PDB-6mmz: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mmz

タイトル

Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, H29A mutant apoenzyme

要素

Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID

機能・相同性

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Xu, Z. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2018年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mmz.cif.gz	611.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mmz.ent.gz	515.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mmz_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mmz_full_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示
XML形式データ	6mmz_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	6mmz_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ht0SC 6mn0C 6mn3C 6mn4C 6mn5C 7kesC 7laoC 7lapC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mn2-d 6mn1-d 6mn0-2 7kes-d 5ht0-2 6mn0-3 5ht0-1 3sma-1 3sma-2 4cbv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP95436

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

ヘテロ分子

175 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

F: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.761, 158.124, 143.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- SO4

#1: タンパク質	Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase 分子量: 28888.826 Da / 分子数: 6 / 変異: H29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7, 10 mM gentamicin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→19.75 Å / Num. obs: 35143 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.964 / R_merge(I) obs: 0.268 / R_pim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 3.3→3.46 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4652 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.395 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3092: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HT0

5ht0

解像度: 3.3→19.75 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2605	1646	4.69 %	RANDOM
R_work	0.2037	-	-	-
obs	0.2064	35122	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11977	0	104	104	12185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.552	16789
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.418	4477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1798
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3966	0.3886	147	0.2956	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3966-3.5057	0.3409	131	0.2704	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5057-3.6302	0.3128	133	0.2463	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6302-3.7746	0.2848	131	0.2253	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7746-3.9451	0.3151	128	0.2226	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9451-4.1513	0.2643	121	0.2049	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1513-4.4087	0.2468	158	0.1887	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4087-4.7447	0.2232	153	0.1731	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7447-5.2142	0.2149	131	0.1646	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2142-5.9506	0.2346	125	0.1822	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9506-7.4302	0.2197	160	0.1904	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4302-19.7515	0.2144	128	0.1736	2843	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8739	0.6544	-1.2061	1.6464	0.3269	1.7912	0.1847	-0.1917	-0.0631	0.3798	-0.1594	-0.2559	0.461	0.8157	-0.0256	0.2496	0.1831	-0.0585	0.6794	-0.0166	0.4419	116.2275	-15.7985	300.6189
2	5.9622	-5.6578	-1.1384	5.5103	1.8073	4.2805	-0.5885	-1.0393	-0.4899	0.3981	0.9354	1.158	1.0346	-0.0197	-0.2914	0.3477	0.0498	0.0754	0.4167	0.0977	0.8473	85.3907	-3.381	300.5627
3	1.4439	-0.1843	0.4971	2.4029	-0.3471	1.3536	0.1432	-0.2333	-0.1466	-0.037	0.079	0.2112	0.4816	0.3269	-0.2305	0.3736	0.1363	-0.0224	0.307	-0.0293	0.3366	98.362	-21.9467	299.7235
4	5.013	-0.2402	0.3807	3.1262	0.2141	2.4031	0.1785	-0.4287	-0.1428	-0.0911	0.1121	0.256	-0.4848	0.4037	-0.2601	0.2485	-0.0475	0.0097	0.2922	-0.0285	0.2968	97.3202	11.9904	299.1439
5	3.7528	-2.8606	-3.5539	4.3682	2.4891	4.1729	-0.4006	-1.6185	1.1956	1.3304	1.0868	-1.1477	0.0357	0.29	-0.6656	0.5946	0.0431	-0.0179	0.8684	-0.2885	0.8213	127.8607	-0.5614	304.3529
6	2.6887	0.3723	0.7872	2.2613	1.007	0.5999	0.2896	-0.1824	0.3357	-0.4306	0.1588	-0.1098	-0.4118	0.6763	-0.3575	0.3647	-0.1819	0.0319	0.502	-0.1698	0.41	113.7616	9.776	294.9057
7	1.4038	-0.8112	-0.5409	1.3239	0.3408	1.0603	0.0036	-0.6585	0.5361	0.0633	0.3994	-0.5469	-0.2787	0.9484	-0.2574	0.3626	-0.2928	0.0796	0.7413	-0.2499	0.5393	115.8264	21.922	304.1092
8	4.9995	-0.946	0.9872	7.4476	-3.4921	5.2261	-0.2473	-0.2012	0.544	0.4816	-0.098	-0.7303	-0.4177	0.5811	0.2852	0.4611	-0.0735	-0.0384	0.455	-0.0232	0.284	120.4449	50.8338	326.3038
9	1.2589	1.5565	-1.2127	3.8415	-0.3634	4.5824	-0.0218	-0.3311	0.0417	0.1485	-0.0336	0.4377	0.3528	-0.363	-0.0036	0.4638	-0.1147	-0.1483	0.4583	-0.0467	0.2182	108.4989	39.3489	326.9653
10	2.8745	-1.8552	3.0756	7.9221	-3.0601	3.4593	0.6062	-1.5754	-0.4293	-0.3877	0.2465	1.1554	-0.267	-0.2604	-0.7655	0.6324	-0.2759	-0.0523	0.765	0.1532	0.4529	88.9547	34.5018	324.2117
11	2.7274	0.3882	1.4675	0.9857	0.6288	3.7982	0.0804	-0.2066	-0.2078	0.3787	-0.0873	-0.1596	0.1665	-0.2413	-0.0073	0.5469	-0.1233	-0.0153	0.3508	0.0376	0.3365	110.2933	36.6067	328.9726
12	5.7529	-1.0385	-3.9609	3.4373	-2.4524	5.8201	-0.1642	-0.2661	-0.6662	1.2858	-0.0457	0.395	0.9892	-0.5494	0.1718	1.3811	-0.2525	-0.0428	0.5563	-0.079	0.354	106.5943	30.2352	345.6128
13	4.3835	0.5309	0.6641	3.1207	-1.0725	4.4429	0.2354	-0.1041	-0.6627	0.6245	0.1198	0.3783	0.8854	-0.3302	-0.2115	0.5557	-0.4069	0.0995	0.5563	-0.039	0.4894	94.2086	26.545	329.2792
14	3.3596	-0.1466	0.4343	2.9671	-0.6067	1.7588	0.2101	-0.4558	-0.0424	0.5179	-0.4095	-0.4079	0.8255	-0.3763	0.2323	1.1822	-0.1264	0.0227	0.7252	0.059	0.3626	108.6421	40.6698	347.6952
15	4.3022	4.4686	-1.0479	7.106	-2.5223	9.7856	0.0682	-0.326	0.7186	1.5351	-0.6131	-0.4951	-0.9909	1.223	0.4229	0.5001	-0.1559	-0.0858	0.5211	-0.113	0.495	121.7031	49.2663	338.5644
16	2.2883	-0.4995	-4.2257	3.6897	0.2112	7.9393	0.2576	-0.9507	-0.2997	0.6791	-0.073	-0.1078	1.0167	0.0105	-0.0403	1.115	-0.1818	-0.1181	0.928	0.0149	0.2811	113.0677	32.9795	351.5019
17	3.7853	-0.5582	-0.8064	3.5714	-0.7734	5.3144	-0.0809	-0.1625	-0.0778	0.0227	0.4562	0.2278	0.4829	-0.6836	-0.2278	0.3585	-0.188	-0.0204	0.5315	0.0473	0.4062	90.9278	47.4377	310.1973
18	8.9776	3.5782	5.469	2.5331	3.071	4.1346	0.2294	-0.0496	1.1834	0.8716	-0.8506	0.0359	-0.0928	-0.0758	0.5869	0.6089	-0.2931	0.0643	0.4488	-0.0392	0.588	119.2757	59.8269	312.0788
19	2.3269	0.5555	-1.1229	1.7483	-2.709	4.1888	0.1397	0.0217	-0.0174	0.0532	0.0226	0.3646	0.4211	-0.4058	-0.1363	0.3595	-0.1864	-0.0222	0.3401	-0.0189	0.334	104.3002	51.1951	303.8524
20	0.8791	0.1801	-0.0501	1.8609	-0.9507	2.0985	-0.0163	0.1411	0.24	-0.0247	0.2734	0.2769	-0.0274	-0.7439	-0.2202	0.2514	-0.064	-0.0223	0.5211	0.069	0.376	97.0787	63.0361	298.7104
21	3.9096	1.4111	-0.828	5.7434	-3.4104	4.0178	-0.1507	0.0882	-0.4751	-0.6458	0.3178	-0.459	-0.2948	0.8223	-0.1229	0.6406	-0.2746	0.114	0.7376	-0.09	0.3388	127.2742	24.3962	248.0161
22	0.4772	-0.1398	-0.9029	4.7489	0.1136	1.7146	0.0438	-0.0084	-0.0855	-0.4031	-0.105	0.4562	-0.1835	-0.2104	0.2347	0.767	-0.5707	0.1395	0.6081	-0.0867	0.5207	115.3297	36.1659	245.2078
23	4.2241	-0.3649	0.1344	4.2677	-0.3347	0.3164	-0.6285	1.2906	-0.481	-0.5485	0.4531	0.8938	-0.3727	0.271	0.2469	1.0332	-0.497	-0.1133	0.5664	-0.0512	0.6116	95.9403	40.3371	244.65
24	2.4228	-0.6237	-0.0828	2.6329	-0.8611	0.948	0.0968	0.3653	-0.015	-0.4265	0.1071	-0.015	-0.2492	0.0245	-0.1403	0.8698	-0.5773	0.0393	0.4633	-0.0279	0.4051	114.9069	39.8342	246.0881
25	1.4211	-0.6863	-0.2567	1.6828	-0.7289	0.5561	0.0739	0.3562	0.2024	-0.3495	0.0895	0.1385	-0.1029	0.0086	-0.1715	0.9491	-0.4032	0.0274	0.7614	0.0199	0.4421	113.1994	43.3916	235.7973
26	0.9611	-0.4886	0.2401	1.3	-0.2953	2.599	-0.2228	-0.0199	0.0415	-0.5434	0.502	-0.456	-0.2063	-0.1824	-0.2101	1.1843	-0.3888	0.1226	0.8043	-0.0462	0.381	123.8631	35.2476	226.5715
27	3.9737	0.6743	0.3397	1.6092	0.343	2.2937	-0.0803	0.5351	0.115	0.0046	0.1746	0.1636	-1.1128	0.4167	-0.0005	0.7248	-0.1927	0.0145	0.3257	0.0168	0.3885	93.8671	28.7351	259.0006
28	5.3694	2.8328	0.9488	1.7405	-0.4322	3.614	1.1342	-0.3744	-1.5815	-0.4633	-0.2036	0.3611	0.3285	0.5625	-0.6774	0.6735	-0.2095	-0.275	0.5519	-0.0596	0.8036	123.421	13.3566	261.0337
29	2.3392	-0.0017	0.9483	3.7444	-0.7611	3.0402	0.2454	0.0948	-0.0981	-0.2938	-0.005	-0.0837	-0.4369	0.6267	-0.1747	0.6775	-0.3612	0.0238	0.3484	-0.0666	0.374	107.7426	26.1236	264.1421
30	1.7878	0.7341	-0.3528	1.2017	0.147	1.7631	-0.017	-0.0385	-0.0866	-0.1307	0.0717	-0.1722	-0.3954	0.2306	-0.0318	0.3132	-0.1063	0.0065	0.2399	-0.0171	0.2851	100.892	12.8636	271.7849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 262 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 65 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 66 through 85 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 86 through 142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 143 through 262 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 4 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 52 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 70 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 89 through 165 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 166 through 180 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 181 through 202 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 203 through 226 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 227 through 243 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 244 through 263 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 3 through 69 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 70 through 88 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 89 through 142 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 143 through 262 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 3 through 51 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 52 through 69 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 70 through 88 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 89 through 142 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 143 through 202 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 203 through 263 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 4 through 65 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 66 through 85 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 86 through 129 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 130 through 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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