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万見
- PDB-6mn3: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn3
タイトルCrystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa, apoenzyme
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
キーワードTRANSFERASE / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COENZYME A / AAC(3)-IVA / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / metal ion binding / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5218
ポリマ－56,2482
非ポリマー2736
水4,450247
1
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2253
ポリマ－28,1241
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2965
ポリマ－28,1241
非ポリマー1724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.170, 55.327, 94.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa


分子量: 28124.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_ ...遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, CXB56_01995, DK267_24825, DK268_23980, DK278_24785, DK279_23955, DK288_24810, DK289_23980, pEC012_00026
プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold
参照: UniProt: Q306W4, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 22593 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1154 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.572 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SMA

3sma


解像度: 2.4→29.769 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 1123 5 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1785 22452 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3920 0 6 247 4173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5795490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4491486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50920.32551400.2642661X-RAY DIFFRACTION100
2.5092-2.64140.30341410.24212694X-RAY DIFFRACTION100
2.6414-2.80680.27131400.22462631X-RAY DIFFRACTION99
2.8068-3.02330.26811400.21632672X-RAY DIFFRACTION99
3.0233-3.32720.24381370.19122621X-RAY DIFFRACTION98
3.3272-3.80780.20271380.15032607X-RAY DIFFRACTION97
3.8078-4.79420.16711400.1262666X-RAY DIFFRACTION98
4.7942-29.77090.18371470.15872777X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6181-0.38510.61774.1852-2.89016.18390.02670.0532-0.0657-0.5420.00090.04810.3932-0.0119-0.06130.21290.0025-0.02120.2233-0.04020.2194-43.1903-15.874671.1902
21.76521.59570.83863.5712-0.31982.4302-0.37560.6490.0487-1.69120.1859-0.35140.52720.09010.11920.9417-0.01980.10530.5289-0.00810.3366-36.9797-9.070353.5607
30.44110.7982-0.17881.5062-0.60580.1781-0.706-0.0242-1.4147-1.12610.3913-0.73310.92920.00880.44771.60310.13280.50211.11310.04690.9321-27.3348-8.40444.4418
40.59810.5078-0.14233.1234-1.12693.1989-0.0582-0.0146-0.0713-0.472-0.3563-0.9608-0.33150.89210.20960.3692-0.04260.09940.55190.11240.4887-25.4944-0.13864.9792
59.4243-3.2978-4.74646.47593.26743.19560.1509-0.59780.51730.2475-0.05030.0869-0.29870.2886-0.1740.31860.0063-0.08120.2108-0.0460.2507-6.416541.481998.1349
65.1265-0.0466-3.07611.9240.20386.4060.06390.10140.41030.0422-0.08180.0703-0.2813-0.32920.00530.16040.0104-0.05410.1583-0.00910.2552-8.769136.577289.0028
74.17040.78311.25835.20190.64283.30.10.2446-0.3361-0.2766-0.02790.30230.2605-0.251-0.0450.22040.0007-0.00990.2717-0.00720.2806-14.662927.227776.9184
81.8282-0.22580.72552.2828-0.07151.73460.24230.2988-0.2686-0.1537-0.17530.27110.1232-0.2043-0.06730.20140.0237-0.01570.2639-0.02380.3413-6.461318.088179.6077
96.3414-0.51492.43521.79432.56484.68840.05590.7537-0.8548-0.13730.22330.6837-0.55140.2813-0.33890.4433-0.1291-0.12430.39120.05540.7659-18.021911.238775.5871
101.2755-1.5681-0.77825.33013.25772.31720.0179-0.0683-0.0950.35290.0791-0.2130.2320.1788-0.12750.1621-0.0044-0.02590.23110.01950.27223.30920.954990.225
116.82333.4383-3.49965.89290.64349.0768-0.0817-0.2162-0.57280.50350.09480.411.1611-0.7941-0.06070.4273-0.0642-0.01510.38080.11010.5292-6.45682.532689.3453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 172 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 190 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 191 through 257 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 17 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 53 through 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 129 through 174 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 175 through 190 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 191 through 234 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 235 through 257 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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