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万見
- PDB-6mfk: Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase from Eliza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfk
タイトルCrystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / antibiotic resistance / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase
類似検索 - 分子機能
Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of a Type B chloramphenicol acetyltransferase from the emerging pathogen Elizabethkingia anophelis NUHP1.
著者: Ghafoori, S.M. / Robles, A.M. / Arada, A.M. / Shirmast, P. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Myler, P.J. / Edwards, T.E. / Kuhn, M.L. / Forwood, J.K.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9746
ポリマ－24,4761
非ポリマー4985
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,92218
ポリマ－73,4283
非ポリマー1,49415
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.950, 102.950, 115.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

PO4

21A-302-

PO4

31A-517-

HOH

41A-567-

HOH

51A-600-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Chloramphenicol acetyltransferase / Type B chloramphenicol O-acetyltransferase


分子量: 24475.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
遺伝子: catB, BAY10_06425, E18064_290343 / プラスミド: ElanA.01572.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: X5KVH4, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ElanA.01572.a.B1.PW38419 @21.17 mg/ml was incubated with 5 mM acetyl-CoA and chloramphenicol, then mixed 1:1 with JCSG+(a11): 50% (v/v) MPD, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 8.5, 0.2 M ammonium ...詳細: ElanA.01572.a.B1.PW38419 @21.17 mg/ml was incubated with 5 mM acetyl-CoA and chloramphenicol, then mixed 1:1 with JCSG+(a11): 50% (v/v) MPD, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 8.5, 0.2 M ammonium phosphate basic. Tray 299552a11, puck: jtk9-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→38.423 Å / Num. obs: 28379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.882 % / Biso Wilson estimate: 31.595 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 21.49 / Num. measured all: 223684
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.698.1190.5183.916750206320630.9340.553100
1.69-1.748.1110.4065.0516424202520250.9580.434100
1.74-1.798.1420.3036.6816000196519650.9750.324100
1.79-1.848.0910.2368.415608192919290.9840.253100
1.84-1.918.0680.17511.3515079186918690.9880.188100
1.91-1.978.0630.14113.6814514180018000.9930.151100
1.97-2.057.9730.1117.0913737172417230.9950.11899.9
2.05-2.137.9050.08920.8313304168316830.9950.096100
2.13-2.227.8820.07424.0412690161016100.9960.08100
2.22-2.337.7660.06826.3411889153115310.9960.073100
2.33-2.467.7860.06128.2611461147514720.9970.06699.8
2.46-2.617.7460.05730.6210751138813880.9970.061100
2.61-2.797.7170.05133.9310125131313120.9980.05599.9
2.79-3.017.6290.04636.659269121712150.9980.0599.8
3.01-3.37.540.04339.248513113411290.9980.04799.6
3.3-3.697.4720.03841.137607102010180.9990.0499.8
3.69-4.267.580.03542.8468759099070.9990.03899.8
4.26-5.227.6480.0343.4659127767730.9990.03299.6
5.22-7.387.6830.03143.147256176150.9990.03499.7
7.38-38.4236.9630.03441.424513593520.9980.03898.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3228)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XAT

1xat


解像度: 1.65→38.423 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1635 1670 6.03 %
Rwork0.1453 --
obs0.1464 27679 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.13 Å2 / Biso mean: 29.7393 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→38.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 28 209 1886
Biso mean--80.08 38.99 -
残基数----210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6499-1.69850.21081400.19162005214592
1.6985-1.75330.22661230.17382048217193
1.7533-1.8160.16181350.17022105224095
1.816-1.88870.18711310.1532116224796
1.8887-1.97460.20471460.1592170231698
1.9746-2.07870.19171110.15352188229998
2.0787-2.2090.16831530.14072191234499
2.209-2.37950.16561280.14582209233799
2.3795-2.61890.18961520.15542221237399
2.6189-2.99770.17351610.150421882349100
2.9977-3.77630.17151340.134522542388100
3.7763-38.43370.12351560.13523142470100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57780.0815-0.14552.90620.32491.50280.0137-0.50830.12050.3318-0.0494-0.1942-0.06720.0420.06170.22020.0028-0.05730.2198-0.02890.12747.314513.68134.3137
23.0069-1.83790.05191.5314-0.10010.0617-0.0743-0.08710.17210.05250.0424-0.1868-0.01450.0340.02550.179-0.004-0.00410.1843-0.00180.163115.08746.132823.1365
31.3373-1.41090.16622.7942-0.92071.86440.07330.10030.3575-0.5209-0.094-0.3376-0.17770.05680.00820.18440.00190.03310.1790.04490.22521.164823.844312.1055
43.59541.676-0.18666.51471.86337.66060.01760.15350.645-0.01650.021-0.3913-0.54490.25910.01450.1920.02860.01150.15650.05720.3979-4.063737.897317.2875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 56 )A-1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 148 )A57 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 149 through 182 )A149 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 208 )A183 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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