[日本語] English
万見
- PDB-6mga: Crystal Structure of Human Protocadherin-1 EC1-4 with glycosylation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mga
タイトルCrystal Structure of Human Protocadherin-1 EC1-4 with glycosylation
要素Protocadherin-1
キーワードCELL ADHESION / cadherins / adhesion / calcium-binding protein / asthma
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell-cell junction / cell junction / nervous system development / cell-cell signaling / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / nucleolus / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protocadherin / Protocadherin / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...Protocadherin / Protocadherin / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Protocadherin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Modak, D. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateAlfred P. Sloan FR-2015-65794 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Identification of an adhesive interface for the non-clustered delta 1 protocadherin-1 involved in respiratory diseases.
著者: Modak, D. / Sotomayor, M.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,81412
ポリマ－50,0521
非ポリマー76211
水00
1
A: Protocadherin-1
ヘテロ分子

A: Protocadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,62824
ポリマ－100,1042
非ポリマー1,52422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
2
A: Protocadherin-1
ヘテロ分子

A: Protocadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,62824
ポリマ－100,1042
非ポリマー1,52422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area4200 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area47060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.227, 147.227, 149.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Protocadherin-1 / Cadherin-like protein 1 / Protocadherin-42 / PC42


分子量: 50052.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH1 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08174
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Magnesium Chloride, 0.05 M Tris HCl pH 8.5, 30% PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 17231 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 58
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 28.2 % / Rmerge(I) obs: 1.762 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 823 / Rpim(I) all: 0.321 / Rrim(I) all: 1.792 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BX7

6bx7


解像度: 3.15→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 38.954 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.722 / ESU R Free: 0.381 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26342 820 4.8 %RANDOM
Rwork0.21481 ---
obs0.21715 16280 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 146.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8 Å21.4 Å20 Å2
2--2.8 Å2-0 Å2
3----9.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 0 34 0 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0143363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.6734583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8681.6427058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2995427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66824.066182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33415557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7391521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.83210.8971714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.83310.8951713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.49616.3462139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.49516.3492140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.10311.3371648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.10211.3381648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.95416.8612445
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.61513127
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.60713124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.141→3.223 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 51 -
Rwork0.333 1150 -
obs--97.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5333-1.4767-2.25065.49594.17514.29170.1933-0.59680.60560.5406-0.06080.227-0.3776-0.0699-0.13250.9360.1421-0.02850.6251-0.12670.464358.005220.613761.0567
20.310.15490.82350.15481.09058.3154-0.0462-0.0396-0.1010.03960.0227-0.03640.25910.29960.02350.34720.0042-0.04830.03880.00860.259265.5816-0.806823.0245
32.71582.84124.21163.56954.6537.91130.0221-0.01510.0147-0.0958-0.16460.4743-0.0085-0.46240.14240.2535-0.048-0.00930.1736-0.12090.385648.6049-18.4172-20.2252
40.8742-0.09820.06930.7028-0.57398.38290.08790.49550.1808-0.5118-0.1902-0.11320.08150.09360.10230.66720.0117-0.04730.5361-0.08390.559439.9762-37.2493-62.9427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 106
2X-RAY DIFFRACTION1A503 - 504
3X-RAY DIFFRACTION2A107 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2A505 - 507
5X-RAY DIFFRACTION3A219 - 325
6X-RAY DIFFRACTION3A508 - 510
7X-RAY DIFFRACTION4A326 - 439
8X-RAY DIFFRACTION4A511

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る