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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ewl | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CRUZAIN BOUND TO WRR-99 | ||||||
![]() | CRUZAIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / papain-like cysteine protease / drug design / covalent inhibitor / cruzipain / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Brinen, L.S. / Gillmor, S.A. / Fletterick, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Cruzain bound to WRR-99 著者: Brinen, L.S. / Gillmor, S.A. / Fletterick, R.J. #1: ![]() 年: 1998 タイトル: Chapter 3: X-ray Structures of Complexes of Cruzain with Designed Covalent Inhibitors 著者: Gillmor, S.A. #2: ![]() タイトル: Structural Determinants of Specificity in the Cysteine Protease Cruzain 著者: Gillmor, S.A. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. #3: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Cruzain: a Therapeutic Target for Chagas' Disease 著者: McGrath, M.E. / Eakin, A.E. / Engel, J.C. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 757.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: CHEY / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P25779, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-R99 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | R99 IS AN E-64 ANALOG. R99 WAS N-(3-CARBOXYOXIRANE-2-CARBONYL)-D- HOMOPHENYLALANYL-AMINO-2- ...R99 IS AN E-64 ANALOG. R99 WAS N-(3-CARBOXYOXI |
配列の詳細 | THERE IS A STOP CODON AFTER RESIDUE 212. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 0.9M NaCitrate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→22 Å / Num. all: 11856 / Num. obs: 11856 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Num. unique all: 1185 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→22 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: param19 and toph19 詳細: used simulated annealing, positional, and isotropic bfactor refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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