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- PDB-6mn4: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn4
タイトルCrystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa, H154A mutant, in complex with apramycin
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COENZYME A / APRAMYCIN / AAC(3)-IVA / CSGID / TRANSFERASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
APRAMYCIN / PHOSPHATE ION / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,39836
ポリマ－168,3426
非ポリマー6,05530
水6,107339
1
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2449
ポリマ－28,0571
非ポリマー1,1878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0576
ポリマ－28,0571
非ポリマー1,0005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9955
ポリマ－28,0571
非ポリマー9384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0876
ポリマ－28,0571
非ポリマー1,0305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0846
ポリマ－28,0571
非ポリマー1,0275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9304
ポリマ－28,0571
非ポリマー8733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.550, 130.507, 264.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa


分子量: 28057.070 Da / 分子数: 6 / 変異: H154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_ ...遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, CXB56_01995, DK267_24825, DK268_23980, DK278_24785, DK279_23955, DK288_24810, DK289_23980, pEC012_00026
プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold
参照: UniProt: Q306W4, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-AM2 / APRAMYCIN / NEBRAMYCIN II / 4-O-(3ALPHA-AMINO-6ALPHA-((4-AMINO-4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY)-2,3,4,5ABETA,6,7,8,8AALPHA-OCTAHYDRO-8BETA-HYDROXY-7BETA-(METHYLAMINO)PYRANO(3,2-B)PYRAN-2ALPHA-YL)-2-DEOXY-D-STREPTAMINE


分子量: 539.577 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N5O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 30% (w/v) PEG1k, 2.5 mM apramycin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 66374 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.77
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.771 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3328 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.613 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SMA

3sma


解像度: 2.8→29.327 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3043 3627 3 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.2487 120976 94.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11627 0 382 339 12348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97516810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0664477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83680.39531440.34834573X-RAY DIFFRACTION96
2.8368-2.87560.35061450.33914573X-RAY DIFFRACTION95
2.8756-2.91670.4251350.31754556X-RAY DIFFRACTION97
2.9167-2.96020.33061430.31664586X-RAY DIFFRACTION95
2.9602-3.00640.35941340.31354481X-RAY DIFFRACTION95
3.0064-3.05560.361420.31944557X-RAY DIFFRACTION96
3.0556-3.10830.39011430.30644566X-RAY DIFFRACTION94
3.1083-3.16470.36971450.31654500X-RAY DIFFRACTION96
3.1647-3.22550.33551360.29614481X-RAY DIFFRACTION94
3.2255-3.29130.36631420.29424522X-RAY DIFFRACTION95
3.2913-3.36270.38361390.28644497X-RAY DIFFRACTION93
3.3627-3.44080.39551360.29024473X-RAY DIFFRACTION94
3.4408-3.52680.3661410.28364431X-RAY DIFFRACTION92
3.5268-3.62190.32291330.27454449X-RAY DIFFRACTION94
3.6219-3.72830.29951360.25974412X-RAY DIFFRACTION92
3.7283-3.84840.28331390.24154355X-RAY DIFFRACTION92
3.8484-3.98560.35121370.24574396X-RAY DIFFRACTION92
3.9856-4.14480.28471340.23824299X-RAY DIFFRACTION91
4.1448-4.33290.28531420.22764390X-RAY DIFFRACTION91
4.3329-4.56050.27381360.21484370X-RAY DIFFRACTION92
4.5605-4.8450.28041330.20714480X-RAY DIFFRACTION94
4.845-5.21720.26381360.2024565X-RAY DIFFRACTION96
5.2172-5.73870.26671510.22034671X-RAY DIFFRACTION99
5.7387-6.5610.25831460.22794788X-RAY DIFFRACTION99
6.561-8.23570.24051370.21284743X-RAY DIFFRACTION100
8.2357-29.32880.26211420.20474635X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42551.0974-0.82923.0185-1.10062.595-0.01790.005-0.22180.03170.01360.0696-0.18950.16870.03820.2065-0.0226-0.01140.6827-0.02780.41-28.927324.0962-16.3654
24.7814-2.68310.10215.3958-2.09341.29710.0929-0.9053-0.24290.0938-0.2537-0.15050.03440.01530.13180.2659-0.0284-0.02270.88620.02640.435-27.970519.125-3.8317
35.5938-1.94172.59793.63360.74392.130.2297-1.2243-0.35720.87090.20320.47250.2078-0.9825-0.33390.2870.02360.17270.87630.04830.4951-40.705120.2457-2.6168
43.4098-0.51151.5285.5697-2.48022.959-0.3531-0.2534-0.85840.4828-0.02930.0318-0.2032-0.06260.36710.28810.00520.00770.73470.02660.6554-44.45369.9079-6.1022
51.8390.7575-0.97434.44270.99885.39410.2302-0.9065-0.44840.6388-0.0511-0.1902-0.719-0.53110.0410.59610.15010.08090.78640.22480.8638-37.39294.03782.7614
63.42123.3646-2.81057.2152-3.76182.5314-0.06830.18210.4021-0.40380.16331.3455-0.029-0.2163-0.07320.3029-0.0574-0.07350.7989-0.08350.4853-46.734719.3273-21.6199
78.05842.0665-1.62026.6759-2.51773.10570.0333-0.0115-0.6024-0.10030.04850.65380.3051-0.1631-0.03270.21790.0201-0.01290.51340.02070.4634-50.44069.9447-13.4798
83.26391.67581.64914.1967-0.40446.5173-0.0544-0.18060.27340.34980.31490.3249-0.4126-0.6143-0.23440.26350.05690.00330.73150.04320.4151-7.037521.41873.6412
97.30610.19934.35533.0143-0.0763.23150.10760.6242-0.4525-0.1712-0.0225-0.36460.04360.1953-0.07120.25170.02840.02440.5813-0.04760.3994-6.314.2992-14.3121
104.79611.4899-0.83583.12052.61413.7151-0.2020.245-0.7549-0.3321-0.22020.20260.135-0.39280.42110.34550.1059-0.050.5039-0.02340.719-2.12490.7843-17.0012
112.6942-1.36830.04976.23453.33724.7645-0.0403-0.4733-1.02450.42250.1557-0.23970.53430.4719-0.13380.34040.0155-0.01740.49810.14290.77287.33181.7778-2.7128
125.323-3.0973-3.08316.70323.97878.25720.23320.09440.1861-0.33710.23770.01950.1807-0.5796-0.44290.2729-0.0352-0.06510.73190.18360.3717-3.340117.368722.5243
132.38851.1735-1.23966.4899-2.27515.23130.0701-0.3040.12360.37760.08310.47050.2027-0.1884-0.1580.40570.117-0.00990.83390.09740.3877-6.10211.865139.0644
147.33411.4436-3.62264.5571-0.79782.37070.3446-0.1910.49150.4889-0.03190.6258-0.7381-1.0847-0.33770.51310.10080.16840.98030.10310.5889-14.855422.41841.2338
157.8681-0.9631-1.73523.29381.572.7122-0.07290.2861-1.16630.3238-0.22490.71980.1997-0.55840.3310.76650.03550.46531.49350.29310.8855-24.588312.086348.9999
166.5731-0.598-4.02484.91710.72762.45410.35960.37951.3461-0.31750.2770.8529-0.3252-0.8024-0.55670.56110.27190.13521.27740.26320.8097-17.965228.804229.0704
175.24793.9122.29574.3929-0.05354.25080.46780.2151-0.91580.1110.2009-0.1571-0.2389-0.6297-0.66610.51930.09430.10991.68030.37581.3679-35.541221.617936.8698
180.91660.04620.32358.6933-0.60764.62580.16180.3058-0.076-0.026-0.1557-0.00610.0486-0.5301-0.03430.3392-0.05120.01880.8443-0.06980.3404-33.078526.408-41.4738
193.3764-0.0069-2.01073.11042.78446.1364-0.24150.8223-0.3327-0.85610.2772-0.3605-0.59550.2638-0.00570.5923-0.14780.11410.8755-0.11750.4429-25.603823.5362-58.9902
201.99291.03240.48480.8265-0.35471.4098-0.25750.1548-0.9015-0.55620.5769-0.96980.65251.20860.04880.8514-0.23670.39821.5185-0.50781.0698-11.701420.193-60.9312
211.6833-0.3319-1.3853.99890.1111.1417-0.50020.0332-0.1170.33160.5924-1.48690.04120.4285-0.29250.475-0.15810.00531.2864-0.1550.69-13.886731.5573-40.7848
226.8147-0.2928-3.01540.57511.18833.38620.05540.2851-0.1772-0.28750.8142-1.1334-0.10881.5553-0.77930.6685-0.1810.16031.4013-0.48261.0681-5.608226.8348-49.4536
232.14630.455-0.48043.38763.06446.1231-0.24970.2746-0.1750.1624-0.74280.56920.856-1.67840.58550.8415-0.2620.24961.1598-0.4870.7777-44.3168.7917-57.2996
241.73610.57151.08141.83190.62421.50250.1694-0.0023-0.9250.8426-0.36460.31171.9507-1.07010.15982.1974-0.64830.46791.2231-0.40351.2106-46.1342-9.9129-54.1263
252.7346-1.94-0.03437.5386-3.37058.02370.14310.2103-0.2233-1.348-1.3564-0.7691.97332.35740.4971.03910.2620.19961.16240.46480.76842.1344-5.381737.5297
261.61230.08550.11052.2465-0.05950.23260.20490.0952-1.4603-1.593-0.51960.57152.55860.27070.08553.23210.3690.00791.14340.28951.397-4.1342-21.725333.9281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 71 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 172 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 173 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 214 through 257 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 52 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 143 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 144 through 190 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 191 through 257 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 0 through 39 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 40 through 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 115 through 159 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 160 through 190 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 191 through 232 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 233 through 257 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 0 through 52 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 53 through 143 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 144 through 190 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 191 through 213 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 214 through 257 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 0 through 114 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 115 through 257 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 0 through 103 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 104 through 250 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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