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- PDB-6mn5: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn5
タイトルCrystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa, H154A mutant, in complex with gentamicin C1A
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COENZYME A / GENTAMICIN / AAC(3)-IVA / CSGID / TRANSFERASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLL / Chem-PE3 / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Kim, Y. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月6日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,75779
ポリマ－169,8986
非ポリマー10,85973
水9,170509
1
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,08317
ポリマ－28,3161
非ポリマー1,76616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,53115
ポリマ－28,3161
非ポリマー2,21514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,59316
ポリマ－28,3161
非ポリマー2,27715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,62316
ポリマ－28,3161
非ポリマー2,30715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5569
ポリマ－28,3161
非ポリマー1,2408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3706
ポリマ－28,3161
非ポリマー1,0545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.609, 131.881, 266.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa


分子量: 28316.393 Da / 分子数: 6 / 変異: H154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, aac3-VI, aac3-VI_1, aac3-VI_2, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, ...遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, aac3-VI, aac3-VI_1, aac3-VI_2, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, CXB56_01995, pEC012_00026, SAMEA3472055_02859, SAMEA3472064_03809, SAMEA3472078_05206, SAMEA3472108_05065, SAMEA3472117_05674, SAMEA3472119_04576, SAMEA3472121_05663, SAMEA3485115_04534, SAMEA3751392_04817, SAMEA3752267_04833, SAMEA3752372_05888, SAMEA3752378_04585, SAMEA3752509_02517, SAMEA3752558_04925, SAMEA3752685_02521, SAMEA3753064_04967, SAMEA3753137_02787, SAMEA3753290_03667, SAMEA3753300_05389, SAMEA3753355_02348
プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold
参照: UniProt: Q306W4, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 582分子

#2: 化合物
ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A / ゲンタマイシンC1a


分子量: 449.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H39N5O7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 30% PEG 1k, 1 mM gentamicin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→40 Å / Num. obs: 83508 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14.08
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique all: 3527 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3026: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SMA

3sma


解像度: 2.58→38.401 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 2000 2.4 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1874 83420 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→38.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11813 0 608 509 12930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87917239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.294849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5786-2.6430.28121230.26815014X-RAY DIFFRACTION83
2.643-2.71450.29261350.2585496X-RAY DIFFRACTION93
2.7145-2.79430.31291430.25535801X-RAY DIFFRACTION96
2.7943-2.88450.27891430.24495828X-RAY DIFFRACTION97
2.8845-2.98750.26331440.24955885X-RAY DIFFRACTION97
2.9875-3.10710.28011450.22855924X-RAY DIFFRACTION99
3.1071-3.24850.25791470.21715962X-RAY DIFFRACTION99
3.2485-3.41960.25451450.20775917X-RAY DIFFRACTION98
3.4196-3.63370.20491440.19065846X-RAY DIFFRACTION97
3.6337-3.9140.19451470.16526008X-RAY DIFFRACTION98
3.914-4.30740.18071470.15055949X-RAY DIFFRACTION98
4.3074-4.92960.19491430.14855845X-RAY DIFFRACTION96
4.9296-6.20660.22471480.17835985X-RAY DIFFRACTION97
6.2066-38.40490.2081460.18055960X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.89163.9432-4.34433.9223-4.35124.69720.1701-0.67630.1760.55410.15620.26860.0766-1.0248-0.38540.4419-0.05070.01280.6719-0.04050.433727.26128.24826.8004
27.5337-0.7592-3.65786.4857-1.92358.85160.24540.0634-0.10240.2675-0.16040.30850.0005-0.5196-0.14320.2069-0.0417-0.04780.44060.00930.299628.860825.41216.908
32.6647-0.4058-0.14032.86250.89232.34250.20460.4206-0.2545-0.2022-0.1568-0.03850.1172-0.4055-0.02040.2939-0.0329-0.00150.6751-0.03950.410627.621816.47954.0604
48.858-0.7509-0.80654.25295.40236.86530.09331.9744-0.4678-1.2103-0.0062-0.37060.06390.285-0.16230.5044-0.030.0890.7793-0.03060.491136.939520.8487-1.4933
57.8521-2.45560.54943.971-1.04476.35440.16710.428-0.1045-0.0886-0.16-0.7113-0.06330.7401-0.00150.2404-0.05140.01230.4605-0.09840.462242.915519.72728.798
64.68633.09066.53766.50453.79319.11210.210.6378-0.955-0.2058-0.1234-0.1690.0991-0.0311-0.12710.6284-0.01910.10850.7835-0.11250.751541.85065.0038-2.1002
78.92834.21166.88093.78092.81862.08470.2761.0718-0.516-0.5226-0.14210.1574-0.0511-0.0855-0.0550.71210.04590.0290.847-0.27770.730238.04824.1063-2.5632
85.4966-4.5133-2.05415.82042.75882.38840.0306-0.2576-0.09470.38450.0235-0.4970.1810.278-0.04430.333-0.0068-0.07730.45590.03460.473349.037313.013215.9366
95.1691-1.3351-0.29163.180.82096.09550.09780.64440.1248-0.36740.0953-0.1239-0.20620.747-0.16940.3402-0.0642-0.08090.6276-0.04940.42056.818320.8858-5.8845
106.7575-2.27973.48912.8637-2.00344.44470.0267-0.0017-0.3277-0.09850.0996-0.04930.02610.2046-0.12290.2925-0.0423-0.00360.4291-0.03990.343710.97115.61310.7479
116.86950.76563.12318.143-4.22744.08760.6462-1.4058-0.42450.9841-0.23480.97390.0762-0.9019-0.57120.4992-0.03240.05860.82310.03590.60271.331914.414818.4511
123.77892.93561.43674.16580.01515.73420.234-0.3675-0.25640.06890.12940.41060.2335-0.1976-0.29320.28450.0086-0.05760.50920.02530.546-3.934710.7358.454
137.7505-1.30295.29862.587-4.10068.0716-0.023-0.1927-0.50.11740.3687-0.1650.12990.0646-0.58440.5737-0.0235-0.1380.58240.08650.79072.4184-1.851120.2415
143.3867-0.63043.64640.93740.33286.04420.0895-0.3792-0.80240.5264-0.415-0.42670.08220.85230.50230.8071-0.1832-0.17440.86960.34170.9976.3397-1.454620.524
154.40671.4539-2.52918.1293-6.25415.6021-0.04850.3956-0.2812-0.85530.39681.16840.3601-0.4017-0.27080.5094-0.0575-0.17420.6049-0.12930.5445-7.37647.9509-3.9954
164.18151.1856-0.43866.6003-2.71454.20220.14520.2869-1.30320.04930.0312-0.08720.7706-0.002-0.16750.4519-0.0241-0.15970.5226-0.12030.8192-7.5405-1.5065.1951
173.9421-1.6152.5959.4040.77392.532-0.03-0.59390.01750.52890.5010.1614-0.1418-0.0642-0.53050.4053-0.02750.07060.6549-0.0870.37161.183318.0082-18.013
181.6450.7823-1.38539.4234-4.56577.1246-0.1793-0.0144-0.0997-0.06150.3548-0.25020.2957-0.1104-0.14830.4007-0.0673-0.03580.6086-0.1320.41983.31617.5728-28.1102
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402.3767-0.71130.33860.3363-0.32180.4231-0.2938-1.4204-2.1221.9163-0.18320.18752.2337-1.54920.7462.6591-0.84830.26021.40140.27781.2642-8.0751-15.8554-32.6529
41-0.1008-0.14760.14660.4898-0.21760.00140.5458-0.4541-0.56650.7468-0.3258-0.73713.24440.1962-0.20173.44390.1971-0.33071.06830.00551.21198.7642-18.1059-26.9253
423.27691.94820.81717.18960.27890.89020.4848-0.1928-1.20521.2874-0.55540.04083.1365-0.3678-0.02022.8983-0.35070.09321.1386-0.23131.0189-4.1056-23.0476-42.5376
435.2559-3.8767-1.83434.1847-1.54166.7469-0.9333-0.269-0.91032.42610.5013-0.76423.38030.75220.68943.60560.743-0.40911.3742-0.43142.163712.3791-31.3087-37.6657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 129 through 159 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 160 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 175 through 190 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 191 through 257 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -1 through 39 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 40 through 103 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 104 through 128 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 129 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 160 through 174 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 175 through 190 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 191 through 213 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 214 through 257 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -1 through 17 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 18 through 52 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 53 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 84 through 128 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 129 through 159 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 160 through 190 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 191 through 232 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 233 through 257 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid -1 through 17 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 18 through 103 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 104 through 128 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 129 through 143 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 144 through 174 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 175 through 190 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 191 through 234 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 235 through 258 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid -1 through 17 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 18 through 128 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 129 through 143 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 144 through 234 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 235 through 257 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid -1 through 52 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 53 through 128 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 129 through 143 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 144 through 185 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 186 through 232 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 233 through 257 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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