PDB-6mi6: STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mi6

タイトル

STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / bacterial chemotaxis / histidine kinase / Thermotoga maritima

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Crane, B.R. / Muok, A.R. / Chua, T.K. / Le, H.

引用

ジャーナル: Appl.Magn.Reson. / 年: 2018
タイトル: Nucleotide Spin Labeling for ESR Spectroscopy of ATP-Binding Proteins.
著者: Muok, A.R. / Chua, T.K. / Le, H. / Crane, B.R.

履歴

登録	2018年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mi6.cif.gz	295.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mi6.ent.gz	254.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mi6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mi6_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mi6_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6mi6_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	6mi6_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/6mi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/6mi6	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1i5d-d 5uxx-1 3bwl-2 3czz-d 4h0g-d 5i4f-d 4bhq-d 2grk-1 6vjw-d 1j46-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein CheA

B: Chemotaxis protein CheA

C: Chemotaxis protein CheA

D: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

86.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.703, 75.145, 86.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 20966.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-JSJ / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(1-hydroxy-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl]disulfanyl}phosphoryl]oxy}phosphoryl]adenosine 分子量: 628.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₉H₃₀N₆O₁₀P₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50 mM Citrate pH 5.5, 2 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9722 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 25447 / % possible obs: 93.41 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.459 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.559 / Net I/av σ(I): 7.7 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.053 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 1692 / % possible all: 99.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.95→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 53.28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2977	1727	8.09 %
R_work	0.2325	-	-
obs	0.2398	21358	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5535	0	152	0	5687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.771	7795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.807	3504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	995

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.58	-1.243	-0.0902	7.7141	-1.4182	2.2624	-0.0067	-0.4621	-0.0377	0.5201	0.1464	-0.456	-0.0669	0.145	-0.0354	0.4863	-0.0811	-0.0481	0.4929	-0.0712	0.4947	5.9238	3.9145	56.6242
2	7.4377	-0.8899	-0.0147	1.9521	-0.2864	8.9021	-0.6864	-0.3675	0.7112	0.7757	-0.1248	-1.5076	-0.7599	0.4289	0.4827	0.6425	0.0248	-0.2648	0.5696	0.1162	0.8424	19.4521	23.8998	54.0808
3	2.7986	-1.3043	-0.551	1.6428	0.8353	1.9153	0.2145	-0.2038	0.8845	0.5093	-0.4718	-1.3489	-0.2568	0.2523	0.2748	0.6029	-0.3845	-0.2263	0.7271	0.1609	1.0235	16.5236	9.0512	53.7355
4	9.0224	4.3625	4.9846	4.0291	2.9509	8.5605	0.1682	0.4027	0.7358	-0.6986	-0.5258	0.9646	-0.1737	0.2609	0.35	0.6825	0.1452	0.0507	0.4851	-0.0068	0.5056	3.7263	30.3272	27.2021
5	8.6457	2.4162	2.4754	3.7153	4.529	5.6858	-0.2848	1.2183	0.6077	-1.2938	-0.0746	-1.2766	-0.3016	0.6458	0.6671	0.7968	0.1933	0.3552	0.8769	0.3711	0.7914	13.1683	29.0039	27.6743
6	1.8472	2.3142	0.0402	6.4318	-3.266	4.3495	0.1179	1.6462	-3.5974	-3.2755	0.5491	1.3167	0.5835	-0.9542	-0.6175	0.9965	-0.1086	-0.1861	0.9039	-0.044	1.3805	-3.3577	9.7299	28.1089
7	5.3635	4.0208	6.5239	4.3312	4.5583	8.0761	1.5133	-1.6655	-0.4146	0.2824	0.0203	-0.9816	-0.4101	-0.3507	-0.4067	-0.2114	1.2466	-0.084	-0.2093	0.2995	0.8086	5.4651	24.8724	37.102
8	0.7852	0.7883	0.902	9.3733	-0.5609	3.1116	0.6635	0.5611	-1.4775	-1.5525	-0.8592	-0.5159	0.5437	0.4196	0.1648	0.8297	-0.039	0.1624	0.6185	-0.0593	0.8396	14.5527	4.4577	31.7872
9	8.7893	7.2296	4.1857	6.258	2.0846	8.1098	1.9326	-1.2755	-1.0447	-0.9579	-1.0369	-1.6824	1.9328	0.1298	-1.0741	0.698	0.5784	0.388	1.2915	0.5137	1.1497	25.2995	2.2434	38.474
10	8.2028	-0.3806	-5.1983	6.1069	4.1564	9.2472	-0.6096	-0.059	-0.9484	-0.5948	0.5602	-0.1345	0.8357	0.9371	0.6417	0.7889	-0.0017	0.4994	0.4009	0.127	1.3361	19.6036	10.0393	29.2689
11	7.9563	2.7178	3.1519	6.2511	2.4942	8.5728	0.5839	0.1431	-1.1538	0.0319	1.217	0.7855	0.129	-0.4531	-1.1343	0.7314	0.0611	0.0953	0.5803	0.2219	1.0676	20.6792	20.1382	23.6897
12	2.0219	8.3306	-4.4091	6.9307	-4.1775	4.3884	0.0069	0.6699	1.3047	-0.378	0.8675	-1.1245	0.4903	-0.3345	1.3528	0.2839	0.6202	0.615	0.426	-0.0841	1.4641	11.7031	15.8009	37.8526
13	1.6419	0.6366	-0.6007	8.9712	1.3954	6.6139	0.0638	-0.5839	0.5779	0.4996	0.3893	-1.2835	-0.1075	0.081	-0.4348	0.3923	0.1968	0.0019	0.6244	0.0853	0.6756	14.3449	25.3596	37.9538
14	3.1269	-0.2321	-0.0668	5.9168	-4.7305	8.557	0.2396	-0.2441	0.0867	0.0473	0.3979	1.8397	0.7518	0.0676	-0.7397	0.5688	0.1039	0.056	0.4039	-0.1193	1.0385	25.7191	18.5368	4.0381
15	1.2593	0.6201	0.9706	3.0349	-0.6567	4.4169	0.5856	0.1593	0.1039	2.5848	0.1035	2.6774	0.6567	-0.8755	-0.0108	1.5433	-0.2426	0.8622	0.3479	-0.0465	1.4107	25.7065	19.856	12.8458
16	9.4701	-2.1503	4.0088	9.8402	1.7273	2.4364	0.5992	1.0692	-0.632	-0.5239	-0.1726	3.0671	-4.1462	0.7224	-0.9615	1.4081	-0.1347	0.0035	0.6435	0.1541	1.0859	26.5518	39.0525	-3.9118
17	1.0698	0.1325	1.555	7.3655	2.9135	5.509	0.0529	0.1533	0.2956	1.436	-0.0385	0.9876	-0.5349	0.469	0.1219	1.0108	-0.0869	0.4374	0.5214	-0.0554	0.7609	34.1441	35.4303	12.3017
18	4.0383	-0.881	-1.678	9.1181	0.4007	0.6946	1.1732	-1.3249	-0.0878	1.9151	0.3922	-0.3519	-1.0837	-2.0173	-1.7812	1.8149	-0.1621	0.5375	1.3333	0.077	0.6015	35.2955	36.9422	20.0688
19	2.2428	-1.5366	0.3084	4.0841	-1.9803	2.1148	-0.7536	0.3479	-1.4791	-1.2464	1.0043	0.0935	-0.1413	-0.2878	-0.2679	1.6901	-0.0249	1.6583	0.7998	0.2083	1.0714	18.4031	41.3154	21.328
20	4.4545	-0.3141	2.1996	2.1757	2.4003	4.19	-1.0295	0.4362	-0.4477	-1.0885	1.4068	-0.7315	-1.8195	-0.4968	-0.6486	1.4828	0.0313	0.6021	0.6988	0.1894	1.1033	21.9578	28.0354	20.7626
21	2.4015	0.5444	-0.8731	0.894	-1.0828	3.0199	-0.4662	0.4642	-0.4529	0.4124	-0.3535	-0.0258	0.4066	-0.2327	0.7642	0.8093	-0.0736	0.1221	0.5981	-0.1377	0.5621	35.7437	28.2476	13.3986
22	7.7984	1.9665	-0.5303	5.1049	2.1712	4.2046	-0.2181	-0.1199	-0.6692	0.5176	0.1522	-1.3875	0.1571	0.2633	0.2405	0.626	-0.0434	-0.1987	0.6452	0.1149	0.9119	57.5786	48.658	7.1586
23	4.916	1.1082	-0.5912	7.7489	-1.6434	7.3243	-0.4338	0.8318	-0.6297	0.1454	-0.8269	-2.1049	0.9301	0.1542	0.5428	0.7	0.0179	0.2752	0.5153	0.3148	0.957	51.0549	36.9138	2.4148
24	6.4598	0.3417	0.8817	2.2941	1.6059	1.747	-0.5758	-0.6441	-0.8393	0.3545	-0.3361	-0.2335	-0.5291	0.5331	0.4289	1.5343	-0.0022	-0.4405	0.7416	0.1779	0.7756	53.2215	28.709	20.6743
25	2.745	1.102	-1.4555	3.6576	4.0332	7.5055	-0.3883	0.334	-0.2557	1.0057	-0.4574	-0.9989	0.0333	0.0976	0.3827	1.0316	-0.2355	-0.4718	0.685	0.3879	0.6485	47.611	39.1491	13.4799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 353 through 449 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 450 through 500 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 501 through 539 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 353 through 389 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 390 through 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 413 through 424 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 425 through 449 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 450 through 466 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 467 through 478 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 479 through 497 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 498 through 517 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 518 through 529 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 530 through 539 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 353 through 389 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 390 through 412 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 413 through 424 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 425 through 478 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 479 through 487 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 488 through 499 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 500 through 516 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 517 through 539 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 353 through 412 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 413 through 455 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 456 through 516 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 517 through 539 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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