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- PDB-6mft: Crystal structure of glycosylated 426c HIV-1 gp120 core G459C in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mft
タイトルCrystal structure of glycosylated 426c HIV-1 gp120 core G459C in complex with glVRC01 A60C heavy chain
要素
  • Gp120
  • Heavy Chain glVRC01
  • Light chain glVRC01
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / glycans / germline / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.315 Å
データ登録者Weidle, C. / Pancera, M. / Stamatatos, L. / Gray, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI081625 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer and a glycosylated HIV-1 gp120 core.
著者: Andrew J Borst / Connor E Weidle / Matthew D Gray / Brandon Frenz / Joost Snijder / M Gordon Joyce / Ivelin S Georgiev / Guillaume Be Stewart-Jones / Peter D Kwong / Andrew T McGuire / Frank ...著者: Andrew J Borst / Connor E Weidle / Matthew D Gray / Brandon Frenz / Joost Snijder / M Gordon Joyce / Ivelin S Georgiev / Guillaume Be Stewart-Jones / Peter D Kwong / Andrew T McGuire / Frank DiMaio / Leonidas Stamatatos / Marie Pancera / David Veesler /
要旨: VRC01 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) target the CD4-binding site (CD4) of the human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env). Unlike mature antibodies, corresponding ...VRC01 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) target the CD4-binding site (CD4) of the human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env). Unlike mature antibodies, corresponding VRC01 germline precursors poorly bind to Env. Immunogen design has mostly relied on glycan removal from trimeric Env constructs and has had limited success in eliciting mature VRC01 bnAbs. To better understand elicitation of such bnAbs, we characterized the inferred germline precursor of VRC01 in complex with a modified trimeric 426c Env by cryo-electron microscopy and a 426c gp120 core by X-ray crystallography, biolayer interferometry, immunoprecipitation, and glycoproteomics. Our results show VRC01 germline antibodies interacted with a wild-type 426c core lacking variable loops 1-3 in the presence and absence of a glycan at position Asn276, with the latter form binding with higher affinity than the former. Interactions in the presence of an Asn276 oligosaccharide could be enhanced upon carbohydrate shortening, which should be considered for immunogen design.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02019年12月18日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain glVRC01
L: Light chain glVRC01
A: Heavy Chain glVRC01
B: Light chain glVRC01
G: Gp120
C: Gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,02227
ポリマ－173,8926
非ポリマー6,13121
水5,855325
1
H: Heavy Chain glVRC01
L: Light chain glVRC01
G: Gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,52214
ポリマ－86,9463
非ポリマー3,57611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area34890 Å2
手法PISA
2
A: Heavy Chain glVRC01
B: Light chain glVRC01
C: Gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,50013
ポリマ－86,9463
非ポリマー2,55410
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area34340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.082, 109.003, 103.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-663-

HOH

21G-716-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GC

#3: タンパク質 Gp120


分子量: 38591.953 Da / 分子数: 2 / Fragment: 426c core, residues 44-494 / Mutation: G459C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: M4Q8P8*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 Heavy Chain glVRC01


分子量: 25334.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain glVRC01


分子量: 23019.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 17分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 329分子

#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.09M MgCl2, 0.09M Na Citrate pH 5.0, 13.5% PEG 4K, 0.1M LiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.315→50 Å / Num. obs: 83087 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.315→2.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.315→49.152 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 4260 5.13 %
Rwork0.2438 --
obs0.2464 83037 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.315→49.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12114 0 28 325 12467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58816986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4017489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3151-2.34140.51681070.45571954X-RAY DIFFRACTION72
2.3414-2.3690.45221180.42592218X-RAY DIFFRACTION82
2.369-2.39790.50551490.40482365X-RAY DIFFRACTION86
2.3979-2.42820.42381310.38882357X-RAY DIFFRACTION88
2.4282-2.46020.38161360.38172498X-RAY DIFFRACTION91
2.4602-2.49390.44411350.37682492X-RAY DIFFRACTION92
2.4939-2.52950.39431470.35642547X-RAY DIFFRACTION94
2.5295-2.56730.42731520.35572635X-RAY DIFFRACTION97
2.5673-2.60740.41141640.32922646X-RAY DIFFRACTION98
2.6074-2.65010.38311300.31242753X-RAY DIFFRACTION98
2.6501-2.69580.39411560.32082627X-RAY DIFFRACTION98
2.6958-2.74480.38581680.30952683X-RAY DIFFRACTION99
2.7448-2.79760.38551250.30972692X-RAY DIFFRACTION99
2.7976-2.85470.40421530.32172678X-RAY DIFFRACTION99
2.8547-2.91680.38421480.3272691X-RAY DIFFRACTION99
2.9168-2.98460.37191450.28592717X-RAY DIFFRACTION99
2.9846-3.05930.34051340.27522716X-RAY DIFFRACTION99
3.0593-3.1420.31241220.2842709X-RAY DIFFRACTION99
3.142-3.23440.30561530.27192702X-RAY DIFFRACTION99
3.2344-3.33880.31781640.26612696X-RAY DIFFRACTION99
3.3388-3.45810.31571310.24752712X-RAY DIFFRACTION99
3.4581-3.59650.28651430.24312716X-RAY DIFFRACTION99
3.5965-3.76010.27691500.23312730X-RAY DIFFRACTION99
3.7601-3.95830.3281310.20732738X-RAY DIFFRACTION99
3.9583-4.20620.231450.19782714X-RAY DIFFRACTION99
4.2062-4.53070.23551460.18422743X-RAY DIFFRACTION100
4.5307-4.98620.20521610.18412712X-RAY DIFFRACTION100
4.9862-5.70680.2341380.19482760X-RAY DIFFRACTION100
5.7068-7.18640.26631460.22512778X-RAY DIFFRACTION100
7.1864-49.16350.23511320.20042798X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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