PDB-6mct: A designed pentameric membrane protein stabilized by van der Waal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mct

タイトル

A designed pentameric membrane protein stabilized by van der Waals interaction

要素

mini-eVgL membrane protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Membrane protein / protein design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mravic, M. / Liu, L. / Degrado, W.F.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM122603	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM117593	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE1413295	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Packing of apolar side chains enables accurate design of highly stable membrane proteins.
著者: Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Tucker, M. / Solomon, P.E. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2018年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mct.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mct.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mct_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mct_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	6mct_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6mct_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mpwC 6mq2C 6mquC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r9o-2 3vcf-1 6n3s-2 1npz-2 3kku-d 4unq-1 1ewl-d 1f2c-d 4bpv-1 4qh6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mini-eVgL membrane protein

B: mini-eVgL membrane protein

C: mini-eVgL membrane protein

D: mini-eVgL membrane protein

E: mini-eVgL membrane protein

F: mini-eVgL membrane protein

G: mini-eVgL membrane protein

H: mini-eVgL membrane protein

I: mini-eVgL membrane protein

J: mini-eVgL membrane protein

K: mini-eVgL membrane protein

L: mini-eVgL membrane protein

M: mini-eVgL membrane protein

N: mini-eVgL membrane protein

O: mini-eVgL membrane protein

ヘテロ分子

51.1 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mini-eVgL membrane protein

B: mini-eVgL membrane protein

C: mini-eVgL membrane protein

D: mini-eVgL membrane protein

E: mini-eVgL membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: mini-eVgL membrane protein

G: mini-eVgL membrane protein

H: mini-eVgL membrane protein

I: mini-eVgL membrane protein

J: mini-eVgL membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

K: mini-eVgL membrane protein

L: mini-eVgL membrane protein

M: mini-eVgL membrane protein

N: mini-eVgL membrane protein

O: mini-eVgL membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.894, 165.630, 41.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質・ペプチド	mini-eVgL membrane protein 分子量: 3028.867 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5 mg/ml protein in 45 mM C8E4 mixed (1:1) with 2.5M ammonium sulfate, 50 mM Hepes pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→55 Å / Num. obs: 29360 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.55 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 14.49
反射シェル	解像度: 1.89→2.01 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 1.384 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 2896 / CC_1/2: 0.718 / R_rim(I) all: 1.44 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: designed

解像度: 1.9→50.387 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1432	4.89 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1805	29275	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3240	0	301	55	3596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3635
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	4842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.141	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.227	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	487

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.968	0.2825	160	0.2436	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-2.0468	0.2814	146	0.2179	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0468-2.1399	0.2588	115	0.1952	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.2527	0.2293	142	0.1885	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.3939	0.192	140	0.1681	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.5787	0.194	143	0.1538	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5787-2.8382	0.2115	144	0.1589	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8382-3.2488	0.2258	134	0.1644	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2488-4.0929	0.1837	143	0.1617	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0929-50.4047	0.2125	165	0.1937	2923	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.261	0.9884	1.2862	6.1187	-1.1572	7.8304	-0.0335	-0.1335	-0.1388	-0.1561	0.0619	0.2131	1.3558	0.0028	0.0075	0.1378	-0.0057	-0.0127	0.1304	-0.0012	0.3468	-13.5413	29.0486	-3.0986
2	3.0509	-1.7188	-2.7721	3.5512	1.2553	2.8112	0.0276	0.0543	-0.1254	-0.0557	-0.0539	0.2169	0.0021	-0.4708	0.0797	0.1133	0.0006	-0.0099	0.191	0.0177	0.3261	-18.5992	37.9374	-2.3999
3	2.7453	-0.1754	-1.8292	2.9668	1.328	3.0719	-0.0677	-0.0652	0.1262	-0.1206	-0.0835	0.116	-0.7615	-0.4708	0.2818	0.1467	0.007	-0.0008	0.0978	0.0117	0.3186	-11.7299	45.189	-2.7296
4	4.3984	0.1125	3.0611	1.1347	1.2394	8.6173	-0.0785	0.0361	0.116	-0.0262	0.0236	0.0768	-0.5056	0.5202	0.0997	0.1358	-0.0205	0.0271	0.1627	-0.0156	0.3345	-2.7921	41.0236	-2.9693
5	6.0114	-0.654	1.1113	3.3486	0.2986	6.8883	0.0839	0.0979	-0.1122	-0.1075	-0.2678	-0.1157	0.6809	0.8275	0.2161	0.146	0.0347	-0.0218	0.1355	-0.0063	0.3157	-3.721	30.9766	-3.1667
6	4.5506	0.3623	2.2689	5.9832	-0.9408	8.3668	-0.2785	-0.0462	0.2082	0.0987	0.0576	0.0525	-0.5959	-0.3107	0.2412	0.1887	0.0649	0.0191	0.1747	-0.0393	0.3404	-13.5951	72.6249	3.2841
7	7.1528	0.3137	-0.1692	4.2525	-2.4145	4.7531	-0.1237	-0.3417	-0.1645	-0.296	0.0469	0.3118	-0.2497	-0.9823	0.1024	0.1401	0.0367	-0.0205	0.2059	0.0041	0.3816	-18.6153	63.8483	3.1046
8	5.9919	-0.9745	-0.4692	3.148	-1.135	2.9274	-0.4021	-0.2155	-0.319	-0.096	-0.2181	0.067	0.7618	-0.1072	0.6021	0.2013	-0.018	0.0173	0.1255	-0.0106	0.3234	-11.7135	56.4823	2.7746
9	5.4492	-1.1762	-1.3582	3.1037	2.5546	7.8138	-0.2737	-0.2719	-0.041	-0.121	0.1512	0.1179	0.8459	0.6431	0.1255	0.1801	0.0223	0.0302	0.1477	-0.03	0.3758	-2.2911	60.8871	2.6896
10	5.0583	1.2577	-1.4651	6.7804	-1.4631	8.1341	-0.0993	-0.0424	0.2829	-0.1029	-0.2928	-0.2193	-0.1453	0.464	0.3352	0.1431	0.0233	-0.0022	0.1505	-0.0318	0.3937	-3.7378	70.5933	3.2982
11	2.9252	1.5843	-1.8818	8.1485	0.1356	2.5445	-0.4988	-0.0461	0.3513	0.6281	-0.3275	-0.129	-1.4974	0.5319	0.6078	0.2828	0.0252	-0.0373	0.0975	-0.0527	0.3624	-9.2128	17.7766	-0.2057
12	5.5762	-2.5592	-1.0369	4.0979	-2.5944	5.6076	-0.3756	-0.4154	-0.3314	0.1868	-0.0474	0.2138	-1.072	-1.2555	0.4618	0.1862	0.0804	0.0319	0.2527	-0.0261	0.2939	-17.869	12.8966	-0.2137
13	5.3495	1.2613	1.5171	7.2113	-1.4501	5.7538	0.1423	-0.3844	-0.3476	0.2288	-0.3175	0.1859	0.8162	-1.589	0.0892	0.1753	-0.1078	-0.0224	0.2592	0.0697	0.3254	-16.0763	3.1226	-0.3856
14	5.1223	-1.7428	-0.4435	7.5146	1.4747	9.238	-0.248	-0.2432	-0.1558	0.255	-0.083	0.217	1.4266	0.3251	0.3105	0.1847	0.0333	-0.029	0.1197	-0.0344	0.3133	-5.9551	1.9067	-0.3376
15	6.9152	0.2359	2.2097	3.6593	0.8335	8.4083	-0.0347	0.0641	0.2546	0.241	-0.0099	-0.319	0.2286	0.5513	0.103	0.1494	-0.0061	-0.0399	0.1073	-0.0254	0.3625	-1.7787	11.0736	-0.1999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain N
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain O

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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