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- PDB-6mkq: Carbapenemase VCC-1 bound to avibactam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mkq
タイトルCarbapenemase VCC-1 bound to avibactam
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / carbapenemase / VCC-1 / avibactam / beta-lactamase / Vibrio cholerae / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mark, B.L. / Vadlamani, G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)148496 カナダ
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for the Potent Inhibition of the Emerging Carbapenemase VCC-1 by Avibactam.
著者: Mangat, C.S. / Vadlamani, G. / Holicek, V. / Chu, M. / Larmour, V.L.C. / Vocadlo, D.J. / Mulvey, M.R. / Mark, B.L.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4972
ポリマ－29,2301
非ポリマー2671
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.060, 62.060, 134.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-588-

HOH

31A-634-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29229.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3IB62, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.7 M NaCl, 0.2 M Bis-Tris pH 5.5 and 22% PEG 3350, 5% (w/v) glycerol, 10 mg/ml Vcc-1. Then soaked with 1 mM avibactam for 24 hrs

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.34 Å / Num. obs: 21085 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.636 / Num. unique all: 1236 / CC1/2: 0.827

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MK6, chain D

6mk6


解像度: 1.9→41.714 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 1999 9.51 %
Rwork0.1573 --
obs0.1611 21019 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 17 248 2278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8722802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3391239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.29941310.22251243X-RAY DIFFRACTION90
1.9475-2.00020.23591320.19051250X-RAY DIFFRACTION93
2.0002-2.0590.21491340.17231277X-RAY DIFFRACTION95
2.059-2.12550.22241360.16681307X-RAY DIFFRACTION96
2.1255-2.20150.24511390.15741324X-RAY DIFFRACTION98
2.2015-2.28960.20851420.1481355X-RAY DIFFRACTION99
2.2896-2.39380.19811450.14881373X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.18821430.14221360X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67790.17691460.14611387X-RAY DIFFRACTION100
2.6779-2.88460.19251440.14161376X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.17480.19321470.15641399X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.63390.17721500.13611417X-RAY DIFFRACTION100
3.6339-4.57740.15481490.13431418X-RAY DIFFRACTION99
4.5774-41.72420.21921610.20051534X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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