

反射シェル

解像度: 2.34→61.4 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.34→43.003 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2491	496	4.73 %	random
R_work	0.226	-	-	-
all	0.2272	10481	-	-
obs	0.2272	10481	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→43.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	7	46	1129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.126	1471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.439	436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.5755	0.3262	110	0.3026	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5755-2.9481	0.3092	136	0.2771	2421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9481-3.714	0.2904	137	0.2582	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.714-43.0105	0.2122	113	0.1982	2640	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3896	2.0462	-1.7197	0.9073	0.6741	3.2352	-0.6719	-1.2786	0.8721	0.0072	0.0219	0.8102	-1.6714	0.9303	-0.2226	1.2397	0.422	-0.3092	0.7832	-0.3556	0.8867	12.4538	38.2693	57.0366
2	4.4091	-1.1383	2.0293	5.7772	3.6278	4.1553	-1.0144	-1.9019	0.539	1.4241	1.0665	-0.9828	0.6723	2.7852	0.0872	0.8998	0.1471	-0.3366	1.317	-0.0279	0.8356	24.0269	27.3037	52.8052
3	2.5299	0.452	2.4379	7.4341	6.2418	6.991	-0.1982	-0.4706	1.1582	1.6501	0.189	-1.6139	0.0038	1.3016	-0.6346	1.2757	0.0141	-0.327	0.8334	-0.0115	1.0841	18.7579	36.5987	54.2677
4	6.9892	1.4525	1.8567	8.7151	-1.8226	1.9462	-0.7238	-1.7517	-0.0046	3.4278	-0.1688	1.3973	2.2426	-0.1696	0.7914	0.9949	0.1045	-0.0621	0.8914	-0.034	0.5689	14.3502	26.7789	58.0379
5	7.1029	-0.4809	-0.0141	3.2619	-0.4055	6.619	0.0249	0.2728	-0.7673	-0.5584	-0.4311	0.1966	2.1599	1.0898	0.164	1.0563	0.4004	-0.1514	0.6487	0.0423	0.5302	20.3349	15.6426	35.7676
6	5.7326	0.7727	-1.1358	6.7255	-1.6517	4.9469	-0.3266	-0.3213	0.2409	0.5987	-0.2006	0.5803	1.26	-0.7552	0.0541	0.5785	-0.0021	-0.056	0.7321	-0.1664	0.5326	10.0845	22.5848	47.427
7	6.3172	-2.6139	-6.8634	8.1827	4.1937	7.7627	1.1136	0.0344	1.5328	0.5898	0.151	-2.0592	-0.3289	3.7606	-1.0124	0.6559	0.2984	0.0207	1.5602	0.1591	1.0192	30.109	22.449	27.6653
8	2.9857	-2.4903	-1.7307	3.7827	5.1022	8.6405	0.8362	0.9753	0.1767	-1.0321	-0.0001	0.3522	-0.5244	0.5942	-0.385	0.5881	0.0255	-0.0989	0.6855	0.0387	0.5474	22.3587	26.5691	40.3795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 33:37)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 38:51)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 52:66)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 67:82)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 83:112)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 113:124)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 125:143)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 144:152)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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