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万見
- PDB-5lum: Alpha-crystallin domain of human HSPB6 patched with its N-termina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lum
タイトルAlpha-crystallin domain of human HSPB6 patched with its N-terminal peptide
要素(Heat shock protein beta-6) x 2
キーワードProtein/Peptide / protein-peptide complex / IDRs / chaperone protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / nuclear speck ...structural constituent of eye lens / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
資金援助 ロシア, ベルギー, 英国, 7件
組織認可番号国
RFBR14-04-00146, 16-04-00016 ロシア
FWOG069708N, G093615N and WO03315N ベルギー
KULeuven grantOT13/097 ベルギー
Wellcome Trust098230 英国
Biostruct-X283570 ベルギー
European UnionFP7/2007-2013 ベルギー
European Molecular Biology OrganizationASTF#637-2014 ベルギー
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Interaction of a Human Small Heat Shock Protein with the 14-3-3 Universal Signaling Regulator.
著者: Sluchanko, N.N. / Beelen, S. / Kulikova, A.A. / Weeks, S.D. / Antson, A.A. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Heat shock protein beta-6
A: Heat shock protein beta-6
G: Heat shock protein beta-6
B: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
C: Heat shock protein beta-6
I: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
J: Heat shock protein beta-6
E: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,19814
ポリマ－47,81410
非ポリマー3844
水25214
1
F: Heat shock protein beta-6
A: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子

F: Heat shock protein beta-6
A: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5108
ポリマ－19,1254
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area4040 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
2
G: Heat shock protein beta-6
B: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
C: Heat shock protein beta-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1254
ポリマ－19,1254
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
3
I: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
J: Heat shock protein beta-6
E: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3186
ポリマ－19,1254
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.687, 105.687, 111.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20


分子量: 965.099 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP Residues 2-10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14558
#2: タンパク質
Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20


分子量: 8597.646 Da / 分子数: 5 / 断片: ACD domain, UNP Residues 72-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14558
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH6.5),1.5M ammonium sulfate, 0.1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48 Å / Num. obs: 22684 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 99.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 18.22
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.672.6860.890.514199.9
2.67-2.741.9731.270.651100
2.74-2.821.3861.870.8231100
2.82-2.911.0762.440.87199.9
2.91-30.8213.290.918199.9
3-3.110.5394.690.9541100
3.11-3.230.3577.090.9841100
3.23-3.360.2679.980.99199.9
3.36-3.510.18914.080.9951100
3.51-3.680.13218.690.9971100
3.68-3.880.10223.470.9981100
3.88-4.110.08228.180.9981100
4.11-4.40.06136.940.9991100
4.4-4.750.04943.750.9991100
4.75-5.20.04743.760.999199.9
5.2-5.810.0538.850.9991100
5.81-6.710.04542.860.9991100
6.71-8.220.03652.911100
8.22-11.630.02964.7811100
11.630.02963.510.999198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JUT

4jut


解像度: 2.6→28.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.318 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.229
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1093 4.82 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 22661 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 219.72 Å2 / Biso mean: 100.11 Å2 / Biso min: 54.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.571 Å20 Å20 Å2
2---7.571 Å20 Å2
3---15.142 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→28.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 20 14 3409
Biso mean--161.83 79.58 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1129SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes518HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3500HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion426SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3450SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3500HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4778HARMONIC21.27
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.24
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.73 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 134 4.53 %
Rwork0.256 2821 -
all-2955 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36910.19520.61626.21570.0050.9857-0.04060.0359-0.2459-0.2458-0.0180.15350.1473-0.05350.0586-0.26510.01530.0683-0.41850.0106-0.486-64.498-10.710630.4044
25.9671-1.6738-3.24112.5954-0.06134.5946-0.04720.6127-0.4437-0.01780.02290.3349-0.2127-0.63420.0243-0.2560.060.0489-0.396-0.0417-0.3406-52.5288-17.813414.2212
35.2022-4.80891.59393.56570.20726.3314-0.4226-0.21350.74210.69650.4867-0.6436-0.16371.098-0.0641-0.22310.0613-0.084-0.2996-0.1258-0.4029-25.4755-24.512820.2014
45.8348-3.61780.53885.6337-0.24251.81520.56230.65470.225-1.5078-0.6240.5169-0.5561-0.78790.06170.08570.3321-0.1382-0.4134-0.0504-0.7455-61.83541.04040.1958
57.1913-4.9391-0.6016.67011.63437.30290.77330.49640.6884-0.9135-0.318-0.9708-1.529-0.065-0.4553-0.0998-0.02850.2848-0.5750.0982-0.5922-37.6429-4.8955-5.3087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* F|* }A72 - 149
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* F|* }F2 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* G|* }B72 - 149
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* G|* }G2 - 10
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* H|* }C72 - 149
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* H|* }H2 - 10
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* I|* }D72 - 149
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* I|* }I2 - 10
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|* J|* }E72 - 149
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|* J|* }J2 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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