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- PDB-6ux6: Cruzain covalently bound by a vinylsulfone compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ux6
タイトルCruzain covalently bound by a vinylsulfone compound
要素Cruzipain
キーワードHYDROLASE / Cruzain / vinylSulfone / covalent / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TM8 / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Zhai, X. / Tang, S. / Chenna, B.C. / Meek, T.D. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cruzain covalently bound by a vinylsulfone compound
著者: Zhai, X. / Tang, S. / Chenna, B.C. / Meek, T.D. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3783
ポリマ－22,7151
非ポリマー6632
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.509, 122.127, 34.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cruzipain / Cruzaine / Major cysteine proteinase


分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物 ChemComp-TM8 / Nalpha-[(benzyloxy)carbonyl]-N-[(2S)-1-phenyl-4-(phenylsulfonyl)butan-2-yl]-L-phenylalaninamide


分子量: 570.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 13196 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 2.656 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.94-1.975.20.2415770.9310.1180.2691.30288.5
1.97-2.015.50.2366170.9210.1130.2631.53793.5
2.01-2.056.20.2326540.9340.1020.2541.59398.5
2.05-2.096.40.2356250.9430.1040.2581.93599.4
2.09-2.146.20.2046690.9690.090.2241.90599
2.14-2.186.10.2046470.9690.0910.2242.07198.6
2.18-2.2460.2016490.9480.0910.2222.37499.5
2.24-2.35.90.1886550.9550.0860.2082.38498.3
2.3-2.3760.1836430.9710.0820.2022.61298.3
2.37-2.445.90.1746600.9680.0770.1912.60299.7
2.44-2.535.90.1666640.970.0750.1832.63198.8
2.53-2.635.80.1536430.9710.0690.1682.74399.4
2.63-2.755.80.1566760.9750.0720.1723.18199.4
2.75-2.95.60.1476700.9620.0690.1633.14298.8
2.9-3.085.90.1366520.980.0630.153.3399.1
3.08-3.325.80.1246770.9770.0570.1373.38799.4
3.32-3.655.70.1256710.9730.0570.1383.65198.5
3.65-4.185.80.1216820.9850.0540.1333.81298.7
4.18-5.2660.1016960.9870.0450.1113.57999
5.26-506.10.0957690.9860.0410.1032.9299

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ME4

1me4


解像度: 1.94→33.756 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 29.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 645 4.9 %
Rwork0.2212 --
obs0.2235 13156 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.19 Å2 / Biso mean: 28.6582 Å2 / Biso min: 13.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→33.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 47 70 1706
Biso mean--29.31 29.15 -
残基数----215
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.94-2.08660.37261220.2741232994
2.0866-2.29660.31221170.2706250399
2.2966-2.62880.30221300.2604247899
2.6288-3.31150.33971450.2403252699
3.3115-33.750.18511310.1767267599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.9971 Å / Origin y: -15.3025 Å / Origin z: -12.9272 Å
111213212223313233
T0.1775 Å20.0312 Å20.0164 Å2-0.1831 Å20.0011 Å2--0.1725 Å2
L0.1593 °20.2159 °20.0119 °2-0.2264 °2-0.0255 °2--0.1441 °2
S-0.0315 Å °-0.0195 Å °-0.0328 Å °-0.0087 Å °0.0125 Å °0.0124 Å °0.0138 Å °-0.0016 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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