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万見
- PDB-6mg5: Structure of full-length human lambda-6A light chain JTO in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mg5
タイトルStructure of full-length human lambda-6A light chain JTO in complex with coumarin 1
要素Light chain JTO
キーワードIMMUNE SYSTEM / Light chain / amyloidosis
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 7-(diethylamino)-4-methyl-2H-1-benzopyran-2-one / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Morgan, G.J. / Yan, N.L. / Mortenson, D.E. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK46335 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Stabilization of amyloidogenic immunoglobulin light chains by small molecules.
著者: Morgan, G.J. / Yan, N.L. / Mortenson, D.E. / Rennella, E. / Blundon, J.M. / Gwin, R.M. / Lin, C.Y. / Stanfield, R.L. / Brown, S.J. / Rosen, H. / Spicer, T.P. / Fernandez-Vega, V. / Merlini, G. ...著者: Morgan, G.J. / Yan, N.L. / Mortenson, D.E. / Rennella, E. / Blundon, J.M. / Gwin, R.M. / Lin, C.Y. / Stanfield, R.L. / Brown, S.J. / Rosen, H. / Spicer, T.P. / Fernandez-Vega, V. / Merlini, G. / Kay, L.E. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain JTO
B: Light chain JTO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2815
ポリマ－46,8602
非ポリマー4213
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.070, 84.219, 96.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Light chain JTO


分子量: 23429.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-6ZW / 7-(diethylamino)-4-methyl-2H-1-benzopyran-2-one / クマリン1


分子量: 231.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals of JTO-FL were grown via sitting-drop vapor diffusion using a crystallization buffer consisting of 20% PEG 3350 and 0.2 M NH4H2PO4 at 23 degrees C. Both diamond-shaped and plate- ...詳細: Crystals of JTO-FL were grown via sitting-drop vapor diffusion using a crystallization buffer consisting of 20% PEG 3350 and 0.2 M NH4H2PO4 at 23 degrees C. Both diamond-shaped and plate-shaped crystals were generated in the same drop using these conditions, but only the plate-shaped crystals produced usable diffraction data. To generate JTO-FL:ligand complexes, crystals of apo JTO-FL were soaked with a tenfold molar excess of ligand for 10 days. Crystals were harvested and immediately flash cooled in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.1 Å / Num. obs: 47842 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3416 / CC1/2: 0.46 / Rpim(I) all: 0.76 / Rsym value: 1.59 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.834 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2312 4.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 44684 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2--3.03 Å2-0 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3257 0 27 493 3777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0153457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.7774742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5191.7376971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3425456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34722.331133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66215492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2191515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8743.3351770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8743.3351771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4644.9692227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4644.9762227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4433.7091687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4423.7091688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1635.3922510
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.7541.2883735
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.74941.2893736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 169 -
Rwork0.375 3243 -
obs--95.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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