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万見
- PDB-6mkr: 5287 TCR bound to IAb Padi4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mkr
タイトル5287 TCR bound to IAb Padi4
要素
  • 5287 TCR alpha chain
  • 5287 TCR beta chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • Padi 4 (92-105) peptide and MHC Class II IAb beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / Major Histocompatibility Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / Chromatin modifying enzymes / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / Chromatin modifying enzymes / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / stem cell population maintenance / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / post-translational protein modification / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / nucleosome assembly / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / chromatin organization / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / early endosome / chromatin remodeling / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Cupredoxin / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.355 Å
データ登録者Stadinski, B.D. / Blevins, S.J. / Huseby, E.S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2019
タイトル: A temporal thymic selection switch and ligand binding kinetics constrain neonatal Foxp3+Tregcell development.
著者: Stadinski, B.D. / Blevins, S.J. / Spidale, N.A. / Duke, B.R. / Huseby, P.G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: Padi 4 (92-105) peptide and MHC Class II IAb beta chain
A: 5287 TCR alpha chain
B: 5287 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2144
ポリマ－95,2144
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area35770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)257.022, 73.761, 65.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20242.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14434
#2: タンパク質 Padi 4 (92-105) peptide and MHC Class II IAb beta chain


分子量: 25027.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Padi4, Pad4, Pdi4, H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Z183, UniProt: P14483, protein-arginine deiminase
#3: タンパク質 5287 TCR alpha chain


分子量: 23186.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 5287 TCR beta chain


分子量: 26756.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 14% PEG 4000, 100mM NaCacodylate, 100 mM NaCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→128.5 Å / Num. obs: 17652 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68.35 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.35→3.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Num. unique obs: 2542 / CC1/2: 0.904 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.614 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.39 Å36.78 Å
Translation7.39 Å36.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P23

4p23


解像度: 3.355→65.204 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 878 4.98 %
Rwork0.2276 --
obs0.2297 17625 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 282.07 Å2 / Biso mean: 80.9864 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.355→65.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5982 0 0 0 5982
残基数----808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7428443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6772027
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3555-3.56570.36691440.29042744288899
3.5657-3.8410.26041460.244327982944100
3.841-4.22740.28181470.235827512898100
4.2274-4.8390.22911470.19527912938100
4.839-6.09590.25821470.216428112958100
6.0959-65.21620.26761470.2242852299999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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